More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3416 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_3416  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  100 
 
 		 293 aa  607  1e-173  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0420  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  73.87 
 
 		 290 aa  447  1e-125  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3616  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  73.17 
 
 		 290 aa  443  1e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0354  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  72.13 
 
 		 290 aa  437  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4033  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  72.13 
 
 		 290 aa  435  1e-121  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3936  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  72.13 
 
 		 290 aa  435  1e-121  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4350  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  72.13 
 
 		 290 aa  436  1e-121  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4130  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  72.13 
 
 		 290 aa  435  1e-121  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4011  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  72.13 
 
 		 290 aa  436  1e-121  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0360  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  72.13 
 
 		 290 aa  437  1e-121  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3666  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  71.78 
 
 		 290 aa  436  1e-121  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.832563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0343  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  70.03 
 
 		 290 aa  426  1e-118  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0287  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  64.81 
 
 		 294 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.125086 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4167  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  66.2 
 
 		 290 aa  394  1e-109  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0440  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  66.9 
 
 		 290 aa  394  1e-108  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.76505 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3283  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  61.81 
 
 		 292 aa  388  1e-107  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0855  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  52.94 
 
 		 293 aa  341  9e-93  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4840  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  52.76 
 
 		 292 aa  324  1e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4022  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.85 
 
 		 296 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4214  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  51.19 
 
 		 296 aa  302  4.0000000000000003e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3769  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  52.25 
 
 		 295 aa  301  7.000000000000001e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.923238  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00477  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.7 
 
 		 304 aa  296  3e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4052  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  51.9 
 
 		 293 aa  293  3e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0492  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  51.9 
 
 		 293 aa  293  3e-78  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0543083  normal  0.0296951 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0162  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  51.9 
 
 		 293 aa  293  3e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0145  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  52.25 
 
 		 295 aa  292  6e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.652307  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2549  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  48.25 
 
 		 298 aa  290  2e-77  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.512449  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4752  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  51.56 
 
 		 304 aa  289  4e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4148  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  48.47 
 
 		 296 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.384432  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4138  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  48.47 
 
 		 296 aa  283  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0964994  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03651  DNA-binding transcriptional dual regulator  48.47 
 
 		 297 aa  283  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0064932  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4203  transcriptional regulator, LysR family  48.47 
 
 		 297 aa  283  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03600  hypothetical protein  48.47 
 
 		 297 aa  283  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00621233  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4118  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  48.47 
 
 		 295 aa  283  3.0000000000000004e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4229  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  48.47 
 
 		 297 aa  283  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4283  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  48.47 
 
 		 296 aa  283  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.498004  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4010  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  48.81 
 
 		 296 aa  283  3.0000000000000004e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.016258 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3991  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  48.47 
 
 		 297 aa  283  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4298  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  48.47 
 
 		 295 aa  283  3.0000000000000004e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5207  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  48.47 
 
 		 297 aa  282  5.000000000000001e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4133  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  48.47 
 
 		 295 aa  282  5.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4190  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  48.47 
 
 		 295 aa  282  5.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.942624  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4239  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  48.47 
 
 		 295 aa  282  5.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001984  HTH-type transcriptional regulator IlvY  47.2 
 
 		 296 aa  279  4e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0086  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  47.55 
 
 		 294 aa  275  4e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4254  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  44.95 
 
 		 284 aa  255  6e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04020  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  44.44 
 
 		 290 aa  251  1e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.057098  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1008  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.36 
 
 		 293 aa  249  3e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0484713  hitchhiker  0.0000000276968 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0503  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43.88 
 
 		 293 aa  241  1e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000330377  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2519  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  40.21 
 
 		 299 aa  238  9e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2540  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  41.81 
 
 		 294 aa  233  4.0000000000000004e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.39456  hitchhiker  0.000359173 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2757  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  38.54 
 
 		 326 aa  228  7e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0538429  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1484  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  38.11 
 
 		 307 aa  224  9e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000079886 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3845  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  40 
 
 		 297 aa  222  4.9999999999999996e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.249595  decreased coverage  0.0000000043089 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4132  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 303 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.977393  normal  0.0579117 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1001  LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 303 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.411347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4596  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 303 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00651674 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3618  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 303 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4749  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 303 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0228204 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 303 aa  107  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  30.68 
 
 		 301 aa  107  2e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3927  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 303 aa  107  3e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5534  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 306 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.162022  normal  0.470463 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2994  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 295 aa  102  5e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0317639  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  27.95 
 
 		 319 aa  102  9e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1939  transcriptional regulator, LysR family  27.2 
 
 		 290 aa  100  3e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.514267  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0551  transcriptional regulator, LysR family protein  28.23 
 
 		 294 aa  100  4e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215454  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0767  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.06 
 
 		 306 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.342253 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 299 aa  99.4  6e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  25.59 
 
 		 314 aa  99.4  7e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 302 aa  99  9e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3510  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 304 aa  98.6  1e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1621  LysR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 297 aa  97.8  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3036  transcriptional regulator, LysR family  26.01 
 
 		 288 aa  97.4  3e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000194633  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2588  transcription regulator protein  29.39 
 
 		 314 aa  97.1  3e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 300 aa  97.1  3e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 318 aa  96.7  4e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 314 aa  96.7  4e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 316 aa  96.7  5e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1899  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 286 aa  96.3  6e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.690335  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  25.17 
 
 		 298 aa  95.5  9e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4657  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 316 aa  94.7  1e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.933923 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 297 aa  95.1  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 296 aa  94  2e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 307 aa  94.4  2e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2897  transcriptional regulator, LysR family  29.2 
 
 		 298 aa  94.4  2e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00606116  hitchhiker  0.00007682 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1668  transcriptional regulator, LysR family  27.44 
 
 		 296 aa  94.7  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3638  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 316 aa  93.6  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000174199  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3012  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 296 aa  93.6  3e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3435  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 295 aa  93.6  3e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0107817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3058  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 296 aa  93.6  3e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 296 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0442  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 308 aa  93.6  4e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3561  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 297 aa  92.8  6e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 299 aa  92.8  6e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 298 aa  92.8  7e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5931  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 307 aa  92.4  8e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145733  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4595  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 297 aa  91.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645659  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5674  transcriptional regulator, LysR family  27.42 
 
 		 294 aa  91.7  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.949814  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1424  transcriptional regulator, LysR family  32.64 
 
 		 303 aa  92  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.442699 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>