More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1427 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1427  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 294 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3861  LysR family transcriptional regulator  94.22 
 
 		 294 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.378583  normal  0.0796172 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0276  transcriptional regulator, LysR family  53.4 
 
 		 295 aa  290  2e-77  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.265614 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3737  LysR family transcriptional regulator  50.18 
 
 		 292 aa  270  2e-71  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.440992 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5293  LysR family transcriptional regulator  48.23 
 
 		 297 aa  236  3e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.382002 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0620  LysR, substrate-binding  45.17 
 
 		 307 aa  213  1.9999999999999998e-54  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3308  transcriptional regulator, LysR family  44.37 
 
 		 299 aa  204  1e-51  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3577  transcriptional regulator, LysR family  43.62 
 
 		 298 aa  167  1e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0937432  normal  0.112769 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3058  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 296 aa  159  4e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3012  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 296 aa  159  4e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 296 aa  159  5e-38  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  40.08 
 
 		 343 aa  155  9e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1670  LysR substrate-binding protein  39.86 
 
 		 287 aa  154  1e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.903503  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3565  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.116622  normal  0.0782096 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4879  transcriptional regulator, LysR family  39.08 
 
 		 298 aa  153  4e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4609  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.461419 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3362  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0184586  normal  0.124308 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3378  transcriptional regulator, LysR family  36.68 
 
 		 306 aa  145  1e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.587515  normal  0.118229 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18090  transcriptional regulator, LysR family  37.2 
 
 		 319 aa  144  1e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.502124  normal  0.864979 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5025  transcriptional regulator, LysR family  36.92 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.860643  normal  0.224116 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1536  LysR, substrate-binding  34.64 
 
 		 294 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1478  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 309 aa  139  6e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0854082  hitchhiker  0.000187974 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1618  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 311 aa  137  2e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.340872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  35.1 
 
 		 300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3380  transcriptional regulator, LysR family  37.79 
 
 		 299 aa  137  3.0000000000000003e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.213081  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2830  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 303 aa  136  5e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3051  transcriptional regulator, LysR family  37.02 
 
 		 285 aa  132  6.999999999999999e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.32995  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 		 301 aa  132  9e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  36.97 
 
 		 290 aa  131  1.0000000000000001e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4229  putative LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 301 aa  129  6e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.552994  normal  0.0655244 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26180  transcriptional regulator  32.99 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.112143  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0352  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 		 296 aa  127  3e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.256379  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0328  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 299 aa  126  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280372 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  32.38 
 
 		 302 aa  122  6e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0390  transcriptional regulator, LysR family  37.11 
 
 		 293 aa  122  7e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.530873  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  35.63 
 
 		 316 aa  122  8e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 307 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2554  transcriptional regulator, LysR family  34.33 
 
 		 309 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0664958  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1449  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 336 aa  119  4.9999999999999996e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.319275 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4044  transcriptional regulator, LysR family  36.69 
 
 		 307 aa  119  7e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.180327  normal  0.114171 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 299 aa  119  7.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0699  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 295 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1012  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 305 aa  118  9.999999999999999e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0144903  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1281  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 290 aa  117  1.9999999999999998e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.20663  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3562  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 296 aa  117  3e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3435  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 295 aa  117  3e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0107817  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 310 aa  116  3.9999999999999997e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0843  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 293 aa  116  5e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4596  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 303 aa  116  5e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00651674 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3838  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 327 aa  115  6e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.204635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0033  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 302 aa  115  6e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000417374  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3153  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 295 aa  116  6e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00364917  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 297 aa  115  6e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3514  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 295 aa  115  6e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0347689  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 297 aa  115  6.9999999999999995e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3323  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 295 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0711414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0856  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.252777  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 		 303 aa  114  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0844  transcriptional regulator, LysR family  28.33 
 
 		 295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.033432 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4132  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 303 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.977393  normal  0.0579117 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0821  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0342019  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1650  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 298 aa  114  3e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 293 aa  113  3e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 299 aa  113  5e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4649  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 315 aa  112  5e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.235656  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3618  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 303 aa  112  5e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0175  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 302 aa  113  5e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.602241  normal  0.0372511 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4749  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 303 aa  112  5e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0228204 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 300 aa  112  6e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4923  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 299 aa  112  6e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1001  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 303 aa  112  6e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.411347  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4718  hydrogen peroxide-inducible genes activator  30.92 
 
 		 299 aa  112  7.000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3895  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 292 aa  112  9e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.958573  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1803  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 301 aa  112  9e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  35.15 
 
 		 299 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 299 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 307 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1342  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.318091  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 317 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0970  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 303 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0205462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5151  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 302 aa  111  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.606064  normal  0.58822 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  34.83 
 
 		 299 aa  110  3e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  34.83 
 
 		 299 aa  110  3e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  28.67 
 
 		 290 aa  110  3e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  34.83 
 
 		 299 aa  110  3e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 305 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 296 aa  110  4.0000000000000004e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2897  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 298 aa  110  4.0000000000000004e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00606116  hitchhiker  0.00007682 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.81 
 
 		 299 aa  109  5e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4603  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 294 aa  109  5e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0215938 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.81 
 
 		 299 aa  109  5e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  34.46 
 
 		 299 aa  109  6e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3612  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 296 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.395284  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  33.7 
 
 		 297 aa  109  7.000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5031  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 289 aa  108  7.000000000000001e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.339518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4819  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.58153 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0639  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 296 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  35.25 
 
 		 299 aa  108  8.000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>