More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_1896 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_1896  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  591  1e-168  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.349748 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2120  LysR family transcriptional regulator  63.94 
 
 		 292 aa  347  1e-94  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.112359  normal  0.184045 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0198  LysR family transcriptional regulator  62.63 
 
 		 308 aa  334  7.999999999999999e-91  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  60.69 
 
 		 308 aa  330  2e-89  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  60.34 
 
 		 308 aa  326  3e-88  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5108  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 301 aa  215  7e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.336118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 303 aa  207  2e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  38.52 
 
 		 303 aa  199  5e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 		 300 aa  198  9e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2817  DNA-binding transcriptional regulator CynR  40.54 
 
 		 298 aa  195  7e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 305 aa  195  9e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  39.36 
 
 		 298 aa  192  5e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4781  DNA-binding transcriptional regulator CynR  39.36 
 
 		 298 aa  192  5e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.749024  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  39.36 
 
 		 298 aa  192  5e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  37.81 
 
 		 295 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 300 aa  190  2e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 300 aa  191  2e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 300 aa  190  2e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  37.46 
 
 		 295 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  35.07 
 
 		 300 aa  190  2e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 300 aa  189  5.999999999999999e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3755  LysR substrate-binding  34.9 
 
 		 294 aa  189  5.999999999999999e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  37.04 
 
 		 311 aa  189  7e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  37.04 
 
 		 311 aa  189  7e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  37.04 
 
 		 311 aa  189  7e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  37.04 
 
 		 311 aa  189  7e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  37.04 
 
 		 311 aa  188  8e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  37.04 
 
 		 311 aa  188  8e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  35.07 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  37.63 
 
 		 299 aa  185  7e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 299 aa  185  7e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  37.63 
 
 		 299 aa  185  7e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 300 aa  185  8e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  37.63 
 
 		 299 aa  185  9e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  37.63 
 
 		 299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  37.63 
 
 		 299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  37.63 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3730  DNA-binding transcriptional regulator CynR  38.87 
 
 		 296 aa  183  3e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.107166  normal  0.247106 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  37.63 
 
 		 299 aa  182  7e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  37.04 
 
 		 311 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  38.03 
 
 		 295 aa  179  4e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  39.42 
 
 		 328 aa  179  4e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3094  DNA-binding transcriptional regulator CynR  36.56 
 
 		 295 aa  177  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2145  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.15 
 
 		 304 aa  177  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.276237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  35.71 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3368  DNA-binding transcriptional regulator CynR  36.04 
 
 		 292 aa  176  5e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.578087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1200  DNA-binding transcriptional regulator CynR  37.1 
 
 		 311 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2742  DNA-binding transcriptional regulator CynR  38.87 
 
 		 325 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0588637  normal  0.665335 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0161  DNA-binding transcriptional regulator CynR  38.87 
 
 		 296 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0644  DNA-binding transcriptional regulator CynR  38.87 
 
 		 296 aa  167  2e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0107  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.39 
 
 		 315 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0611  DNA-binding transcriptional regulator CynR  38.52 
 
 		 296 aa  165  9e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.519974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3484  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.9 
 
 		 292 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.875325  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4331  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 298 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0186917 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  35.36 
 
 		 301 aa  154  2e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37940  DNA-binding transcriptional regulator CynR  35.21 
 
 		 295 aa  153  4e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000278966  normal  0.0117616 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1282  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 293 aa  152  5e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.20294  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4861  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.85 
 
 		 301 aa  142  9e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0956909 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4335  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 297 aa  136  3.0000000000000003e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.385889  normal  0.337801 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5618  transcriptional regulator, LysR family  30.18 
 
 		 300 aa  136  4e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000121214 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2157  LysR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 293 aa  133  3.9999999999999996e-30  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  35.44 
 
 		 343 aa  133  3.9999999999999996e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2003  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 291 aa  132  5e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0401  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 307 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.709145 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5310  transcriptional regulator, LysR family  29.47 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.1453799999999997e-20 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5341  transcriptional regulator, LysR family  29.47 
 
 		 294 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5392  transcriptional regulator, LysR family  29.12 
 
 		 294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0371  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 307 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.45787  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0091  transcriptional regulator, LysR family  32.04 
 
 		 311 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0397  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 307 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.7885  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 305 aa  130  3e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4831  LysR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 307 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.496731  normal  0.988121 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0898  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 295 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0101  transcriptional regulator, LysR family  32.04 
 
 		 311 aa  129  6e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5069  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 294 aa  129  8.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5454  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 294 aa  129  8.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.533779  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  27.05 
 
 		 295 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5012  LysR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4914  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3128  transcriptional regulator, LysR family  34.77 
 
 		 309 aa  126  5e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5335  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 294 aa  125  6e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  27.3 
 
 		 300 aa  125  6e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  29.62 
 
 		 297 aa  126  6e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 298 aa  125  8.000000000000001e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0084  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 311 aa  124  1e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446413  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 300 aa  124  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1688  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 292 aa  124  2e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000776975  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4901  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3760  transcriptional regulator, LysR family  32.19 
 
 		 320 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04720  Transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.245931  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06880  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 292 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0196299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0629  putative transcriptional regulator  29.64 
 
 		 292 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.641371  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6115  transcriptional regulator, LysR family  31.18 
 
 		 299 aa  123  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>