More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0835 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0835  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 364 aa  751    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.643048  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1466  LysR family transcriptional regulator  59.8 
 
 		 314 aa  385  1e-106  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2671  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.3 
 
 		 313 aa  203  3e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00916902  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  39.79 
 
 		 297 aa  203  4e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 297 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 298 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 298 aa  199  5e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 298 aa  199  6e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 298 aa  199  7.999999999999999e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 298 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6323  MarR family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 294 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.482978  normal  0.771209 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3691  transcriptional regulator, LysR family  40.49 
 
 		 301 aa  195  1e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4050  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 308 aa  192  9e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 294 aa  189  9e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5612  LysR family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 294 aa  186  4e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 293 aa  160  2e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3393  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 298 aa  159  6e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.162722 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 300 aa  157  3e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3346  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 328 aa  157  3e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  30.74 
 
 		 306 aa  155  9e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1817  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 310 aa  154  2e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.113228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1911  transcriptional regulator, LysR family  30.59 
 
 		 310 aa  154  2e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5102  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 302 aa  150  4e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3236  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.14 
 
 		 296 aa  149  6e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 305 aa  149  7e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 307 aa  149  8e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0975  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 309 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00417013 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3454  transcriptional regulator, LysR family  30.96 
 
 		 296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38680  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 306 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  31.44 
 
 		 300 aa  147  3e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 317 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  29.43 
 
 		 317 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1500  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 327 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.256268 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  29.43 
 
 		 317 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 317 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0589  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 297 aa  146  6e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  29.1 
 
 		 317 aa  146  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 317 aa  146  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 317 aa  145  9e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 297 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 297 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  29.9 
 
 		 300 aa  144  3e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 299 aa  144  3e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 307 aa  144  3e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3955  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.12 
 
 		 313 aa  142  7e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 300 aa  142  8e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 297 aa  142  9e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 297 aa  142  9e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  31.36 
 
 		 322 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 300 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2760  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 302 aa  141  1.9999999999999998e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00129755  normal  0.164001 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 296 aa  140  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1621  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 297 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  31.63 
 
 		 302 aa  139  6e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51620  LysR family transcriptional regulator protein  31.51 
 
 		 301 aa  139  6e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 298 aa  139  7.999999999999999e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 305 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2430  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 312 aa  137  2e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1671  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 296 aa  136  4e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 301 aa  136  5e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3664  transcriptional regulator, LysR family  30.93 
 
 		 308 aa  136  7.000000000000001e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  29.24 
 
 		 302 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 300 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 300 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 316 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1581  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 325 aa  133  5e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.772749  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 313 aa  133  5e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1555  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 325 aa  133  5e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.729092  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17090  Transcriptional regulator, LysR family  32.3 
 
 		 299 aa  133  5e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 304 aa  133  6e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 300 aa  133  6e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1743  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 325 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  29.86 
 
 		 297 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0521  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 325 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 307 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0832  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 325 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1353  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 325 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0634  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 325 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0961605  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0712  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 299 aa  132  9e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2504  transcriptional regulator, LysR family  26.24 
 
 		 298 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.74 
 
 		 302 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.39 
 
 		 304 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  31.79 
 
 		 305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 300 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 307 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 307 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 307 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2736  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 301 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 313 aa  130  4.0000000000000003e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4635  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 300 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.646338  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2126  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 334 aa  129  6e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  31.79 
 
 		 305 aa  129  8.000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 300 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 300 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 300 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 300 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>