More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_7208 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_7208  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 293 aa  575  1.0000000000000001e-163  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.319627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4335  LysR family transcriptional regulator  66.09 
 
 		 297 aa  385  1e-106  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.385889  normal  0.337801 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3794  transcriptional regulator, LysR family  67.51 
 
 		 294 aa  380  1e-104  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.689518 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0274  hypothetical protein  61.59 
 
 		 294 aa  372  1e-102  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0269  hypothetical protein  61.25 
 
 		 294 aa  368  1e-101  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  61.17 
 
 		 298 aa  360  2e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3939  LysR family transcriptional regulator  62.93 
 
 		 320 aa  359  3e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0420  LysR family transcriptional regulator  61.46 
 
 		 296 aa  329  3e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0324  LysR family transcriptional regulator  59.93 
 
 		 296 aa  300  2e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0340  LysR family transcriptional regulator  59.58 
 
 		 296 aa  298  7e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0898  LysR family transcriptional regulator  47.26 
 
 		 295 aa  258  6e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1693  LysR family transcriptional regulator  47.93 
 
 		 300 aa  255  7e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19670  LysR family transcriptional regulator  47.59 
 
 		 297 aa  251  8.000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.663565  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1120  LysR family transcriptional regulator  46.02 
 
 		 298 aa  242  5e-63  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.359729  normal  0.248441 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4627  LysR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 293 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4487  LysR family transcriptional regulator  45.86 
 
 		 293 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4611  LysR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 293 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0937251  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3760  transcriptional regulator, LysR family  44.41 
 
 		 320 aa  217  2e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2922  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 319 aa  216  5e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0176  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 		 334 aa  215  8e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0023  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 307 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.189031  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 310 aa  212  4.9999999999999996e-54  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2679  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 307 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.626987  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2769  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 307 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0024  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 307 aa  211  1e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0236  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 307 aa  211  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3502  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 307 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1873  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 307 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0024  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 307 aa  211  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0828  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 297 aa  205  6e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0091  transcriptional regulator, LysR family  43.45 
 
 		 311 aa  204  1e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1688  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 292 aa  204  1e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000776975  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0084  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 		 311 aa  204  1e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446413  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0894  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 298 aa  204  2e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0101  transcriptional regulator, LysR family  43.45 
 
 		 311 aa  203  3e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2928  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 296 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0645759  normal  0.282889 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0063  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 308 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3228  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 308 aa  199  3e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.155209 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0026  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 308 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0044  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 308 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0047  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 308 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0045  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 308 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0036  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 308 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.565587  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0291  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3390  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 296 aa  193  3e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0974  transcriptional regulator, LysR family  38.91 
 
 		 296 aa  193  3e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.966458  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2157  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 293 aa  192  5e-48  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4084  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 302 aa  192  7e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0953  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 296 aa  192  7e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0271  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 295 aa  191  1e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0648353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0988  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 296 aa  189  7e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4614  LysR family regulatory protein  38.46 
 
 		 295 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.342206 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4523  LysR family regulatory protein  38.46 
 
 		 295 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4666  LysR family regulatory protein  38.46 
 
 		 295 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.54567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4531  LysR family regulatory protein  38.46 
 
 		 295 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4616  LysR family regulatory protein  38.46 
 
 		 295 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1795  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 296 aa  186  3e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00491108  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2118  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 294 aa  186  4e-46  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1324  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 293 aa  185  8e-46  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4429  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 295 aa  184  2.0000000000000003e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.353494  normal  0.612684 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0901  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 302 aa  183  3e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000228882 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1046  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 296 aa  181  1e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2565  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 292 aa  181  1e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2618  LysR substrate-binding  30.93 
 
 		 292 aa  181  1e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1336  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 297 aa  179  4.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.916876  normal  0.272272 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1401  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 297 aa  179  7e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.025944 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3026  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 296 aa  178  1e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 295 aa  175  6e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3051  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 296 aa  175  9e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000517942  normal  0.0334887 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0921  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 296 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.422562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0884  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 296 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000164987  normal  0.231561 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3514  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 295 aa  172  5e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0347689  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0844  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 295 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.033432 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0856  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 295 aa  172  7.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.252777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0821  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 295 aa  171  9e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0342019  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3153  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 295 aa  172  9e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00364917  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0586  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 302 aa  171  9e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.364179  decreased coverage  0.000128837 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3562  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 296 aa  171  1e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0551  transcriptional regulator, LysR family protein  34.25 
 
 		 294 aa  171  1e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215454  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0898  transcriptional regulator, LysR family  31.63 
 
 		 293 aa  169  4e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0843  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 293 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3435  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 295 aa  165  9e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0107817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0896  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 291 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948666 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0699  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3323  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 295 aa  163  3e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0711414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  36.75 
 
 		 301 aa  159  4e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0243  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 302 aa  157  3e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  37.19 
 
 		 343 aa  149  4e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  30.24 
 
 		 302 aa  149  8e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 305 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  31.97 
 
 		 300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1389  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 295 aa  146  4.0000000000000006e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 299 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 		 300 aa  145  6e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 310 aa  143  3e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0890  transcriptional regulator  29.31 
 
 		 296 aa  142  5e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.12488  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 298 aa  142  6e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 311 aa  142  7e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0827  transcriptional regulator  30.27 
 
 		 296 aa  142  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.237922  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 307 aa  142  9e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>