More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2760 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_2760  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  598  1e-170  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00129755  normal  0.164001 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  74 
 
 		 302 aa  421  1e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  57.05 
 
 		 299 aa  299  4e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3737  transcriptional regulator, LysR family  56.36 
 
 		 299 aa  291  1e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4814  transcriptional regulator, LysR family  56.36 
 
 		 299 aa  291  1e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1817  LysR family transcriptional regulator  55.44 
 
 		 310 aa  288  1e-76  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.113228  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3393  LysR family transcriptional regulator  55.21 
 
 		 298 aa  285  5e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.162722 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  54.39 
 
 		 297 aa  283  2.0000000000000002e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1911  transcriptional regulator, LysR family  54.76 
 
 		 310 aa  282  6.000000000000001e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0712  LysR family transcriptional regulator  53.12 
 
 		 299 aa  251  7e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  40.75 
 
 		 299 aa  219  3e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  40.41 
 
 		 299 aa  218  7e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1225  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 306 aa  188  1e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 293 aa  173  3.9999999999999995e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 307 aa  169  6e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 297 aa  168  9e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 297 aa  168  9e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 312 aa  168  1e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 297 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 313 aa  166  5.9999999999999996e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 307 aa  166  5.9999999999999996e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 306 aa  165  9e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 297 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 307 aa  162  9e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 305 aa  161  1e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 300 aa  159  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 		 300 aa  159  5e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 307 aa  159  8e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 307 aa  159  8e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 300 aa  158  9e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 300 aa  157  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.36 
 
 		 302 aa  158  1e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 304 aa  158  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 300 aa  158  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 298 aa  157  1e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 297 aa  158  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 305 aa  157  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 300 aa  157  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 322 aa  157  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1621  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 297 aa  157  2e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51620  LysR family transcriptional regulator protein  39.25 
 
 		 301 aa  157  3e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  35.86 
 
 		 297 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  36.71 
 
 		 305 aa  155  8e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 296 aa  155  9e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 304 aa  154  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1466  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 314 aa  152  7e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  36.01 
 
 		 305 aa  152  8e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 307 aa  152  8e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 300 aa  151  1e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 298 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 313 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 298 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 316 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 298 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  36.86 
 
 		 306 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 294 aa  149  7e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2504  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 298 aa  148  9e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 298 aa  148  9e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0589  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4635  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 300 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.646338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 297 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3955  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.33 
 
 		 313 aa  146  5e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4412  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 300 aa  145  6e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.481295  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1470  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 300 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193795  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5965  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 302 aa  145  8.000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0576334  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3236  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.68 
 
 		 296 aa  144  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3181  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 299 aa  144  1e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38680  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 306 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3454  transcriptional regulator, LysR family  34.93 
 
 		 296 aa  143  3e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 300 aa  144  3e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 300 aa  144  3e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  37.46 
 
 		 300 aa  144  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 300 aa  144  3e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 300 aa  144  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 300 aa  144  3e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  34.71 
 
 		 308 aa  143  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 300 aa  144  3e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  32.98 
 
 		 300 aa  143  3e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1013  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 300 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 		 298 aa  142  5e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1494  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 300 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17090  Transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 299 aa  142  6e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2789  OsmT protein  34.71 
 
 		 308 aa  142  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0162  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 302 aa  142  8e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2683  OsmT protein  34.71 
 
 		 308 aa  142  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.567691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2568  OsmT protein  34.71 
 
 		 308 aa  142  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0008695  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2617  OsmT protein  34.71 
 
 		 308 aa  142  9e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 305 aa  142  9e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0835  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 364 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.643048  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 317 aa  140  3e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  29.72 
 
 		 317 aa  140  3e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  29.72 
 
 		 317 aa  140  3e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 317 aa  140  3e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  29.72 
 
 		 317 aa  140  3e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3691  transcriptional regulator, LysR family  34.49 
 
 		 301 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 317 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4655  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 310 aa  139  7.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0129573  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>