More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0420 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0420  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  100 
 
 		 290 aa  601  1.0000000000000001e-171  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4011  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  74.83 
 
 		 290 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4130  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  74.83 
 
 		 290 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3936  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  74.83 
 
 		 290 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4033  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  74.83 
 
 		 290 aa  465  9.999999999999999e-131  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4350  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  74.83 
 
 		 290 aa  461  1e-129  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0360  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  74.14 
 
 		 290 aa  461  1e-129  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3666  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  74.14 
 
 		 290 aa  461  1e-129  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.832563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3616  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  74.83 
 
 		 290 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0354  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  74.14 
 
 		 290 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3416  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  73.87 
 
 		 293 aa  447  1e-125  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0343  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  70.34 
 
 		 290 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0287  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  66.9 
 
 		 294 aa  428  1e-119  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.125086 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3283  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  66.21 
 
 		 292 aa  425  1e-118  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0440  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  68.97 
 
 		 290 aa  423  1e-117  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.76505 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4167  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  67.59 
 
 		 290 aa  419  1e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0855  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  52.58 
 
 		 293 aa  337  9.999999999999999e-92  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4840  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  53.77 
 
 		 292 aa  331  8e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00477  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  49.83 
 
 		 304 aa  313  1.9999999999999998e-84  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2549  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  49.31 
 
 		 298 aa  308  6.999999999999999e-83  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.512449  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4022  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  51.88 
 
 		 296 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4214  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  52.56 
 
 		 296 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0162  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  53.24 
 
 		 293 aa  302  5.000000000000001e-81  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0492  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  53.24 
 
 		 293 aa  302  5.000000000000001e-81  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0543083  normal  0.0296951 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4052  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  53.24 
 
 		 293 aa  302  5.000000000000001e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3769  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.17 
 
 		 295 aa  300  1e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.923238  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4752  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  51.88 
 
 		 304 aa  298  6e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001984  HTH-type transcriptional regulator IlvY  47.75 
 
 		 296 aa  296  2e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0145  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  51.88 
 
 		 295 aa  295  4e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.652307  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4148  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.85 
 
 		 296 aa  294  1e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.384432  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03651  DNA-binding transcriptional dual regulator  50.85 
 
 		 297 aa  293  2e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0064932  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4203  transcriptional regulator, LysR family  50.85 
 
 		 297 aa  293  2e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3991  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.85 
 
 		 297 aa  293  2e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4229  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.85 
 
 		 297 aa  293  2e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4283  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.85 
 
 		 296 aa  293  2e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.498004  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03600  hypothetical protein  50.85 
 
 		 297 aa  293  2e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00621233  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4138  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.85 
 
 		 296 aa  293  3e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0964994  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4118  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.51 
 
 		 295 aa  293  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4298  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.51 
 
 		 295 aa  292  4e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5207  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.85 
 
 		 297 aa  292  4e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4190  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.51 
 
 		 295 aa  292  5e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.942624  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4239  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.51 
 
 		 295 aa  292  5e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4133  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.51 
 
 		 295 aa  292  5e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4010  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  49.83 
 
 		 296 aa  291  6e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.016258 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0086  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  48.25 
 
 		 294 aa  284  1.0000000000000001e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4254  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  47.22 
 
 		 284 aa  280  2e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04020  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  45.36 
 
 		 290 aa  274  1.0000000000000001e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.057098  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1008  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43.06 
 
 		 293 aa  256  4e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0484713  hitchhiker  0.0000000276968 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0503  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  44.33 
 
 		 293 aa  255  7e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000330377  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2757  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  40.28 
 
 		 326 aa  243  1.9999999999999999e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0538429  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2519  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  39.86 
 
 		 299 aa  235  5.0000000000000005e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1484  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  38.81 
 
 		 307 aa  235  6e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000079886 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2540  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  41.46 
 
 		 294 aa  234  8e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.39456  hitchhiker  0.000359173 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3845  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  39.39 
 
 		 297 aa  233  3e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.249595  decreased coverage  0.0000000043089 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4596  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 303 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00651674 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0767  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.09 
 
 		 306 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.342253 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4132  LysR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 303 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.977393  normal  0.0579117 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2994  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 295 aa  107  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0317639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1733  LysR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 321 aa  106  6e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0192173  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1566  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 295 aa  105  7e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.939992  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  26.91 
 
 		 319 aa  105  1e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3927  LysR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 303 aa  105  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 303 aa  104  2e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5534  LysR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 306 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.162022  normal  0.470463 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1001  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 303 aa  103  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.411347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3618  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 303 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4749  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 303 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0228204 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3012  LysR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 296 aa  103  4e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3058  LysR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 296 aa  103  4e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 296 aa  103  5e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  27.46 
 
 		 301 aa  100  4e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1720  transcriptional regulator, LysR family  25.67 
 
 		 294 aa  100  4e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.820276  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  25.09 
 
 		 298 aa  99.8  5e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 296 aa  99.4  7e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4595  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 297 aa  99  9e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 318 aa  98.2  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 316 aa  98.6  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4594  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 325 aa  97.8  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4657  LysR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 316 aa  97.8  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.933923 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4198  LysR family transcriptional regulator  26.98 
 
 		 303 aa  97.4  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.982202 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 297 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2873  LysR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 294 aa  97.1  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.119961  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3510  transcriptional regulator, LysR family  26.74 
 
 		 304 aa  96.7  4e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17090  Transcriptional regulator, LysR family  27.49 
 
 		 299 aa  96.7  4e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0551  transcriptional regulator, LysR family protein  25.81 
 
 		 294 aa  96.7  4e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215454  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  25.95 
 
 		 316 aa  96.3  5e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1668  transcriptional regulator, LysR family  24.32 
 
 		 296 aa  96.3  5e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2579  LysR family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 295 aa  95.9  6e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0667256 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3561  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 297 aa  95.9  7e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.97 
 
 		 295 aa  95.9  7e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3036  transcriptional regulator, LysR family  24.05 
 
 		 288 aa  95.9  7e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000194633  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6597  transcriptional regulator, LysR family  24.57 
 
 		 295 aa  95.1  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0290538  normal  0.188655 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3153  LysR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 295 aa  95.1  1e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00364917  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3308  transcriptional regulator, LysR family  26.29 
 
 		 299 aa  95.1  1e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.59 
 
 		 295 aa  94.7  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0442  LysR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 308 aa  94  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 297 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 300 aa  94  3e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1181  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  26.42 
 
 		 331 aa  94  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>