More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0360 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_0360  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  100 
 
 		 290 aa  600  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3666  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  99.31 
 
 		 290 aa  595  1e-169  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.832563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0354  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  99.31 
 
 		 290 aa  596  1e-169  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4350  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  96.55 
 
 		 290 aa  582  1.0000000000000001e-165  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3616  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  92.76 
 
 		 290 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3936  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  92.07 
 
 		 290 aa  558  1e-158  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4130  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  92.07 
 
 		 290 aa  558  1e-158  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4033  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  92.07 
 
 		 290 aa  558  1e-158  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4011  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  92.07 
 
 		 290 aa  558  1e-158  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0343  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  75.86 
 
 		 290 aa  471  1e-132  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0420  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  74.14 
 
 		 290 aa  461  1e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4167  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  75.17 
 
 		 290 aa  456  1e-127  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0287  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  72.41 
 
 		 294 aa  451  1.0000000000000001e-126  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.125086 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0440  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  74.83 
 
 		 290 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.76505 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3416  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  72.13 
 
 		 293 aa  437  1e-121  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3283  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  68.97 
 
 		 292 aa  426  1e-118  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4840  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  54.45 
 
 		 292 aa  337  9.999999999999999e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0855  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  53.61 
 
 		 293 aa  335  5.999999999999999e-91  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00477  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  51.74 
 
 		 304 aa  317  2e-85  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3769  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  53.58 
 
 		 295 aa  312  4.999999999999999e-84  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.923238  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4752  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  54.67 
 
 		 304 aa  311  6.999999999999999e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2549  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50 
 
 		 298 aa  311  1e-83  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.512449  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4214  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  52.56 
 
 		 296 aa  308  5e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4010  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  53.24 
 
 		 296 aa  308  5.9999999999999995e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.016258 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4148  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  53.98 
 
 		 296 aa  308  5.9999999999999995e-83  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.384432  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4022  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  51.88 
 
 		 296 aa  308  6.999999999999999e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03651  DNA-binding transcriptional dual regulator  53.98 
 
 		 297 aa  308  9e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0064932  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4203  transcriptional regulator, LysR family  53.98 
 
 		 297 aa  308  9e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03600  hypothetical protein  53.98 
 
 		 297 aa  308  9e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00621233  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3991  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  53.98 
 
 		 297 aa  308  9e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4229  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  53.98 
 
 		 297 aa  308  9e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4052  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  54.33 
 
 		 293 aa  308  1.0000000000000001e-82  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0492  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  54.33 
 
 		 293 aa  308  1.0000000000000001e-82  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0543083  normal  0.0296951 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0162  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  54.33 
 
 		 293 aa  308  1.0000000000000001e-82  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4283  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  53.98 
 
 		 296 aa  307  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.498004  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4138  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  53.98 
 
 		 296 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0964994  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4190  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  53.63 
 
 		 295 aa  307  2.0000000000000002e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.942624  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4239  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  53.63 
 
 		 295 aa  307  2.0000000000000002e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4118  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  52.9 
 
 		 295 aa  307  2.0000000000000002e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4133  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  53.63 
 
 		 295 aa  307  2.0000000000000002e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4298  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  53.63 
 
 		 295 aa  306  2.0000000000000002e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5207  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  53.98 
 
 		 297 aa  307  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0145  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  53.58 
 
 		 295 aa  303  3.0000000000000004e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.652307  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001984  HTH-type transcriptional regulator IlvY  49.3 
 
 		 296 aa  299  3e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0086  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  47.9 
 
 		 294 aa  277  2e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04020  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  47.93 
 
 		 290 aa  271  9e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.057098  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4254  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  45.14 
 
 		 284 aa  258  7e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2757  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43.36 
 
 		 326 aa  256  4e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0538429  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1008  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43.75 
 
 		 293 aa  255  6e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0484713  hitchhiker  0.0000000276968 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0503  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  45.05 
 
 		 293 aa  252  5.000000000000001e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000330377  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2519  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43.01 
 
 		 299 aa  250  2e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1484  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43.01 
 
 		 307 aa  247  1e-64  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000079886 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3845  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  41.98 
 
 		 297 aa  246  3e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.249595  decreased coverage  0.0000000043089 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2540  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.96 
 
 		 294 aa  246  3e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.39456  hitchhiker  0.000359173 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4132  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 303 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.977393  normal  0.0579117 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 299 aa  109  6e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4596  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 303 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00651674 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 296 aa  105  1e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3012  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 296 aa  104  2e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3058  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 296 aa  104  2e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5534  LysR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 306 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.162022  normal  0.470463 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  28.24 
 
 		 303 aa  102  9e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1001  LysR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 303 aa  101  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.411347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3618  LysR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 303 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4749  LysR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 303 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0228204 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  29.12 
 
 		 316 aa  100  2e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  28.29 
 
 		 319 aa  100  2e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 297 aa  99.8  4e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3927  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 303 aa  99.8  5e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1547  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 292 aa  99.4  6e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.240499 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 314 aa  99.4  6e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17090  Transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 299 aa  99  7e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1134  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 294 aa  98.6  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  27.2 
 
 		 314 aa  98.6  1e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2077  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 302 aa  98.2  1e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.527728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  28.11 
 
 		 296 aa  97.4  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5931  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 307 aa  97.4  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145733  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2994  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 295 aa  97.4  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0317639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 297 aa  96.7  4e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 297 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 298 aa  95.9  6e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 298 aa  95.5  8e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0551  transcriptional regulator, LysR family protein  27.6 
 
 		 294 aa  95.5  9e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215454  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 298 aa  95.5  9e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1984  LysR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 292 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  0.045506 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3775  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 292 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1515  LysR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 292 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2830  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 303 aa  94.7  2e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  29.29 
 
 		 305 aa  94.7  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2120  LysR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 319 aa  94.4  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.085988 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5151  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 302 aa  94.4  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.606064  normal  0.58822 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 301 aa  93.6  3e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  29.67 
 
 		 301 aa  93.2  4e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 318 aa  92.8  5e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  25.09 
 
 		 298 aa  93.2  5e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 299 aa  92.8  5e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  27.63 
 
 		 302 aa  92.8  5e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1639  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 291 aa  92.4  7e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 294 aa  92.8  7e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0486  LysR substrate-binding  28.57 
 
 		 298 aa  92.4  8e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>