More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_1650 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010571  Oter_1650  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
301 aa  613  9.999999999999999e-175  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0033  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 
302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000417374  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3534  LysR substrate-binding protein  35.74 
 
 
292 aa  167  2e-40  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 
305 aa  160  2e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  31.74 
 
 
300 aa  154  1e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 
300 aa  153  4e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 
300 aa  153  4e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 
300 aa  153  4e-36  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 
300 aa  152  5e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 
300 aa  152  5e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 
300 aa  150  2e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 
300 aa  150  2e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 
300 aa  149  4e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1664  LysR substrate-binding protein  33.91 
 
 
288 aa  149  8e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 
296 aa  147  1.0000000000000001e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.6 
 
 
302 aa  143  4e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  36.1 
 
 
301 aa  142  5e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.23 
 
 
302 aa  142  8e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0631  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 
311 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.808562  normal  0.903361 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2958  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 
324 aa  140  3e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.835393 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.87 
 
 
305 aa  139  4.999999999999999e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 
298 aa  139  6e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.87 
 
 
302 aa  138  1e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  32.21 
 
 
296 aa  137  2e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  31.72 
 
 
313 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.87 
 
 
305 aa  137  3.0000000000000003e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  31.97 
 
 
311 aa  137  3.0000000000000003e-31  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.87 
 
 
305 aa  137  3.0000000000000003e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  33.1 
 
 
300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.87 
 
 
305 aa  137  3.0000000000000003e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3368  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.96 
 
 
292 aa  136  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.578087  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  31.97 
 
 
311 aa  136  4e-31  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  32.34 
 
 
296 aa  136  5e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 
296 aa  135  7.000000000000001e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.87 
 
 
305 aa  135  7.000000000000001e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.5 
 
 
305 aa  135  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.5 
 
 
305 aa  135  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.5 
 
 
305 aa  135  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.5 
 
 
305 aa  135  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.5 
 
 
305 aa  135  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2454  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 
321 aa  135  9e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.332878  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  28.22 
 
 
295 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.87 
 
 
305 aa  135  9.999999999999999e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0347786 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.87 
 
 
305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  31.87 
 
 
305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.87 
 
 
305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.87 
 
 
305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  31.87 
 
 
305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.87 
 
 
305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.87 
 
 
305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.87 
 
 
305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5250  transcriptional regulator, LysR family  34.57 
 
 
313 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.923555  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.87 
 
 
305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2714  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.99 
 
 
302 aa  133  3e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  33.2 
 
 
301 aa  133  5e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0678  transcriptional regulator, LysR family  33.07 
 
 
309 aa  132  6.999999999999999e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  29.73 
 
 
292 aa  132  7.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2213  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  31.87 
 
 
297 aa  131  1.0000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2690  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  34.3 
 
 
297 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3286  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 
313 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.254644  normal  0.231558 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02429  DNA-binding transcriptional activator of 3-phenylpropionic acid catabolism  34.3 
 
 
296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0352  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 
296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.256379  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3060  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 
293 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000262954  decreased coverage  0.0000000999677 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 
307 aa  130  2.0000000000000002e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1140  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  34.3 
 
 
296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3769  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  34.3 
 
 
296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 
296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2822  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  34.3 
 
 
296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.922303  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02393  hypothetical protein  34.3 
 
 
296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2689  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  34.3 
 
 
296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00584589  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1131  transcriptional regulator, LysR family  34.3 
 
 
296 aa  130  3e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 
299 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3406  transcriptional regulator, LysR family  32.48 
 
 
336 aa  130  3e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
299 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5618  transcriptional regulator, LysR family  27.87 
 
 
300 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000121214 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3681  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 
317 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.555356  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3535  transcriptional regulator, LysR family  32.85 
 
 
323 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.300958  normal  0.425452 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2782  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 
301 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.427064  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3211  LysR substrate-binding  32.48 
 
 
323 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.847319  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3484  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.51 
 
 
292 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.875325  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
299 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1984  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 
292 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  0.045506 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4914  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 
294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.64 
 
 
300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4222  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 
302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.79182  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 
298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 
323 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 
305 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0334  transcriptional regulator, LysR family  32.48 
 
 
323 aa  127  3e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.937617  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5069  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 
294 aa  127  3e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4901  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 
294 aa  127  3e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1888  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 
306 aa  127  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0674933  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 
305 aa  127  3e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5454  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 
294 aa  127  3e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.533779  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34290  Transcriptional regualtor, LysR family  30.03 
 
 
294 aa  127  3e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3775  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 
292 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1053  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 
310 aa  126  4.0000000000000003e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262564  normal  0.905939 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0898  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 
295 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 
305 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 
305 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>