More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4438 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4958  LysR family transcriptional regulator  99.66 
 
 
295 aa  597  1e-170  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.468232 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4438  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
295 aa  599  1e-170  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000948245 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5255  LysR family transcriptional regulator  93.22 
 
 
295 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.294771  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5029  LysR family transcriptional regulator  92.88 
 
 
295 aa  560  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.534863  normal  0.59636 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3338  LysR family transcriptional regulator  92.88 
 
 
295 aa  560  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.714315  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6028  LysR family transcriptional regulator  86.24 
 
 
300 aa  521  1e-147  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.171858  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  42.05 
 
 
297 aa  230  3e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  42.05 
 
 
297 aa  230  3e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  42.05 
 
 
297 aa  229  3e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  42.05 
 
 
297 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  41.7 
 
 
297 aa  226  2e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  42.97 
 
 
305 aa  224  2e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  40.69 
 
 
298 aa  209  4e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 
298 aa  209  6e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 
316 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 
313 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 
305 aa  204  1e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  38.6 
 
 
322 aa  204  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  38.25 
 
 
305 aa  204  2e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 
317 aa  202  7e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 
313 aa  201  9.999999999999999e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 
306 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  37.24 
 
 
317 aa  199  5e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
307 aa  199  5e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  36.9 
 
 
317 aa  198  7e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  36.9 
 
 
317 aa  198  7e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 
317 aa  198  7e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 
317 aa  198  7e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 
307 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 
317 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 
307 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 
307 aa  196  3e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 
312 aa  193  2e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0162  LysR family transcriptional regulator  41.49 
 
 
302 aa  193  4e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  36.43 
 
 
300 aa  191  1e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 
304 aa  189  4e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  36.01 
 
 
302 aa  189  5e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  39.92 
 
 
322 aa  189  7e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.853275 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 
305 aa  186  4e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.97 
 
 
302 aa  186  6e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 
305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 
305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 
305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3330  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 
298 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.718277 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5168  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 
298 aa  180  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4412  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.481295  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2806  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 
296 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.521552  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3391  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 
298 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.279491  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4125  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 
298 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0971923 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4776  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 
298 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4128  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 
315 aa  175  7e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3181  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 
299 aa  174  1.9999999999999998e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 
307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 
307 aa  172  5e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2547  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 
310 aa  165  6.9999999999999995e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.372947 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 
300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 
300 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0589  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 
297 aa  155  6e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  34.25 
 
 
302 aa  155  7e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51620  LysR family transcriptional regulator protein  34.44 
 
 
301 aa  155  1e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
294 aa  154  1e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
300 aa  154  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 
298 aa  153  2.9999999999999998e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  31.96 
 
 
300 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 
297 aa  151  1e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.3 
 
 
304 aa  151  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
300 aa  151  2e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 
293 aa  150  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
300 aa  151  2e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
300 aa  151  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  33.33 
 
 
300 aa  151  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
300 aa  151  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
300 aa  151  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
300 aa  151  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  33.21 
 
 
306 aa  149  4e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 
300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 
301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 
298 aa  145  6e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6428  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 
301 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.410616 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 
305 aa  145  7.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2563  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 
308 aa  145  9e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00385912  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6140  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 
301 aa  145  9e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1253  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 
308 aa  144  1e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0013481  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2694  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 
308 aa  144  1e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000201069  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2773  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 
308 aa  144  1e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000207011  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02308  predicted DNA-binding transcriptional regulator  30.82 
 
 
308 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000841101  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2543  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 
308 aa  144  2e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000981621  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 
296 aa  144  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02269  hypothetical protein  30.82 
 
 
308 aa  144  2e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000658143  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 
300 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1270  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 
308 aa  144  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000010142  hitchhiker  0.000508597 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4285  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 
295 aa  144  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3638  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 
308 aa  144  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000159787  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 
300 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3454  transcriptional regulator, LysR family  32.64 
 
 
296 aa  143  3e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 
297 aa  143  3e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3955  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.22 
 
 
313 aa  143  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0712  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 
299 aa  144  3e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 
299 aa  143  3e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1470  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 
300 aa  142  9e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193795  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>