More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_01942 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_01942  probable transcriptional regulator  100 
 
 		 287 aa  593  1e-168  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.22412  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1621  LysR family transcriptional regulator  46.83 
 
 		 297 aa  285  7e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  42.7 
 
 		 297 aa  229  3e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 293 aa  221  9.999999999999999e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 296 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  41.13 
 
 		 306 aa  218  7e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51620  LysR family transcriptional regulator protein  41.61 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3454  transcriptional regulator, LysR family  41.75 
 
 		 296 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3236  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.35 
 
 		 296 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2430  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 301 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38680  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 306 aa  207  1e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2595  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 301 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3121  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 301 aa  206  5e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.739955  normal  0.0893475 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1671  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 296 aa  205  6e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0589  LysR family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 297 aa  204  1e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2736  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.47 
 
 		 297 aa  158  8e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1911  transcriptional regulator, LysR family  29.27 
 
 		 310 aa  147  1.0000000000000001e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1817  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.113228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0712  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 299 aa  146  4.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3737  transcriptional regulator, LysR family  31.01 
 
 		 299 aa  142  8e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4814  transcriptional regulator, LysR family  31.01 
 
 		 299 aa  142  8e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  29.02 
 
 		 302 aa  139  6e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  32.73 
 
 		 297 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3393  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 298 aa  138  1e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.162722 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.29 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1466  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 314 aa  137  2e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2760  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 302 aa  136  3.0000000000000003e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00129755  normal  0.164001 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 298 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  27.97 
 
 		 300 aa  136  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  29.82 
 
 		 322 aa  135  5e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0970  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 303 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0205462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 300 aa  135  9e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 307 aa  135  9.999999999999999e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3955  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.72 
 
 		 313 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  29.93 
 
 		 302 aa  134  3e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 317 aa  133  3e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 305 aa  133  3e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 307 aa  133  3.9999999999999996e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 300 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17090  Transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 		 299 aa  132  6e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 298 aa  132  9e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  25.62 
 
 		 299 aa  130  3e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 317 aa  130  3e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 317 aa  130  3e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 297 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 297 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 317 aa  130  3e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 317 aa  130  3e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 317 aa  130  3e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 317 aa  130  3e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 297 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 300 aa  129  6e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 297 aa  128  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6323  MarR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.482978  normal  0.771209 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 304 aa  126  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6028  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 300 aa  125  5e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.171858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  29.2 
 
 		 297 aa  126  5e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5029  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 295 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.534863  normal  0.59636 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3338  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 295 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.714315  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 300 aa  126  5e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 300 aa  126  5e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5255  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 295 aa  125  6e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.294771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 305 aa  125  7e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0975  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 309 aa  125  7e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00417013 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 312 aa  125  8.000000000000001e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4958  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 295 aa  125  9e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.468232 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2504  transcriptional regulator, LysR family  27.56 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  24.91 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  28.83 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4438  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 295 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948245 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 313 aa  123  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 300 aa  123  4e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2563  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 308 aa  123  4e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00385912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 306 aa  122  5e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 316 aa  122  5e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 300 aa  122  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 300 aa  122  6e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 300 aa  122  6e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 300 aa  122  6e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 300 aa  122  6e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  26.6 
 
 		 300 aa  122  6e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 300 aa  122  6e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1253  transcriptional regulator, LysR family  27.56 
 
 		 308 aa  122  7e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0013481  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 316 aa  122  7e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2773  transcriptional regulator, LysR family  27.56 
 
 		 308 aa  122  7e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000207011  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2694  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 308 aa  122  7e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000201069  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3346  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 328 aa  121  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>