More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4331 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_4331  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  607  1e-173  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0186917 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  45.61 
 
 		 303 aa  275  8e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  46.69 
 
 		 303 aa  272  5.000000000000001e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5108  LysR family transcriptional regulator  46.69 
 
 		 301 aa  271  1e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.336118  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  34.72 
 
 		 308 aa  172  5e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 308 aa  168  9e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.74 
 
 		 311 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.74 
 
 		 311 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.74 
 
 		 311 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.74 
 
 		 311 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.74 
 
 		 311 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.74 
 
 		 311 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.74 
 
 		 311 aa  156  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2120  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 292 aa  156  4e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.112359  normal  0.184045 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.68 
 
 		 300 aa  155  9e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1896  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 296 aa  155  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.349748 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.3 
 
 		 295 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.94 
 
 		 299 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  31.94 
 
 		 299 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  31.94 
 
 		 299 aa  153  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.88 
 
 		 295 aa  153  4e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.94 
 
 		 299 aa  152  7e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.94 
 
 		 299 aa  152  7e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0198  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 308 aa  152  8e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.85 
 
 		 299 aa  152  1e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.85 
 
 		 299 aa  152  1e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.85 
 
 		 299 aa  150  3e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2145  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.04 
 
 		 304 aa  149  7e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.276237  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1200  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.71 
 
 		 311 aa  147  3e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.52 
 
 		 298 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.52 
 
 		 298 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4781  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.52 
 
 		 298 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.749024  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2817  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.51 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3730  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.56 
 
 		 296 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.107166  normal  0.247106 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3484  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.56 
 
 		 292 aa  137  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.875325  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0611  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.86 
 
 		 296 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.519974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0644  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.28 
 
 		 296 aa  135  9e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0161  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.28 
 
 		 296 aa  135  9e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 305 aa  134  9.999999999999999e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.25 
 
 		 328 aa  133  3.9999999999999996e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2742  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.22 
 
 		 325 aa  132  9e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0588637  normal  0.665335 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 300 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 300 aa  129  6e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.21 
 
 		 295 aa  128  9.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3094  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.56 
 
 		 295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 300 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3368  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.39 
 
 		 292 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.578087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  27.84 
 
 		 300 aa  125  6e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 294 aa  125  8.000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 300 aa  125  9e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 300 aa  125  9e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  27.3 
 
 		 300 aa  125  9e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 305 aa  124  1e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3755  LysR substrate-binding  32.66 
 
 		 294 aa  123  3e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  26.96 
 
 		 300 aa  124  3e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0107  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.74 
 
 		 315 aa  123  3e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 300 aa  122  6e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 300 aa  122  7e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  38.34 
 
 		 292 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 300 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  26.62 
 
 		 300 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  24.17 
 
 		 305 aa  119  7.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2683  OsmT protein  25.17 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.567691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2789  OsmT protein  25.17 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2568  OsmT protein  25.17 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0008695  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2617  OsmT protein  25.08 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0331  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 		 306 aa  117  3e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.172645  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  25.17 
 
 		 308 aa  117  3e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 298 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 298 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2064  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 		 306 aa  117  3e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.053811  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 299 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 297 aa  115  7.999999999999999e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 307 aa  115  8.999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 299 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  33.17 
 
 		 301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 299 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  31.33 
 
 		 308 aa  114  1.0000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0836  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 		 304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.192255  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2504  transcriptional regulator, LysR family  24.4 
 
 		 298 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 323 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4861  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.09 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0956909 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2003  LysR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 291 aa  114  2.0000000000000002e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5335  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 294 aa  113  3e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 296 aa  114  3e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 297 aa  113  5e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 300 aa  112  5e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 298 aa  112  5e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 298 aa  113  5e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4914  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 294 aa  112  6e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5618  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 300 aa  112  6e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000121214 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06880  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 292 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0196299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5392  transcriptional regulator, LysR family  28.12 
 
 		 294 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 300 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37940  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.79 
 
 		 295 aa  112  9e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000278966  normal  0.0117616 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  31.22 
 
 		 290 aa  112  9e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 341 aa  112  9e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2120  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 319 aa  111  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.085988 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>