More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1621 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_1621  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  606  9.999999999999999e-173  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01942  probable transcriptional regulator  46.83 
 
 		 287 aa  285  8e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.22412  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 297 aa  268  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  45.33 
 
 		 306 aa  260  2e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  44.06 
 
 		 296 aa  259  3e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 293 aa  256  4e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38680  LysR family transcriptional regulator  46.37 
 
 		 306 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3454  transcriptional regulator, LysR family  44.22 
 
 		 296 aa  252  7e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51620  LysR family transcriptional regulator protein  42.41 
 
 		 301 aa  248  6e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0589  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 297 aa  246  3e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3236  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  43.2 
 
 		 296 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2430  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 301 aa  239  5e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2736  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 301 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2595  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 301 aa  229  4e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3121  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 301 aa  229  6e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.739955  normal  0.0893475 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1671  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 296 aa  228  1e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.86 
 
 		 297 aa  182  5.0000000000000004e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 302 aa  181  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 299 aa  178  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1817  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 310 aa  175  7e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.113228  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1911  transcriptional regulator, LysR family  34.64 
 
 		 310 aa  175  9.999999999999999e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 299 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4814  transcriptional regulator, LysR family  32.54 
 
 		 299 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3737  transcriptional regulator, LysR family  32.54 
 
 		 299 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 297 aa  162  7e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 297 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 297 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3393  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 298 aa  157  1e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.162722 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2760  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 302 aa  157  1e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00129755  normal  0.164001 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 307 aa  157  3e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 298 aa  156  4e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  29.58 
 
 		 297 aa  155  7e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 297 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0712  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 299 aa  154  2.9999999999999998e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 312 aa  153  2.9999999999999998e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  31.39 
 
 		 322 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0975  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 309 aa  152  7e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00417013 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 304 aa  151  1e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1225  LysR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 306 aa  151  1e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 307 aa  152  1e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 300 aa  150  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 300 aa  149  4e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 297 aa  149  5e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 307 aa  149  6e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  30.31 
 
 		 300 aa  149  7e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 300 aa  149  7e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 300 aa  149  7e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 300 aa  149  7e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 297 aa  149  7e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  30 
 
 		 300 aa  149  7e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 300 aa  149  7e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 300 aa  149  7e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 300 aa  149  7e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17090  Transcriptional regulator, LysR family  33.08 
 
 		 299 aa  149  8e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 300 aa  148  9e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3346  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 328 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 307 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 307 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 298 aa  146  5e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 300 aa  145  6e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 300 aa  144  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  27.89 
 
 		 298 aa  145  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 307 aa  144  1e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 294 aa  143  3e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 316 aa  143  3e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 313 aa  143  4e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0162  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 302 aa  142  7e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18480  transcriptional regulator  29.17 
 
 		 309 aa  142  8e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3664  transcriptional regulator, LysR family  30.2 
 
 		 308 aa  142  8e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5612  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3691  transcriptional regulator, LysR family  30.34 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.66 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0835  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 364 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.643048  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 305 aa  139  4.999999999999999e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.77 
 
 		 302 aa  139  7e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  29.9 
 
 		 305 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6323  MarR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 294 aa  137  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.482978  normal  0.771209 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1470  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 313 aa  137  3.0000000000000003e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4616  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 299 aa  136  5e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.194737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 301 aa  136  5e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 		 302 aa  135  8e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 322 aa  135  8e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.853275 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4050  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 308 aa  135  9e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4635  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.646338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 305 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 305 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>