More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtox_3060 on replicon NC_013216
Organism: Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013216  Dtox_3060  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 293 aa  598  1e-170  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000262954  decreased coverage  0.0000000999677 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1907  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 308 aa  214  1.9999999999999998e-54  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.279335  unclonable  0.0000102783 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0511  transcriptional regulator, LysR family  39.73 
 
 		 699 aa  209  6e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00795049 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0223  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 314 aa  207  2e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3482  transcriptional regulator, LysR family  36.95 
 
 		 297 aa  202  6e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.26216  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3285  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 297 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0242325  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3543  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 297 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3255  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 297 aa  200  1.9999999999999998e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.841591  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3500  transcriptional regulator, LysR family  36.73 
 
 		 297 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1767  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 		 297 aa  198  7e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.114066  normal  0.776401 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3192  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 295 aa  198  7.999999999999999e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.863853  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3199  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 297 aa  198  9e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0827152  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3495  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 297 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0190038  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3511  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 297 aa  191  1e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1293  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 294 aa  186  4e-46  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000772751  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0896  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 295 aa  182  8.000000000000001e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.204372  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0620  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 304 aa  181  2e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.37658  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6329  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 299 aa  177  1e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0290063  hitchhiker  0.00524783 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2156  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2240  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 290 aa  177  2e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.074644  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1151  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 302 aa  169  6e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2940  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 288 aa  169  6e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00388333  hitchhiker  0.000000297916 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2464  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 290 aa  167  1e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.268812  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2529  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 290 aa  167  1e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000206272  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2184  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 290 aa  167  2e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.529425  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2451  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 290 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.893513 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2267  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 290 aa  166  5e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.211668  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2227  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 290 aa  166  5e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000599262  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2435  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 290 aa  166  5e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0368529  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2391  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 288 aa  162  5.0000000000000005e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.863078  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1151  transcriptional regulator, LysR family  35.04 
 
 		 307 aa  157  2e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.88835 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7088  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 314 aa  157  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8516  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 312 aa  154  2e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5687  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 295 aa  150  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.145424 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3501  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 283 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1747  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 283 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.337394  normal  0.482419 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4716  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 296 aa  144  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3308  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2203  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 287 aa  144  2e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.460556  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3511  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 283 aa  144  3e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3522  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 		 283 aa  143  3e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1662  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 309 aa  141  9.999999999999999e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000992806  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3297  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 283 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3514  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 283 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3557  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 283 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.423553  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0226  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 288 aa  138  8.999999999999999e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0195  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 288 aa  138  8.999999999999999e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0071  putative transcriptional regulator LysR-type  30.95 
 
 		 292 aa  138  8.999999999999999e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000120497  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0223  transcriptional regulator, LysR family  34.25 
 
 		 288 aa  138  8.999999999999999e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  30.31 
 
 		 296 aa  137  1e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3267  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 283 aa  138  1e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.486644  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3211  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 283 aa  138  1e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0230  transcriptional regulator, LysR family  34.03 
 
 		 288 aa  137  1e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5097  transcriptional regulator, LysR family  34.25 
 
 		 288 aa  138  1e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0205  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 288 aa  137  2e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0208  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 288 aa  137  2e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0191  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 288 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0247  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 288 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1470  transcriptional regulator, LysR family  31.19 
 
 		 291 aa  136  4e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.91996  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2056  HTH-type transcriptional regulator GltR  32.42 
 
 		 285 aa  136  5e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0188  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 288 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2838  LysR substrate binding domain protein  29.35 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.329645  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2972  LysR substrate binding domain-containing protein  29.35 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.627611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2864  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 293 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0164886  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 294 aa  133  3e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2856  LysR substrate binding domain protein  29.01 
 
 		 299 aa  132  6.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.294581  normal  0.729486 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3213  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 283 aa  132  9e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.146504  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1945  LysR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.551445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2919  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 305 aa  131  1.0000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.395037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2860  putative LysR substrate binding domain  29.01 
 
 		 314 aa  131  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.25895 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2754  LysR substrate binding domain protein  29.01 
 
 		 299 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.114748  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1650  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 301 aa  130  2.0000000000000002e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3814  transcriptional regulator, LysR family  29.47 
 
 		 308 aa  130  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.869159  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0214  transcription regulator protein  32.39 
 
 		 288 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.526816 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1081  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 300 aa  129  6e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.440964  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02471  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.7 
 
 		 293 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.606343  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1091  transcriptional regulator, LysR family  29.7 
 
 		 293 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0201845  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02435  hypothetical protein  29.7 
 
 		 293 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.778712  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2734  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 293 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0381749  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1100  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 293 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00749087  normal  0.244926 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2730  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 293 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.118271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  30.82 
 
 		 314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 302 aa  127  3e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 294 aa  126  5e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 		 307 aa  125  6e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 290 aa  125  8.000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5880  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 291 aa  125  9e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.311857  normal  0.281069 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5516  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 291 aa  125  9e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0587498  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6389  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 291 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0907959  normal  0.0995777 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1757  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 292 aa  124  1e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8034  transcriptional regulator, LysR family  32.33 
 
 		 300 aa  124  1e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  32.02 
 
 		 293 aa  124  2e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  31.44 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0280  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 283 aa  123  3e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 320 aa  123  3e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4025  transcriptional regulator, LysR family  29.01 
 
 		 308 aa  123  4e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.854112  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0236  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 293 aa  123  4e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  0.151625 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1386  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.01 
 
 		 308 aa  122  5e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2324  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.98 
 
 		 286 aa  123  5e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0928  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 304 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.830783  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>