More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_0620 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_0620  LysR, substrate-binding  100 
 
 		 307 aa  606  9.999999999999999e-173  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5293  LysR family transcriptional regulator  58.5 
 
 		 297 aa  317  2e-85  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.382002 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1427  LysR family transcriptional regulator  45.17 
 
 		 294 aa  228  7e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3861  LysR family transcriptional regulator  45.91 
 
 		 294 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.378583  normal  0.0796172 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3308  transcriptional regulator, LysR family  48.75 
 
 		 299 aa  214  9.999999999999999e-55  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3737  LysR family transcriptional regulator  43.68 
 
 		 292 aa  204  2e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.440992 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0276  transcriptional regulator, LysR family  40.69 
 
 		 295 aa  189  4e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.265614 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3577  transcriptional regulator, LysR family  45.91 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0937432  normal  0.112769 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3380  transcriptional regulator, LysR family  38.37 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.213081  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2830  LysR family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 303 aa  139  7e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0352  transcriptional regulator, LysR family  39.22 
 
 		 296 aa  138  1e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.256379  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2897  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 		 298 aa  134  3e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00606116  hitchhiker  0.00007682 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4879  transcriptional regulator, LysR family  36.07 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  32.75 
 
 		 300 aa  126  6e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  32.74 
 
 		 301 aa  123  3e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 296 aa  123  3e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 301 aa  123  3e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 301 aa  122  6e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1650  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 301 aa  121  9.999999999999999e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20370  transcriptional regulator  32.51 
 
 		 290 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0913088  normal  0.975596 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1045  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 303 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0390  transcriptional regulator, LysR family  35.55 
 
 		 293 aa  120  3e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.530873  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18090  transcriptional regulator, LysR family  38.4 
 
 		 319 aa  120  3e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.502124  normal  0.864979 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 296 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1670  LysR substrate-binding protein  34.88 
 
 		 287 aa  120  3.9999999999999996e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.903503  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1803  LysR family transcriptional regulator  37.73 
 
 		 301 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2291  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 320 aa  119  4.9999999999999996e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.11333  normal  0.519031 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2554  transcriptional regulator, LysR family  34.73 
 
 		 309 aa  118  9.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0664958  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3362  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 301 aa  118  9.999999999999999e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0184586  normal  0.124308 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 290 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3378  transcriptional regulator, LysR family  35.16 
 
 		 306 aa  117  3e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.587515  normal  0.118229 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 293 aa  117  3e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  31 
 
 		 311 aa  116  3.9999999999999997e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 297 aa  116  5e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1478  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 309 aa  116  5e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0854082  hitchhiker  0.000187974 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1012  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 305 aa  115  6.9999999999999995e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0144903  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  30.63 
 
 		 311 aa  115  7.999999999999999e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 296 aa  114  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4591  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1618  LysR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 311 aa  114  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.340872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 320 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0396  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3012  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  29.07 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3058  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 298 aa  113  5e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3249  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 297 aa  112  6e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.332208  normal  0.244414 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4229  putative LysR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 301 aa  112  7.000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.552994  normal  0.0655244 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  29.07 
 
 		 300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 297 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 297 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 297 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4595  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 297 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4044  transcriptional regulator, LysR family  36.07 
 
 		 307 aa  112  1.0000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.180327  normal  0.114171 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3091  transcriptional regulator, LysR family  35.2 
 
 		 304 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.339744  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0767  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.25 
 
 		 306 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.342253 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 298 aa  111  2.0000000000000002e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2682  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 323 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 311 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  31.97 
 
 		 301 aa  110  3e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7050  transcriptional regulator, LysR family  29.97 
 
 		 296 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  33.05 
 
 		 322 aa  110  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 310 aa  110  3e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 297 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2077  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 302 aa  110  4.0000000000000004e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.527728  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0631  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 311 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.808562  normal  0.903361 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  27.78 
 
 		 298 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51620  LysR family transcriptional regulator protein  31.94 
 
 		 301 aa  110  4.0000000000000004e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3051  transcriptional regulator, LysR family  34.39 
 
 		 285 aa  109  5e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.32995  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3565  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 303 aa  109  5e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.116622  normal  0.0782096 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  32.4 
 
 		 316 aa  109  5e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1346  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 294 aa  109  5e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.638115  normal  0.881858 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1102  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 300 aa  109  5e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  33.21 
 
 		 343 aa  109  6e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4609  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 289 aa  109  6e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.461419 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02429  DNA-binding transcriptional activator of 3-phenylpropionic acid catabolism  32.4 
 
 		 296 aa  109  7.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1140  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  32.4 
 
 		 296 aa  109  7.000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2689  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  32.4 
 
 		 296 aa  109  7.000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00584589  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02393  hypothetical protein  32.4 
 
 		 296 aa  109  7.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2822  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  32.4 
 
 		 296 aa  109  7.000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.922303  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3769  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  32.4 
 
 		 296 aa  109  7.000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1536  LysR, substrate-binding  34.71 
 
 		 294 aa  109  7.000000000000001e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 305 aa  108  8.000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4767  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 313 aa  108  8.000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1131  transcriptional regulator, LysR family  32.4 
 
 		 296 aa  108  9.000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  31.89 
 
 		 300 aa  108  9.000000000000001e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  31.29 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  28.73 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2690  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  32.4 
 
 		 297 aa  108  1e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  29.33 
 
 		 303 aa  108  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1923  transcriptional regulator, LysR family  28.96 
 
 		 324 aa  108  1e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0607  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.693427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0157  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4970  transcriptional regulator, LysR family  28.96 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0640  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0328  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 299 aa  108  1e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280372 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>