More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4595 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4595  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  598  1e-170  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4594  LysR family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 325 aa  238  1e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  38.28 
 
 		 292 aa  204  2e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1027  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 299 aa  198  9e-50  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174873 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0664  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 295 aa  192  7e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0825274 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 297 aa  189  4e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4630  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 295 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.133598  hitchhiker  0.000277503 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 296 aa  188  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 299 aa  186  5e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4207  LysR substrate-binding protein  37.28 
 
 		 297 aa  186  5e-46  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7097  transcriptional regulator, LysR family  38.43 
 
 		 296 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.785925  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 289 aa  183  3e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 305 aa  182  4.0000000000000006e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4639  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 309 aa  181  2e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.356154  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 295 aa  181  2e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  39.85 
 
 		 295 aa  180  2.9999999999999997e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  34.92 
 
 		 299 aa  179  4e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  34.92 
 
 		 299 aa  179  4e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  34.92 
 
 		 301 aa  179  5.999999999999999e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 301 aa  179  5.999999999999999e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 301 aa  179  5.999999999999999e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  34.92 
 
 		 301 aa  179  5.999999999999999e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  34.92 
 
 		 301 aa  179  5.999999999999999e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 302 aa  179  7e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 298 aa  177  1e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  34.92 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 301 aa  178  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  34.92 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 293 aa  177  2e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2713  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.99 
 
 		 299 aa  176  4e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.565858  normal  0.203644 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3285  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 301 aa  176  4e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.840822 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  39.79 
 
 		 301 aa  176  4e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1775  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 296 aa  176  5e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.310759  normal  0.553993 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 301 aa  176  6e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 296 aa  174  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 323 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2909  transcriptional regulator, LysR family  37.25 
 
 		 299 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0304015  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3676  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 317 aa  172  5e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0866147  normal  0.208358 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  37.85 
 
 		 298 aa  172  5.999999999999999e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  39.62 
 
 		 306 aa  172  5.999999999999999e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 307 aa  172  5.999999999999999e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  38.35 
 
 		 302 aa  172  7.999999999999999e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 298 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 297 aa  169  4e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46680  Transcriptional regulator, LysR-family  37.16 
 
 		 297 aa  168  8e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1308  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 302 aa  168  9e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.565063 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 296 aa  167  1e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1374  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 314 aa  167  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4123  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 302 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.454072 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1408  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 323 aa  166  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.185298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1392  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 306 aa  167  2.9999999999999998e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0389535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3724  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 300 aa  166  4e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.282606 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 300 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 303 aa  166  5.9999999999999996e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6203  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 298 aa  165  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.242045 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  39.04 
 
 		 296 aa  165  8e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.06 
 
 		 296 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0834  LysR, substrate-binding  37.23 
 
 		 330 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 300 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 299 aa  164  1.0000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2279  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.77751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4537  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.309073  normal  0.1504 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0607  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.693427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2876  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.692087 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3831  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3091  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 		 304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.339744  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 299 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0157  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 296 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  38.06 
 
 		 302 aa  163  3e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0640  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 296 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 306 aa  163  4.0000000000000004e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  39.16 
 
 		 308 aa  163  4.0000000000000004e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3345  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 286 aa  162  6e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 299 aa  162  7e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0657  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 		 305 aa  162  8.000000000000001e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4425  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 302 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.488055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 299 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 301 aa  162  9e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5111  transcriptional regulator, LysR family  38.06 
 
 		 297 aa  161  1e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  38.25 
 
 		 296 aa  161  1e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1384  LysR family transcriptional regulator  36.53 
 
 		 303 aa  161  1e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.510026  normal  0.961764 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1134  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5151  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 302 aa  161  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.606064  normal  0.58822 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2138  transcriptional regulator, LysR family  41.92 
 
 		 337 aa  161  1e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1366  LysR family transcriptional regulator  36.53 
 
 		 303 aa  161  1e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3962  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 302 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0195836  normal  0.175267 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 299 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 297 aa  160  2e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 300 aa  160  3e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3793  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 304 aa  159  5e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0201  transcriptional regulator CatR  36.02 
 
 		 295 aa  159  6e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1376  cat operon transcriptional activator CatR  36.02 
 
 		 295 aa  159  6e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.345874  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0855  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 308 aa  159  6e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.931414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 308 aa  159  7e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 296 aa  159  7e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>