More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1984 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1984  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 292 aa  589  1e-167  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  0.045506 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3775  LysR family transcriptional regulator  98.63 
 
 		 292 aa  585  1e-166  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1515  LysR family transcriptional regulator  98.28 
 
 		 292 aa  581  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1547  LysR family transcriptional regulator  94.14 
 
 		 292 aa  557  1e-158  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.240499 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1888  LysR family transcriptional regulator  89.24 
 
 		 306 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0674933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1982  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  85.81 
 
 		 290 aa  510  1e-143  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0403422 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2172  transcriptional regulator, LysR family  84.78 
 
 		 290 aa  504  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.25457  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2724  LysR family transcriptional regulator  84.72 
 
 		 293 aa  495  1e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0713788  normal  0.0834627 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34290  Transcriptional regualtor, LysR family  83.57 
 
 		 294 aa  481  1e-135  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  81.66 
 
 		 297 aa  478  1e-134  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  81.66 
 
 		 297 aa  475  1e-133  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02614  transcriptional regulator LysR family  61.25 
 
 		 296 aa  350  2e-95  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2454  LysR family transcriptional regulator  57.84 
 
 		 321 aa  335  7e-91  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.332878  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2087  LysR family transcriptional regulator  51.9 
 
 		 299 aa  313  2.9999999999999996e-84  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.589785  normal  0.993199 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2090  LysR family transcriptional regulator  48.78 
 
 		 293 aa  294  1e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.115384  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1244  transcriptional regulator, LysR family  52.63 
 
 		 286 aa  285  5e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1566  LysR family transcriptional regulator  47.55 
 
 		 295 aa  249  3e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.939992  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1414  LysR family transcriptional regulator  41.96 
 
 		 290 aa  235  5.0000000000000005e-61  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.832122 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1937  LysR family transcriptional regulator  41.96 
 
 		 291 aa  236  5.0000000000000005e-61  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1575  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 278 aa  226  5.0000000000000005e-58  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.684291  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1720  transcriptional regulator, LysR family  38.11 
 
 		 294 aa  189  5.999999999999999e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.820276  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1345  transcriptional regulator, LysR family  38.95 
 
 		 290 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.515489  normal  0.2022 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0295  putative Rubisco transcriptional regulator  34.95 
 
 		 331 aa  147  3e-34  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01751  putative Rubisco transcriptional regulator  31.83 
 
 		 317 aa  146  4.0000000000000006e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  31.83 
 
 		 319 aa  146  4.0000000000000006e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01621  putative Rubisco transcriptional regulator  32.53 
 
 		 322 aa  143  3e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 295 aa  143  4e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 		 301 aa  142  6e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26681  putative Rubisco transcriptional regulator  33.79 
 
 		 323 aa  142  8e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 320 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01641  putative Rubisco transcriptional regulator  30.45 
 
 		 314 aa  140  3e-32  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.569388  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01661  putative Rubisco transcriptional regulator  30.45 
 
 		 314 aa  138  1e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2398  putative Rubisco transcriptional regulator  33.22 
 
 		 329 aa  137  2e-31  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1615  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.979938  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1945  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 300 aa  135  6.0000000000000005e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.551445  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  32.19 
 
 		 313 aa  135  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 302 aa  135  9.999999999999999e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02191  putative Rubisco transcriptional regulator  31.72 
 
 		 316 aa  133  3.9999999999999996e-30  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.989894 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 300 aa  132  6e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 305 aa  132  6.999999999999999e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1513  putative Rubisco transcriptional regulator  31.38 
 
 		 316 aa  131  1.0000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  26.55 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  26.55 
 
 		 300 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  26.4 
 
 		 289 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 300 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 293 aa  129  7.000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 305 aa  129  8.000000000000001e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1650  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 301 aa  128  9.000000000000001e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0396  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  24.04 
 
 		 296 aa  128  1.0000000000000001e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  26.21 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  26.21 
 
 		 300 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 294 aa  126  5e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  28.57 
 
 		 297 aa  125  6e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 297 aa  125  9e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2282  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 299 aa  125  1e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573268  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 298 aa  125  1e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 316 aa  125  1e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  29.83 
 
 		 300 aa  125  1e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0482  transcriptional regulator, LysR family  29.11 
 
 		 327 aa  124  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 307 aa  125  1e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2549  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 337 aa  125  1e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.30655  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0468  transcriptional regulator, LysR family  29.11 
 
 		 327 aa  124  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0342  transcriptional regulator, LysR family  27.59 
 
 		 336 aa  124  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0497  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.479645  normal  0.474406 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 300 aa  123  4e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2494  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 322 aa  123  4e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 307 aa  123  4e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0187  transcriptional regulator, LysR family  30.9 
 
 		 322 aa  123  4e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.502015  normal  0.832957 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  23.69 
 
 		 294 aa  123  4e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5024  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 311 aa  122  5e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0432035  normal  0.889367 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 297 aa  122  5e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1050  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 304 aa  122  6e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.389314 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1345  transcriptional regulator, LysR family  25.26 
 
 		 307 aa  122  6e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0970  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 303 aa  122  6e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0205462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 290 aa  122  8e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  33.6 
 
 		 294 aa  122  8e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0664  transcriptional regulator, LysR family  30.16 
 
 		 331 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0355  hypothetical protein  27 
 
 		 293 aa  121  9.999999999999999e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 303 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  27.99 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2009  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 334 aa  121  9.999999999999999e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.476347  normal  0.474901 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1599  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 		 320 aa  121  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.546474 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 305 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 305 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4600  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 297 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 296 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.14 
 
 		 304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  29.1 
 
 		 293 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>