More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_1874 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008577  Shewana3_1874  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
292 aa  597  1e-170  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.780478  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0749  transcriptional regulator, LysR family protein  64.98 
 
 
299 aa  397  1e-109  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03700  Transcriptional regulator, LysR-family  37.3 
 
 
296 aa  162  7e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.207536  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4130  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 
295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493981  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1288  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 
295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.442115 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4601  LysR family transcriptional regulator  35.8 
 
 
295 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180418  normal  0.383973 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2635  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 
298 aa  142  6e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.136197 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5405  transcriptional regulator, LysR family  34.16 
 
 
293 aa  142  9e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4944  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.16 
 
 
293 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0281  LysR family transcriptional regulator  33.74 
 
 
295 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.329509 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3909  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 
295 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2355  transcriptional regulator, LysR family  32.95 
 
 
300 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.459024  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1712  transcriptional regulator, LysR family  31.52 
 
 
298 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00729088  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2629  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 
300 aa  135  8e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3197  transcriptional regulator, LysR family  29.12 
 
 
302 aa  134  9.999999999999999e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000094  Transcriptional regulator, LysR family  34.98 
 
 
294 aa  132  5e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.289654  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2452  transcriptional regulator, LysR family  30.45 
 
 
303 aa  129  6e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.842427 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0987  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 
316 aa  128  9.000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0802  transcriptional regulator, LysR family  32.07 
 
 
297 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.914807  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5919  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 
306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0259  transcriptional regulator, LysR family  29.51 
 
 
302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0626  LysR, substrate-binding  31.39 
 
 
318 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2859  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 
290 aa  127  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0203947  normal  0.691654 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4101  transcriptional regulator LysR family  29.73 
 
 
311 aa  127  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0491587  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0842  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
299 aa  127  3e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.875433  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3482  LysR family transcriptional regulator  30.68 
 
 
309 aa  126  3e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.532099 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0727  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 
297 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2149  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
299 aa  125  6e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3928  transcriptional regulator, LysR family  29.34 
 
 
297 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3577  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 
305 aa  124  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.995392 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2856  LysR family transcriptional regulator  30.12 
 
 
294 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.73032  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0823  LysR family transcriptional regulator  34.05 
 
 
316 aa  124  2e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3639  transcriptional regulator, LysR family  28.96 
 
 
297 aa  124  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.958787  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2350  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 
302 aa  124  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796868  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2753  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 
320 aa  123  3e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.097787 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10118  oxidative stress response regulatory protein oxyS  32.79 
 
 
314 aa  122  6e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2900  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 
298 aa  121  9.999999999999999e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68420  LysR family transcriptional regulator  35.77 
 
 
306 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.244196  normal  0.506187 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4074  transcriptional regulator, LysR family  31.5 
 
 
308 aa  119  3.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.82 
 
 
299 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.82 
 
 
299 aa  119  7.999999999999999e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.47 
 
 
299 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3092  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 
297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.47 
 
 
299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.47 
 
 
299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.77 
 
 
295 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4916  transcriptional regulator, LysR family  31.76 
 
 
311 aa  117  3e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.656935  normal  0.431385 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.03 
 
 
295 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.12 
 
 
299 aa  116  5e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 
299 aa  116  5e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  31.12 
 
 
299 aa  116  5e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4031  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
314 aa  116  5e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.567915  normal  0.632902 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2145  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.62 
 
 
304 aa  115  6e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.276237  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0404  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 
299 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.924897 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4918  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 
302 aa  115  6.9999999999999995e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0586  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 
302 aa  115  7.999999999999999e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.364179  decreased coverage  0.000128837 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2595  LysR family transcriptional regulator  29.44 
 
 
311 aa  114  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.72 
 
 
295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2738  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 
296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.154223  normal  0.240014 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1650  transcriptional regulator, LysR family  29.02 
 
 
301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.47658  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1847  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 
322 aa  114  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4408  LysR substrate-binding  31.49 
 
 
311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3700  transcriptional regulator, LysR family  30.86 
 
 
307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1077  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 
296 aa  113  3e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.337774  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.73 
 
 
300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4871  transcriptional regulator, LysR family  30.9 
 
 
311 aa  112  5e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0284682 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4648  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 
297 aa  112  5e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.56 
 
 
328 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3778  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 
336 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0954002 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 
316 aa  110  4.0000000000000004e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1476  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 
300 aa  109  4.0000000000000004e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2713  transcriptional regulator, LysR family  25.94 
 
 
340 aa  109  6e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2387  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 
317 aa  109  7.000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7619  transcriptional regulator, LysR family  25.94 
 
 
340 aa  108  8.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0262862  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3737  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 
292 aa  108  9.000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.440992 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4560  LysR family transcriptional regulator  24.39 
 
 
299 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.11 
 
 
298 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4781  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.11 
 
 
298 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.749024  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  29.37 
 
 
300 aa  107  3e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.11 
 
 
298 aa  107  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 
302 aa  106  4e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  30.25 
 
 
308 aa  106  5e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 
308 aa  105  1e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0699  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 
295 aa  105  1e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8356  transcriptional regulator, LysR family  26.78 
 
 
351 aa  104  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  29 
 
 
300 aa  104  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3323  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 
295 aa  104  2e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0711414  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3435  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 
295 aa  104  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0107817  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3094  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.45 
 
 
295 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2561  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 
297 aa  103  4e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0506375  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2729  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 
297 aa  103  4e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 
308 aa  103  5e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3514  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 
295 aa  102  8e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0347689  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6115  transcriptional regulator, LysR family  32.55 
 
 
299 aa  102  8e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.62 
 
 
311 aa  102  8e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.62 
 
 
311 aa  102  8e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2817  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.59 
 
 
298 aa  102  9e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 
302 aa  101  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2003  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 
291 aa  101  1e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3755  LysR substrate-binding  27.52 
 
 
294 aa  101  2e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>