More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_2482 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  615  1e-175  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5108  LysR family transcriptional regulator  92.64 
 
 		 301 aa  568  1e-161  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.336118  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  61.82 
 
 		 303 aa  380  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4331  LysR family transcriptional regulator  46.69 
 
 		 298 aa  272  6e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0186917 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  39.24 
 
 		 308 aa  208  9e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1896  LysR family transcriptional regulator  38.73 
 
 		 296 aa  207  2e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.349748 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  38.33 
 
 		 295 aa  206  4e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  37.98 
 
 		 295 aa  205  6e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 308 aa  204  1e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2120  LysR family transcriptional regulator  39.41 
 
 		 292 aa  199  3.9999999999999996e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.112359  normal  0.184045 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3755  LysR substrate-binding  36.23 
 
 		 294 aa  189  4e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  36.92 
 
 		 299 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0198  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 308 aa  183  3e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  36.56 
 
 		 299 aa  182  6e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  36.56 
 
 		 299 aa  182  6e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  36.56 
 
 		 299 aa  182  6e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  36.56 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  36.56 
 
 		 299 aa  180  2e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  36.56 
 
 		 299 aa  180  2e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  36.17 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  37.28 
 
 		 300 aa  180  2.9999999999999997e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2817  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.38 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  36.4 
 
 		 311 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  36.4 
 
 		 311 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  36.4 
 
 		 311 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  36.4 
 
 		 311 aa  169  4e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  36.4 
 
 		 311 aa  169  6e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  36.4 
 
 		 311 aa  169  6e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  36.14 
 
 		 295 aa  168  8e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2145  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.87 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.276237  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.68 
 
 		 298 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.68 
 
 		 298 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4781  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.68 
 
 		 298 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.749024  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  31.93 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  36.4 
 
 		 311 aa  163  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 300 aa  163  3e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3730  DNA-binding transcriptional regulator CynR  37.11 
 
 		 296 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.107166  normal  0.247106 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 305 aa  162  8.000000000000001e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1200  DNA-binding transcriptional regulator CynR  35.57 
 
 		 311 aa  161  1e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 300 aa  160  2e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0107  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.03 
 
 		 315 aa  160  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  30.53 
 
 		 300 aa  160  2e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 300 aa  159  4e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0611  DNA-binding transcriptional regulator CynR  37.46 
 
 		 296 aa  159  4e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.519974  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4861  DNA-binding transcriptional regulator CynR  35.66 
 
 		 301 aa  159  5e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0956909 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  30.53 
 
 		 300 aa  159  5e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 300 aa  159  6e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0161  DNA-binding transcriptional regulator CynR  37.81 
 
 		 296 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0644  DNA-binding transcriptional regulator CynR  37.81 
 
 		 296 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3484  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.14 
 
 		 292 aa  157  2e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.875325  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3094  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.41 
 
 		 295 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2742  DNA-binding transcriptional regulator CynR  35.69 
 
 		 325 aa  157  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0588637  normal  0.665335 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  34.67 
 
 		 292 aa  151  1e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2003  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 291 aa  148  1.0000000000000001e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3368  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.06 
 
 		 292 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.578087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.85 
 
 		 328 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  34.63 
 
 		 301 aa  145  7.0000000000000006e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 296 aa  144  2e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1282  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 293 aa  144  2e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.20294  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37940  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.04 
 
 		 295 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000278966  normal  0.0117616 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4436  transcriptional regulator, LysR family  29.29 
 
 		 288 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.53692  normal  0.340151 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 323 aa  136  4e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 343 aa  136  5e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  30 
 
 		 290 aa  135  6.0000000000000005e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 316 aa  135  6.0000000000000005e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  30.66 
 
 		 300 aa  135  8e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 310 aa  134  9.999999999999999e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 316 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4879  transcriptional regulator, LysR family  37.23 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2862  hypothetical protein  31.88 
 
 		 292 aa  133  3e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  30.31 
 
 		 300 aa  133  3e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  34.25 
 
 		 298 aa  133  3.9999999999999996e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 296 aa  133  3.9999999999999996e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 317 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 289 aa  132  1.0000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 297 aa  130  3e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0836  transcriptional regulator, LysR family  32.4 
 
 		 304 aa  130  3e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.192255  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06880  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 292 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0196299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0629  putative transcriptional regulator  31.06 
 
 		 292 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.641371  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  37.12 
 
 		 296 aa  129  7.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04720  Transcriptional regulator, LysR family  30.96 
 
 		 299 aa  128  9.000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.245931  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 298 aa  128  9.000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  36.95 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49340  LysR family transcriptional regulator protein  33.98 
 
 		 312 aa  128  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0722  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 314 aa  128  2.0000000000000002e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.857733  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  36.74 
 
 		 296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 300 aa  126  3e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.48 
 
 		 300 aa  127  3e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3534  LysR substrate-binding protein  31.83 
 
 		 292 aa  127  3e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 311 aa  126  4.0000000000000003e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  31.85 
 
 		 296 aa  126  4.0000000000000003e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  31.48 
 
 		 306 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  31.85 
 
 		 296 aa  126  5e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0152  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 302 aa  126  5e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.393989  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0331  transcriptional regulator, LysR family  37.18 
 
 		 306 aa  126  5e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.172645  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2064  transcriptional regulator, LysR family  37.18 
 
 		 306 aa  126  5e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.053811  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>