More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5705 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  100 
 
 		 295 aa  587  1e-167  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  99.66 
 
 		 295 aa  586  1e-166  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2145  DNA-binding transcriptional regulator CynR  61.38 
 
 		 304 aa  358  7e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.276237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  61.38 
 
 		 300 aa  355  5.999999999999999e-97  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  58.45 
 
 		 311 aa  328  5.0000000000000004e-89  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  58.45 
 
 		 311 aa  328  5.0000000000000004e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  58.45 
 
 		 311 aa  328  5.0000000000000004e-89  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  58.45 
 
 		 311 aa  328  5.0000000000000004e-89  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  58.45 
 
 		 311 aa  328  7e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  58.45 
 
 		 311 aa  328  7e-89  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2817  DNA-binding transcriptional regulator CynR  56.46 
 
 		 298 aa  317  1e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0161  DNA-binding transcriptional regulator CynR  62.46 
 
 		 296 aa  316  2e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  58.45 
 
 		 311 aa  317  2e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0644  DNA-binding transcriptional regulator CynR  62.46 
 
 		 296 aa  316  2e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3730  DNA-binding transcriptional regulator CynR  58.6 
 
 		 296 aa  315  6e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.107166  normal  0.247106 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0611  DNA-binding transcriptional regulator CynR  61.4 
 
 		 296 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.519974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2742  DNA-binding transcriptional regulator CynR  58.04 
 
 		 325 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0588637  normal  0.665335 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  54.92 
 
 		 298 aa  310  2e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4781  DNA-binding transcriptional regulator CynR  54.92 
 
 		 298 aa  310  2e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.749024  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  54.92 
 
 		 298 aa  310  2e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  52.4 
 
 		 299 aa  305  5.0000000000000004e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  53.79 
 
 		 295 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  53.15 
 
 		 299 aa  302  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  52.05 
 
 		 299 aa  302  5.000000000000001e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  52.05 
 
 		 299 aa  302  5.000000000000001e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  52.05 
 
 		 299 aa  301  6.000000000000001e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  52.1 
 
 		 299 aa  298  1e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  52.1 
 
 		 299 aa  298  1e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  52.1 
 
 		 299 aa  298  1e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1200  DNA-binding transcriptional regulator CynR  57.75 
 
 		 311 aa  297  2e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  53.43 
 
 		 328 aa  283  2.0000000000000002e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3094  DNA-binding transcriptional regulator CynR  49.83 
 
 		 295 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3368  DNA-binding transcriptional regulator CynR  50.87 
 
 		 292 aa  278  7e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.578087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37940  DNA-binding transcriptional regulator CynR  54.33 
 
 		 295 aa  277  2e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000278966  normal  0.0117616 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4861  DNA-binding transcriptional regulator CynR  51.09 
 
 		 301 aa  273  2.0000000000000002e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0956909 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0107  DNA-binding transcriptional regulator CynR  48.58 
 
 		 315 aa  272  4.0000000000000004e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3484  DNA-binding transcriptional regulator CynR  47.06 
 
 		 292 aa  266  4e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.875325  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  44.03 
 
 		 308 aa  221  9.999999999999999e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  43.34 
 
 		 308 aa  216  2.9999999999999998e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5108  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 301 aa  207  2e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.336118  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  38.87 
 
 		 303 aa  206  5e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 303 aa  205  6e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0198  LysR family transcriptional regulator  43.25 
 
 		 308 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2120  LysR family transcriptional regulator  40.29 
 
 		 292 aa  191  9e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.112359  normal  0.184045 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1896  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 296 aa  191  2e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.349748 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3755  LysR substrate-binding  34.49 
 
 		 294 aa  178  9e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 300 aa  176  3e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 300 aa  175  9e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 300 aa  172  5e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 300 aa  172  5e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 300 aa  172  7.999999999999999e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 300 aa  170  2e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 300 aa  169  5e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 300 aa  167  1e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4331  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0186917 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2003  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 291 aa  148  1.0000000000000001e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 297 aa  147  3e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 305 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2862  hypothetical protein  34.44 
 
 		 292 aa  145  7.0000000000000006e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 310 aa  143  3e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1282  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 293 aa  143  4e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.20294  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4335  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  141  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.385889  normal  0.337801 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 300 aa  140  3e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  29.51 
 
 		 290 aa  139  6e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 317 aa  139  6e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  29.07 
 
 		 300 aa  137  2e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3565  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.116622  normal  0.0782096 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 296 aa  133  3e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 316 aa  133  3.9999999999999996e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  30.18 
 
 		 289 aa  131  1.0000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3393  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 298 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.162722 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1817  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 310 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.113228  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  30.18 
 
 		 316 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6323  MarR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.482978  normal  0.771209 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 310 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 298 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 289 aa  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 298 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 298 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1466  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 314 aa  130  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 298 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3362  LysR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 301 aa  129  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0184586  normal  0.124308 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5618  transcriptional regulator, LysR family  29.05 
 
 		 300 aa  129  6e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000121214 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1911  transcriptional regulator, LysR family  31.88 
 
 		 310 aa  129  7.000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 298 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 298 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4436  transcriptional regulator, LysR family  31.42 
 
 		 288 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.53692  normal  0.340151 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4879  transcriptional regulator, LysR family  35.91 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4901  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 307 aa  127  3e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4914  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 294 aa  127  3e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7208  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 293 aa  127  3e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.319627  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 305 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  30.93 
 
 		 301 aa  125  8.000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2841  putative transcriptional regulator  30.43 
 
 		 308 aa  125  8.000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.619943 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2953  putative transcriptional regulator  30.43 
 
 		 308 aa  125  8.000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>