More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_3308 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_3308  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 299 aa  580  1e-164  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5293  LysR family transcriptional regulator  51.06 
 
 		 297 aa  254  1.0000000000000001e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.382002 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0620  LysR, substrate-binding  48.75 
 
 		 307 aa  217  2e-55  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3861  LysR family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 294 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.378583  normal  0.0796172 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1427  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 294 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3737  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 292 aa  207  2e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.440992 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0276  transcriptional regulator, LysR family  44.06 
 
 		 295 aa  197  1.0000000000000001e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.265614 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3577  transcriptional regulator, LysR family  43.2 
 
 		 298 aa  158  1e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0937432  normal  0.112769 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2830  LysR family transcriptional regulator  40.25 
 
 		 303 aa  146  5e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3380  transcriptional regulator, LysR family  38.73 
 
 		 299 aa  142  5e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.213081  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3051  transcriptional regulator, LysR family  42.61 
 
 		 285 aa  142  5e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.32995  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3012  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 296 aa  139  6e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3058  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 296 aa  139  6e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4879  transcriptional regulator, LysR family  42.98 
 
 		 298 aa  139  7e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 296 aa  138  8.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3378  transcriptional regulator, LysR family  39.08 
 
 		 306 aa  138  1e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.587515  normal  0.118229 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1618  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 311 aa  137  2e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.340872  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  36.54 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 296 aa  135  9e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 316 aa  134  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  38.08 
 
 		 343 aa  130  2.0000000000000002e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 310 aa  130  4.0000000000000003e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  34.52 
 
 		 300 aa  129  7.000000000000001e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18090  transcriptional regulator, LysR family  41.1 
 
 		 319 aa  127  3e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.502124  normal  0.864979 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1012  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 305 aa  126  5e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0144903  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0390  transcriptional regulator, LysR family  38.55 
 
 		 293 aa  125  8.000000000000001e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.530873  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 310 aa  124  2e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  39.67 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3167  LysR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0532  LysR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.693788  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0719  LysR family regulatory protein  37.86 
 
 		 322 aa  124  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0714085  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1451  LysR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.870434  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2879  LysR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0137  LysR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.750096  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0550  LysR family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0328  LysR family transcriptional regulator  41.59 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280372 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1045  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 303 aa  124  3e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 290 aa  123  5e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 317 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 311 aa  121  1.9999999999999998e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  35.09 
 
 		 316 aa  120  3e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3565  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 303 aa  120  3e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.116622  normal  0.0782096 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1803  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 301 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1536  LysR, substrate-binding  38.94 
 
 		 294 aa  119  6e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4229  putative LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 301 aa  119  6e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.552994  normal  0.0655244 
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  38 
 
 		 306 aa  119  7e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  38 
 
 		 306 aa  119  7e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1478  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 309 aa  119  7.999999999999999e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0854082  hitchhiker  0.000187974 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  34.39 
 
 		 303 aa  118  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 293 aa  118  9.999999999999999e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2554  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0664958  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  32.11 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4923  LysR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 306 aa  117  3e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  34.57 
 
 		 294 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4649  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 315 aa  116  5e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.235656  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4207  LysR substrate-binding protein  36.43 
 
 		 297 aa  115  6.9999999999999995e-25  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3362  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 301 aa  115  6.9999999999999995e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0184586  normal  0.124308 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 296 aa  115  8.999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  31.31 
 
 		 304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 299 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 332 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  36.72 
 
 		 350 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  37.6 
 
 		 299 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3955  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.32 
 
 		 313 aa  114  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0352  transcriptional regulator, LysR family  37.15 
 
 		 296 aa  113  4.0000000000000004e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.256379  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  26.94 
 
 		 300 aa  113  5e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2897  transcriptional regulator, LysR family  33.77 
 
 		 298 aa  113  5e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00606116  hitchhiker  0.00007682 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.93 
 
 		 307 aa  112  6e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3211  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 290 aa  112  6e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 295 aa  112  7.000000000000001e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 299 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2282  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 302 aa  112  1.0000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0266423 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  37.96 
 
 		 308 aa  111  1.0000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20370  transcriptional regulator  37.01 
 
 		 290 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0913088  normal  0.975596 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 298 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1650  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 301 aa  111  2.0000000000000002e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1670  LysR substrate-binding protein  34.69 
 
 		 287 aa  111  2.0000000000000002e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.903503  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  39.06 
 
 		 308 aa  110  3e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  36.03 
 
 		 301 aa  110  4.0000000000000004e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1424  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 303 aa  109  5e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.442699 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 308 aa  109  5e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.15 
 
 		 297 aa  109  6e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 297 aa  109  6e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 297 aa  109  6e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 297 aa  109  6e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  34.15 
 
 		 297 aa  109  6e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2928  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 290 aa  109  7.000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  35.22 
 
 		 316 aa  109  7.000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 296 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2138  transcriptional regulator, LysR family  38.19 
 
 		 337 aa  108  8.000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4069  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 324 aa  108  8.000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 301 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>