More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen2424_3386 on replicon NC_008543
Organism: Burkholderia cenocepacia HI2424



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  100 
 
 		 298 aa  584  1e-166  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  100 
 
 		 298 aa  584  1e-166  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4781  DNA-binding transcriptional regulator CynR  100 
 
 		 298 aa  584  1e-166  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.749024  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2817  DNA-binding transcriptional regulator CynR  91.28 
 
 		 298 aa  533  1e-150  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3094  DNA-binding transcriptional regulator CynR  68.18 
 
 		 295 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  61.17 
 
 		 299 aa  359  3e-98  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  61.17 
 
 		 299 aa  359  4e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  61.17 
 
 		 299 aa  359  4e-98  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  60.82 
 
 		 299 aa  358  5e-98  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  60.82 
 
 		 299 aa  358  5e-98  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  60.82 
 
 		 299 aa  358  5e-98  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  60.82 
 
 		 299 aa  357  9.999999999999999e-98  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2145  DNA-binding transcriptional regulator CynR  61.11 
 
 		 304 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.276237  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  60.82 
 
 		 299 aa  354  7.999999999999999e-97  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  57.24 
 
 		 311 aa  323  3e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  57.24 
 
 		 311 aa  323  3e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  56.9 
 
 		 311 aa  321  9.000000000000001e-87  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  56.9 
 
 		 311 aa  321  9.000000000000001e-87  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  56.9 
 
 		 311 aa  321  9.000000000000001e-87  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  56.9 
 
 		 311 aa  321  9.000000000000001e-87  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  59.3 
 
 		 300 aa  320  1.9999999999999998e-86  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3730  DNA-binding transcriptional regulator CynR  59.86 
 
 		 296 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.107166  normal  0.247106 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  55.25 
 
 		 295 aa  311  1e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  57.24 
 
 		 311 aa  310  2e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  54.92 
 
 		 295 aa  310  2e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1200  DNA-binding transcriptional regulator CynR  58.28 
 
 		 311 aa  308  9e-83  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  56.83 
 
 		 328 aa  304  1.0000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2742  DNA-binding transcriptional regulator CynR  58.13 
 
 		 325 aa  301  1e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0588637  normal  0.665335 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0107  DNA-binding transcriptional regulator CynR  53.19 
 
 		 315 aa  293  3e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  52.58 
 
 		 295 aa  289  3e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0644  DNA-binding transcriptional regulator CynR  59.17 
 
 		 296 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0161  DNA-binding transcriptional regulator CynR  59.17 
 
 		 296 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0611  DNA-binding transcriptional regulator CynR  58.48 
 
 		 296 aa  285  7e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.519974  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4861  DNA-binding transcriptional regulator CynR  51.82 
 
 		 301 aa  271  1e-71  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0956909 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3368  DNA-binding transcriptional regulator CynR  49.31 
 
 		 292 aa  266  4e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.578087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37940  DNA-binding transcriptional regulator CynR  50.52 
 
 		 295 aa  262  4.999999999999999e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000278966  normal  0.0117616 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3484  DNA-binding transcriptional regulator CynR  47.04 
 
 		 292 aa  245  6.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.875325  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  43.56 
 
 		 308 aa  198  1.0000000000000001e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  42.9 
 
 		 308 aa  192  4e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1896  LysR family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 296 aa  192  5e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.349748 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  38 
 
 		 303 aa  187  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3755  LysR substrate-binding  33.8 
 
 		 294 aa  177  2e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 300 aa  176  4e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 305 aa  176  6e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 300 aa  175  7e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  32.39 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 300 aa  172  3.9999999999999995e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0198  LysR family transcriptional regulator  42.46 
 
 		 308 aa  173  3.9999999999999995e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5108  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 301 aa  172  5e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.336118  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 300 aa  172  5.999999999999999e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  32.04 
 
 		 300 aa  171  9e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 300 aa  171  2e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2120  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 292 aa  169  6e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.112359  normal  0.184045 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 303 aa  166  2.9999999999999998e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2003  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 291 aa  158  1e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1282  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 293 aa  157  3e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.20294  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 301 aa  149  7e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4331  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 298 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0186917 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  31.27 
 
 		 290 aa  145  1e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 289 aa  141  9.999999999999999e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 307 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4335  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 297 aa  135  6.0000000000000005e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.385889  normal  0.337801 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2862  hypothetical protein  30.58 
 
 		 292 aa  134  9.999999999999999e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  28.38 
 
 		 300 aa  134  9.999999999999999e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  31.56 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  28.72 
 
 		 300 aa  133  3.9999999999999996e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 298 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1389  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 295 aa  132  5e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  28.98 
 
 		 289 aa  132  6.999999999999999e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 297 aa  132  9e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  33.85 
 
 		 343 aa  131  2.0000000000000002e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  38.34 
 
 		 323 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 306 aa  130  3e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 310 aa  130  4.0000000000000003e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6323  MarR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 294 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.482978  normal  0.771209 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 298 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 298 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5585  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 298 aa  129  6e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  27.66 
 
 		 289 aa  129  6e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3565  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 303 aa  129  6e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.116622  normal  0.0782096 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5618  transcriptional regulator, LysR family  28.87 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000121214 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1615  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.979938  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  27.15 
 
 		 296 aa  128  1.0000000000000001e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0101  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0091  transcriptional regulator, LysR family  32.64 
 
 		 311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2778  putative transcriptional regulator  30.57 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2818  putative transcriptional regulator  30.57 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.238125  normal  0.998647 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  32.27 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 299 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2671  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.72 
 
 		 313 aa  127  3e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00916902  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2841  putative transcriptional regulator  30.57 
 
 		 308 aa  126  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.619943 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2737  putative transcriptional regulator  30.57 
 
 		 308 aa  126  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.093098  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0836  transcriptional regulator, LysR family  31.47 
 
 		 304 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.192255  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2953  putative transcriptional regulator  30.57 
 
 		 308 aa  126  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4616  LysR family regulatory protein  28.72 
 
 		 295 aa  125  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>