More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_4089 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
297 aa  588  1e-167  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  74.74 
 
 
298 aa  433  1e-120  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  72.79 
 
 
298 aa  429  1e-119  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  72.79 
 
 
298 aa  430  1e-119  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  72.79 
 
 
298 aa  430  1e-119  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  72.45 
 
 
298 aa  424  1e-118  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  72.45 
 
 
298 aa  424  1e-118  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  73.2 
 
 
297 aa  422  1e-117  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6323  MarR family transcriptional regulator  73.13 
 
 
294 aa  421  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.482978  normal  0.771209 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4050  LysR family transcriptional regulator  54.76 
 
 
308 aa  306  3e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3691  transcriptional regulator, LysR family  54.48 
 
 
301 aa  292  4e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5612  LysR family transcriptional regulator  55.94 
 
 
294 aa  292  4e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  44.95 
 
 
294 aa  238  9e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1466  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 
314 aa  218  1e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0835  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 
364 aa  203  3e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.643048  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2671  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.38 
 
 
313 aa  176  3e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00916902  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 
297 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 
297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 
297 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 
297 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  32.78 
 
 
297 aa  170  2e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 
313 aa  162  4.0000000000000004e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 
293 aa  158  9e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  32.51 
 
 
302 aa  158  1e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
305 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
305 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 
312 aa  157  2e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
305 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 
305 aa  156  3e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17090  Transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 
299 aa  154  1e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.16 
 
 
302 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
305 aa  152  7e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0975  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 
309 aa  152  8e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00417013 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 
300 aa  151  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  31.97 
 
 
322 aa  150  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
307 aa  150  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
304 aa  149  5e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1621  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 
297 aa  149  5e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 
307 aa  149  6e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 
306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 
307 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 
307 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 
316 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 
313 aa  146  5e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 
305 aa  144  1e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 
302 aa  144  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 
307 aa  144  2e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3955  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.33 
 
 
313 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 
296 aa  144  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  30.85 
 
 
298 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3236  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.65 
 
 
296 aa  143  3e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51620  LysR family transcriptional regulator protein  33.89 
 
 
301 aa  143  3e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3346  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 
328 aa  142  5e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  30.77 
 
 
300 aa  142  5e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3664  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 
308 aa  142  6e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 
307 aa  142  7e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0712  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 
299 aa  142  8e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  35.8 
 
 
306 aa  142  9e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 
298 aa  142  9e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 
305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1556  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
309 aa  140  3e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00011369  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32 
 
 
311 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.33 
 
 
311 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32 
 
 
311 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32 
 
 
311 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32 
 
 
311 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32 
 
 
311 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32 
 
 
311 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01942  probable transcriptional regulator  32.73 
 
 
287 aa  138  8.999999999999999e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.22412  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4367  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 
309 aa  137  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.764337  normal  0.231435 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4132  LysR family transcriptional regulator  36.89 
 
 
303 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.977393  normal  0.0579117 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  31.56 
 
 
308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 
304 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 
300 aa  136  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5102  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 
302 aa  136  4e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.94 
 
 
297 aa  136  5e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1225  LysR family transcriptional regulator  25.6 
 
 
306 aa  135  6.0000000000000005e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4438  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 
295 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000948245 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 
305 aa  135  7.000000000000001e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4596  LysR family transcriptional regulator  36.89 
 
 
303 aa  135  9e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00651674 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2760  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 
302 aa  135  9e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00129755  normal  0.164001 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3393  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 
298 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.162722 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  32.09 
 
 
300 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2617  OsmT protein  31.21 
 
 
308 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2568  OsmT protein  31.21 
 
 
308 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0008695  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2683  OsmT protein  31.21 
 
 
308 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.567691  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  28.38 
 
 
299 aa  135  9.999999999999999e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2789  OsmT protein  31.21 
 
 
308 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 
300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1500  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 
327 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.256268 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3454  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 
296 aa  133  3e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6115  transcriptional regulator, LysR family  33.88 
 
 
299 aa  134  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  27.7 
 
 
299 aa  133  3e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4958  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 
295 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.468232 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2817  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.51 
 
 
298 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 
305 aa  132  6.999999999999999e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.38 
 
 
298 aa  132  9e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.38 
 
 
298 aa  132  9e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3299  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 
287 aa  132  9e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0793122  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>