More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1720 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1720  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 289 aa  588  1e-167  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.178865  normal  0.0235109 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2914  LysR family transcriptional regulator  85.08 
 
 		 295 aa  510  1e-144  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.298049  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1916  LysR family transcriptional regulator  75.77 
 
 		 293 aa  458  9.999999999999999e-129  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1543  transcriptional regulator, LysR family  75.09 
 
 		 293 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2815  LysR family transcriptional regulator  75.09 
 
 		 293 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2833  LysR family transcriptional regulator  75.09 
 
 		 293 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2958  LysR family transcriptional regulator  75.09 
 
 		 293 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0543101 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1730  LysR family transcriptional regulator  75.43 
 
 		 293 aa  456  1e-127  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1621  LysR family transcriptional regulator  74.74 
 
 		 293 aa  454  1e-127  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.358841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1691  LysR family transcriptional regulator  74.74 
 
 		 293 aa  454  1e-127  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1696  LysR family transcriptional regulator  74.4 
 
 		 293 aa  453  1.0000000000000001e-126  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1453  LysR family transcriptional regulator  72.35 
 
 		 293 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.248466  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1440  LysR family transcriptional regulator  72.88 
 
 		 296 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2215  LysR family transcriptional regulator  66.55 
 
 		 293 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  45.64 
 
 		 289 aa  268  7e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1389  LysR family transcriptional regulator  46.32 
 
 		 295 aa  268  8e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  44.95 
 
 		 289 aa  268  1e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 289 aa  255  7e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2801  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  42.31 
 
 		 294 aa  246  3e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  42.11 
 
 		 290 aa  241  1e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 307 aa  231  1e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  38.54 
 
 		 300 aa  225  8e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 		 300 aa  224  1e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  37.54 
 
 		 294 aa  214  1.9999999999999998e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 299 aa  213  3.9999999999999995e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 305 aa  206  5e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3231  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 297 aa  196  5.000000000000001e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4662  LysR family substrate binding transcriptional regulator  34.04 
 
 		 293 aa  186  3e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3366  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 293 aa  176  3e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.326699 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2392  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 293 aa  176  3e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.888596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2584  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 293 aa  176  6e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.156706  normal  0.234942 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0836  transcriptional regulator, LysR family  35.19 
 
 		 304 aa  170  2e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.192255  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0827  transcriptional regulator  31.58 
 
 		 296 aa  152  5.9999999999999996e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.237922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0799  transcriptional regulator  31.23 
 
 		 296 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.603179  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0858  transcriptional regulator  31.23 
 
 		 296 aa  151  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.311751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0890  transcriptional regulator  31.23 
 
 		 296 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.12488  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.62 
 
 		 299 aa  136  4e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  30.62 
 
 		 299 aa  136  5e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  30.62 
 
 		 299 aa  136  5e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  30.62 
 
 		 299 aa  136  5e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.77 
 
 		 299 aa  135  8e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.23 
 
 		 299 aa  135  9e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.23 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.23 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  29.37 
 
 		 300 aa  127  3e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5025  transcriptional regulator, LysR family  27.97 
 
 		 295 aa  126  4.0000000000000003e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.860643  normal  0.224116 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2118  LysR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 294 aa  124  1e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0084  LysR family transcriptional regulator  23.78 
 
 		 311 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446413  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 317 aa  123  3e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  28.32 
 
 		 300 aa  123  3e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 300 aa  123  4e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 300 aa  122  9e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  31.33 
 
 		 296 aa  121  9.999999999999999e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  26.64 
 
 		 301 aa  121  9.999999999999999e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 300 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 300 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 300 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  28.07 
 
 		 300 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0036  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.98 
 
 		 304 aa  121  1.9999999999999998e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0898  transcriptional regulator, LysR family  28.87 
 
 		 293 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 300 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 296 aa  119  7.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3562  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 296 aa  118  9e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0091  transcriptional regulator, LysR family  23.43 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2565  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 292 aa  118  9.999999999999999e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2618  LysR substrate-binding  27.05 
 
 		 292 aa  118  9.999999999999999e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1421  transcriptional regulator, LysR family  33.87 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0101  transcriptional regulator, LysR family  23.43 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  28.88 
 
 		 350 aa  117  3e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2157  LysR family transcriptional regulator  23.69 
 
 		 293 aa  116  3.9999999999999997e-25  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 313 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2897  transcriptional regulator, LysR family  28.37 
 
 		 298 aa  116  6e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00606116  hitchhiker  0.00007682 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2442  LysR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 300 aa  115  7.999999999999999e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  26.79 
 
 		 322 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0147  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 312 aa  114  1.0000000000000001e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.951871  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2671  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0656105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.24 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.24 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.24 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.24 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.24 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.24 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  27.86 
 
 		 302 aa  113  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 322 aa  113  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.853275 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  27.46 
 
 		 305 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 316 aa  113  4.0000000000000004e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 306 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 307 aa  112  6e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0551  transcriptional regulator, LysR family protein  24.56 
 
 		 294 aa  112  6e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215454  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 324 aa  112  6e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0821  LysR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 295 aa  112  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0342019  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>