More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_2077 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_2077  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 302 aa  596  1e-169  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.527728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3378  transcriptional regulator, LysR family  50.4 
 
 		 306 aa  208  7e-53  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.587515  normal  0.118229 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2830  LysR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 303 aa  180  2e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0390  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 293 aa  162  7e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.530873  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4879  transcriptional regulator, LysR family  41.16 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5293  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 297 aa  150  2e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.382002 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3737  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 292 aa  149  6e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.440992 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18090  transcriptional regulator, LysR family  41.36 
 
 		 319 aa  145  7.0000000000000006e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.502124  normal  0.864979 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1478  LysR family transcriptional regulator  41.73 
 
 		 309 aa  145  8.000000000000001e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0854082  hitchhiker  0.000187974 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0276  transcriptional regulator, LysR family  39.69 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.265614 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3380  transcriptional regulator, LysR family  43.44 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.213081  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1536  LysR, substrate-binding  41.74 
 
 		 294 aa  143  3e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0328  LysR family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 299 aa  141  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.280372 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 317 aa  137  2e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3012  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3058  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 296 aa  137  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3051  transcriptional regulator, LysR family  39.25 
 
 		 285 aa  136  4e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.32995  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  35.06 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 304 aa  134  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 297 aa  132  5e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1618  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 311 aa  131  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.340872  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2897  transcriptional regulator, LysR family  39.77 
 
 		 298 aa  129  9.000000000000001e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00606116  hitchhiker  0.00007682 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0620  LysR, substrate-binding  37.72 
 
 		 307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  36.04 
 
 		 350 aa  127  3e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4229  putative LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 301 aa  127  3e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.552994  normal  0.0655244 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 310 aa  126  4.0000000000000003e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  40.49 
 
 		 295 aa  126  4.0000000000000003e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3565  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 303 aa  125  6e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.116622  normal  0.0782096 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4044  transcriptional regulator, LysR family  35.62 
 
 		 307 aa  125  7e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.180327  normal  0.114171 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  37.85 
 
 		 343 aa  125  7e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  35.34 
 
 		 316 aa  125  1e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5025  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 295 aa  124  1e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.860643  normal  0.224116 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0352  transcriptional regulator, LysR family  41.22 
 
 		 296 aa  124  2e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.256379  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1045  transcriptional regulator, LysR family  37.75 
 
 		 303 aa  123  3e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 300 aa  123  5e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3308  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 299 aa  122  5e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 307 aa  122  7e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 316 aa  122  8e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 305 aa  122  8e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  32.71 
 
 		 298 aa  122  9e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3362  LysR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 301 aa  121  9.999999999999999e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0184586  normal  0.124308 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2282  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 302 aa  120  1.9999999999999998e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0266423 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1874  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 292 aa  120  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.780478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 310 aa  120  3e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.25 
 
 		 297 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  34.25 
 
 		 297 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 297 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 297 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 297 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  37.45 
 
 		 308 aa  120  3.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  34.25 
 
 		 297 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  28.05 
 
 		 300 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  34.25 
 
 		 297 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.42 
 
 		 295 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 300 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 311 aa  119  4.9999999999999996e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  36.81 
 
 		 301 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.08 
 
 		 295 aa  119  7e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  36.07 
 
 		 316 aa  119  7e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2134  transcriptional regulator, LysR family  35.69 
 
 		 304 aa  119  7e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 		 304 aa  119  7.999999999999999e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0354  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  29.79 
 
 		 290 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0586  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 302 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.364179  decreased coverage  0.000128837 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 300 aa  119  9e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  35.1 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3577  transcriptional regulator, LysR family  40.16 
 
 		 298 aa  118  9.999999999999999e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0937432  normal  0.112769 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0360  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  29.79 
 
 		 290 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 303 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1775  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.310759  normal  0.553993 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  28.05 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4595  LysR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  35.39 
 
 		 301 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 301 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  38.55 
 
 		 298 aa  117  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1053  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 310 aa  116  3.9999999999999997e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262564  normal  0.905939 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4649  LysR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 315 aa  116  5e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.235656  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3666  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  31.97 
 
 		 290 aa  116  6e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.832563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 306 aa  116  6e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  36.86 
 
 		 308 aa  115  7.999999999999999e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3202  LysR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 333 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0037  transcriptional regulator, LysR family  31.63 
 
 		 300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.279269  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 298 aa  115  1.0000000000000001e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0038  transcriptional regulator, LysR family  31.63 
 
 		 300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.744574 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2953  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 294 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4367  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0898  transcriptional regulator, LysR family  27.98 
 
 		 293 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4350  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  29.54 
 
 		 290 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>