More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2120 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_2120  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 292 aa  577  1e-164  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.112359  normal  0.184045 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1896  LysR family transcriptional regulator  65.03 
 
 		 296 aa  371  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.349748 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0198  LysR family transcriptional regulator  68.99 
 
 		 308 aa  362  3e-99  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  67.6 
 
 		 308 aa  361  7.0000000000000005e-99  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  67.25 
 
 		 308 aa  357  9e-98  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  41.78 
 
 		 303 aa  216  5e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5108  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 301 aa  216  5e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.336118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 303 aa  213  2.9999999999999995e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  41.92 
 
 		 295 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  41.58 
 
 		 295 aa  211  2e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  42.81 
 
 		 295 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  40.97 
 
 		 311 aa  196  3e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  40.97 
 
 		 311 aa  196  3e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  40.97 
 
 		 311 aa  196  3e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  40.97 
 
 		 311 aa  196  3e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  40.97 
 
 		 311 aa  196  3e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  40.97 
 
 		 311 aa  196  3e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2817  DNA-binding transcriptional regulator CynR  41.46 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  39.72 
 
 		 300 aa  194  1e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  41.32 
 
 		 311 aa  192  8e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  39.07 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  39.07 
 
 		 299 aa  191  1e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  38.71 
 
 		 299 aa  190  2e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  38.71 
 
 		 299 aa  190  2e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  39.07 
 
 		 299 aa  191  2e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2145  DNA-binding transcriptional regulator CynR  38.11 
 
 		 304 aa  190  2e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.276237  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3755  LysR substrate-binding  34.69 
 
 		 294 aa  190  2e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  38.71 
 
 		 299 aa  190  2e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  39.07 
 
 		 299 aa  190  2.9999999999999997e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  39.07 
 
 		 299 aa  188  9e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  39.72 
 
 		 298 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4781  DNA-binding transcriptional regulator CynR  39.72 
 
 		 298 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.749024  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  39.72 
 
 		 298 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  32.39 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 300 aa  183  4.0000000000000006e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 300 aa  182  4.0000000000000006e-45  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 300 aa  182  6e-45  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3094  DNA-binding transcriptional regulator CynR  37.59 
 
 		 295 aa  182  7e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 300 aa  179  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  31.69 
 
 		 300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0107  DNA-binding transcriptional regulator CynR  35.69 
 
 		 315 aa  179  4e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  38.27 
 
 		 328 aa  179  5.999999999999999e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 305 aa  179  5.999999999999999e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1200  DNA-binding transcriptional regulator CynR  39.58 
 
 		 311 aa  179  7e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3730  DNA-binding transcriptional regulator CynR  39.93 
 
 		 296 aa  178  8e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.107166  normal  0.247106 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37940  DNA-binding transcriptional regulator CynR  40.07 
 
 		 295 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000278966  normal  0.0117616 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0611  DNA-binding transcriptional regulator CynR  40.64 
 
 		 296 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.519974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3368  DNA-binding transcriptional regulator CynR  38.28 
 
 		 292 aa  171  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.578087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0161  DNA-binding transcriptional regulator CynR  40.64 
 
 		 296 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0644  DNA-binding transcriptional regulator CynR  40.64 
 
 		 296 aa  171  1e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2742  DNA-binding transcriptional regulator CynR  38.87 
 
 		 325 aa  170  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0588637  normal  0.665335 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4331  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 298 aa  168  8e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0186917 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3484  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.84 
 
 		 292 aa  159  6e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.875325  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4861  DNA-binding transcriptional regulator CynR  36.13 
 
 		 301 aa  155  8e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0956909 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 301 aa  154  1e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1282  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 293 aa  145  5e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.20294  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2003  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 291 aa  145  1e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 305 aa  139  4.999999999999999e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 		 343 aa  138  1e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 289 aa  137  2e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  31.6 
 
 		 297 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 297 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 297 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04720  Transcriptional regulator, LysR family  29.11 
 
 		 299 aa  135  6.0000000000000005e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.245931  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 305 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 305 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 320 aa  133  3e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 305 aa  133  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2157  LysR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 293 aa  132  6e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  27.53 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  28.98 
 
 		 290 aa  130  3e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  28.22 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5165  LysR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 298 aa  130  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.14822 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 297 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0371  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.45787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0401  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.709145 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0397  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.7885  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5392  transcriptional regulator, LysR family  28.37 
 
 		 294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5618  transcriptional regulator, LysR family  28.37 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000121214 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5069  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 294 aa  126  3e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5454  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 294 aa  126  3e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.533779  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4831  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 307 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.496731  normal  0.988121 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06880  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 292 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0196299  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5335  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4914  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5310  transcriptional regulator, LysR family  28.03 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.1453799999999997e-20 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0629  putative transcriptional regulator  28.82 
 
 		 292 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.641371  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5341  transcriptional regulator, LysR family  28.03 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4901  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 294 aa  124  3e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 296 aa  123  4e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4335  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 297 aa  122  5e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.385889  normal  0.337801 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>