More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Reut_B5504 on replicon NC_007348
Organism: Ralstonia eutropha JMP134



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  603  1.0000000000000001e-171  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3346  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 328 aa  201  9.999999999999999e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 298 aa  199  3.9999999999999996e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0975  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 309 aa  196  3e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00417013 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 300 aa  194  2e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  39.51 
 
 		 300 aa  192  4e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 304 aa  192  6e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1784  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 308 aa  192  7e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.132591  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5102  transcriptional regulator, LysR family  39.38 
 
 		 302 aa  187  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 300 aa  186  3e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 300 aa  186  3e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  39.16 
 
 		 300 aa  186  3e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 300 aa  186  3e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 300 aa  186  3e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 300 aa  186  3e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 300 aa  186  3e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 300 aa  186  3e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 300 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1470  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 300 aa  178  8e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 298 aa  178  1e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4635  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 300 aa  175  8e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.646338  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 297 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 297 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1013  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 300 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 297 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1494  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 300 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0162  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 307 aa  171  2e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  35.15 
 
 		 297 aa  170  3e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2504  transcriptional regulator, LysR family  31.86 
 
 		 298 aa  170  3e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 297 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 305 aa  167  2.9999999999999998e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2536  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 311 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.481736 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4050  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 308 aa  166  4e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 305 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.71 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5612  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 298 aa  161  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4655  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 310 aa  160  3e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0129573  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1556  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 309 aa  160  3e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00011369  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 298 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 298 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 299 aa  159  5e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4404  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 308 aa  159  6e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.74 
 
 		 297 aa  158  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 298 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0835  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 364 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.643048  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2509  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 314 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.123879  normal  0.290889 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4367  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 309 aa  157  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.764337  normal  0.231435 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3441  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 306 aa  157  2e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.985803  hitchhiker  0.000545962 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 317 aa  156  3e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1466  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 314 aa  156  3e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 297 aa  156  4e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 312 aa  155  5.0000000000000005e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 317 aa  155  6e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 317 aa  155  6e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  32.06 
 
 		 317 aa  155  6e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  32.06 
 
 		 317 aa  155  6e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  32.06 
 
 		 317 aa  155  8e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 298 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 294 aa  153  2.9999999999999998e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1817  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 310 aa  153  2.9999999999999998e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.113228  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2547  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 310 aa  153  2.9999999999999998e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.372947 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 317 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1911  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 310 aa  152  7e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3691  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 301 aa  151  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 293 aa  151  1e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2126  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 334 aa  151  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  31.67 
 
 		 308 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 		 297 aa  151  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2789  OsmT protein  31.33 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 298 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2683  OsmT protein  31.33 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.567691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2568  OsmT protein  31.33 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0008695  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2617  OsmT protein  31.33 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3181  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 299 aa  149  4e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 301 aa  149  4e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1039  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 321 aa  148  1.0000000000000001e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.204243  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2563  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00385912  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02308  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.45 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000841101  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1253  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0013481  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2543  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000981621  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1270  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000010142  hitchhiker  0.000508597 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02269  hypothetical protein  33.45 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000658143  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2694  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000201069  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2773  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000207011  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3638  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 308 aa  147  3e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 297 aa  146  3e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 306 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5388  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 299 aa  146  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6323  MarR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 294 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.482978  normal  0.771209 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>