More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcenmc03_4023 on replicon NC_010515
Organism: Burkholderia cenocepacia MC0-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010515  Bcenmc03_4023  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 309 aa  625  1e-178  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.34925  normal  0.83755 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 303 aa  138  1e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 306 aa  135  8e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 328 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0795  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 320 aa  128  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 329 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 335 aa  127  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  32.42 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 299 aa  124  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 316 aa  123  5e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 316 aa  122  6e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 311 aa  122  7e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5149  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 308 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.785397  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 313 aa  120  3e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3816  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 310 aa  120  3.9999999999999996e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.898253 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  32.13 
 
 		 311 aa  119  4.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 320 aa  119  7e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5877  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 313 aa  119  9e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.673502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3382  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4069  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 324 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2084  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 323 aa  117  1.9999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.911939  normal  0.0802538 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  31.93 
 
 		 300 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6135  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 317 aa  116  5e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.120476  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3414  transcriptional regulator, LysR family  30.72 
 
 		 324 aa  116  6e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01898  DNA-binding transcriptional dual regulator of nitrogen assimilation  30.08 
 
 		 305 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0024282  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1667  transcriptional regulator, LysR family  30.08 
 
 		 305 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000420428  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1136  nitrogen assimilation transcriptional regulator  30.08 
 
 		 305 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190292  hitchhiker  0.000106963 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2270  nitrogen assimilation transcriptional regulator  30.08 
 
 		 305 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000041726  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.31 
 
 		 299 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 300 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.31 
 
 		 299 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2832  nitrogen assimilation transcriptional regulator  30.08 
 
 		 305 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000572709  normal  0.465707 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01887  hypothetical protein  30.08 
 
 		 305 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0017445  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0970  nitrogen assimilation transcriptional regulator  30.08 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000243153  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2111  nitrogen assimilation transcriptional regulator  29.69 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.1125e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  33.2 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1366  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.320453 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1657  nitrogen assimilation transcriptional regulator  29.69 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000208245  hitchhiker  0.00930832 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.92 
 
 		 299 aa  114  3e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  31.92 
 
 		 299 aa  114  3e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  31.92 
 
 		 299 aa  114  3e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5279  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 308 aa  114  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.328918  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 312 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.92 
 
 		 299 aa  113  5e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.92 
 
 		 299 aa  113  5e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 336 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6344  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 310 aa  112  9e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3132  transcriptional regulator, LysR family  32.11 
 
 		 308 aa  111  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.168013  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0637  LysR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 310 aa  112  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4206  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 316 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.46291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.64 
 
 		 299 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3202  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 333 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3210  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 306 aa  110  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 345 aa  110  3e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  31.31 
 
 		 300 aa  109  6e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5627  transcriptional regulator, LysR family  30.62 
 
 		 317 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5763  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 316 aa  108  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 309 aa  108  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6300  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 313 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3631  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 306 aa  107  3e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.489296 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4360  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 299 aa  107  3e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.623991  normal  0.557987 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  29.86 
 
 		 323 aa  106  5e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3859  LysR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 308 aa  106  6e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000207692 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  28.39 
 
 		 318 aa  106  6e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0942  nitrogen assimilation transcriptional regulator  29.63 
 
 		 313 aa  105  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.787087 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1833  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 317 aa  105  1e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2501  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 308 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.507839 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.45 
 
 		 307 aa  103  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 324 aa  103  5e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7661  transcriptional regulator LysR family  29.51 
 
 		 301 aa  102  7e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2178  transcriptional regulator, LysR family  31.08 
 
 		 307 aa  102  8e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  27.51 
 
 		 319 aa  102  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  30.12 
 
 		 301 aa  101  1e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2188  transcriptional regulator, LysR family  30.92 
 
 		 329 aa  102  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  33.02 
 
 		 302 aa  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2590  nitrogen assimilation transcriptional regulator  25.87 
 
 		 307 aa  101  2e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2079  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 303 aa  101  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843078  normal  0.804372 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6018  LysR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 306 aa  101  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.550846  normal  0.605819 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 341 aa  100  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0841  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 309 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.697299  normal  0.209982 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2070  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 328 aa  100  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518674  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 316 aa  100  4e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1243  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 316 aa  99.4  7e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6369  transcriptional regulator, LysR family  28.69 
 
 		 301 aa  99  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3612  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 332 aa  98.6  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.11328  normal  0.0439826 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8569  transcriptional regulator, LysR family  29.84 
 
 		 316 aa  98.2  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2003  LysR family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 291 aa  97.4  2e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2004  LysR family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 304 aa  97.8  2e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4550  transcriptional regulator, LysR family  28.69 
 
 		 306 aa  98.2  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.597489  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4436  transcriptional regulator, LysR family  27.71 
 
 		 288 aa  97.8  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.53692  normal  0.340151 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0663  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 312 aa  98.2  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.650838 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0848  LysR-family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 308 aa  97.1  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00362304  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  25.52 
 
 		 304 aa  97.1  3e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0751  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 308 aa  97.4  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000639538  normal  0.380791 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0812  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 308 aa  97.4  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0254349  normal  0.598657 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0739  LysR-family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 308 aa  97.4  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000050568  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0799  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 308 aa  96.7  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00821953  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 301 aa  97.1  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  28.05 
 
 		 305 aa  96.3  6e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>