More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4167 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_4167  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  100 
 
 		 290 aa  598  1e-170  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0343  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  85.86 
 
 		 290 aa  534  1e-151  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0440  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  90.34 
 
 		 290 aa  533  1e-150  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.76505 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0287  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  80.21 
 
 		 294 aa  500  1e-140  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.125086 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4033  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  76.55 
 
 		 290 aa  482  1e-135  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3936  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  76.55 
 
 		 290 aa  482  1e-135  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4011  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  76.55 
 
 		 290 aa  482  1e-135  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4130  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  76.55 
 
 		 290 aa  482  1e-135  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3616  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  75.17 
 
 		 290 aa  474  1e-133  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0360  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  75.17 
 
 		 290 aa  473  1e-132  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3666  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  74.83 
 
 		 290 aa  471  1e-132  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.832563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0354  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  75.17 
 
 		 290 aa  471  1e-132  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4350  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  74.14 
 
 		 290 aa  470  1.0000000000000001e-131  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3283  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  71.03 
 
 		 292 aa  448  1e-125  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0420  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  67.59 
 
 		 290 aa  437  9.999999999999999e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3416  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  66.2 
 
 		 293 aa  412  1e-114  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4840  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  53.42 
 
 		 292 aa  334  1e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0855  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  52.92 
 
 		 293 aa  332  4e-90  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3769  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  51.54 
 
 		 295 aa  301  7.000000000000001e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.923238  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4752  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  52.9 
 
 		 304 aa  300  2e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2549  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  49.14 
 
 		 298 aa  297  2e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.512449  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4052  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  52.94 
 
 		 293 aa  295  5e-79  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0162  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  52.94 
 
 		 293 aa  295  5e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0492  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  52.94 
 
 		 293 aa  295  5e-79  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0543083  normal  0.0296951 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4022  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.17 
 
 		 296 aa  294  9e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0145  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  51.54 
 
 		 295 aa  295  9e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.652307  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00477  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  48.1 
 
 		 304 aa  291  6e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4214  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  49.83 
 
 		 296 aa  291  1e-77  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4148  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.85 
 
 		 296 aa  289  4e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.384432  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4118  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.85 
 
 		 295 aa  288  7e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03651  DNA-binding transcriptional dual regulator  50.85 
 
 		 297 aa  288  8e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0064932  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4203  transcriptional regulator, LysR family  50.85 
 
 		 297 aa  288  8e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4229  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.85 
 
 		 297 aa  288  8e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03600  hypothetical protein  50.85 
 
 		 297 aa  288  8e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00621233  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3991  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.85 
 
 		 297 aa  288  8e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4283  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.85 
 
 		 296 aa  288  8e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.498004  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4133  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.51 
 
 		 295 aa  287  1e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4010  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.17 
 
 		 296 aa  287  1e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.016258 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4138  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.85 
 
 		 296 aa  287  1e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0964994  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4190  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.51 
 
 		 295 aa  287  1e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.942624  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4239  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.51 
 
 		 295 aa  287  1e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5207  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.51 
 
 		 297 aa  286  2e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4298  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.51 
 
 		 295 aa  286  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001984  HTH-type transcriptional regulator IlvY  46.37 
 
 		 296 aa  281  1e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0086  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  47.59 
 
 		 294 aa  272  4.0000000000000004e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04020  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  44.98 
 
 		 290 aa  266  2.9999999999999995e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.057098  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4254  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  45.3 
 
 		 284 aa  263  2e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1008  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.47 
 
 		 293 aa  246  4e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0484713  hitchhiker  0.0000000276968 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2757  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  40.14 
 
 		 326 aa  240  2e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0538429  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0503  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  44.14 
 
 		 293 aa  238  6.999999999999999e-62  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000330377  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2519  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  40.83 
 
 		 299 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1484  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  39.45 
 
 		 307 aa  231  1e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000079886 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3845  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  40.07 
 
 		 297 aa  229  3e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.249595  decreased coverage  0.0000000043089 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2540  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  40.83 
 
 		 294 aa  225  5.0000000000000005e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.39456  hitchhiker  0.000359173 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 296 aa  115  7.999999999999999e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3012  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3058  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0843  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 293 aa  107  3e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0551  transcriptional regulator, LysR family protein  29.41 
 
 		 294 aa  104  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215454  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3036  transcriptional regulator, LysR family  26.26 
 
 		 288 aa  104  2e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000194633  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3927  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 303 aa  104  2e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3153  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 295 aa  103  5e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00364917  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 299 aa  102  6e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3435  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 295 aa  102  8e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0107817  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3514  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 295 aa  101  1e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0347689  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0844  transcriptional regulator, LysR family  30.08 
 
 		 295 aa  101  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.033432 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0856  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 295 aa  101  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.252777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0821  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 295 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0342019  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  31 
 
 		 316 aa  100  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1001  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 303 aa  100  4e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.411347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5931  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 307 aa  99.8  5e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145733  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  27.8 
 
 		 316 aa  99.4  6e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17090  Transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 		 299 aa  99  7e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0699  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 295 aa  99  8e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5534  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 306 aa  99  9e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.162022  normal  0.470463 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4596  LysR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 303 aa  99  9e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00651674 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  28.14 
 
 		 293 aa  98.6  1e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0767  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.4 
 
 		 306 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.342253 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 302 aa  97.8  2e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3618  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 303 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2994  LysR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 295 aa  98.2  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0317639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4132  LysR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 303 aa  98.2  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.977393  normal  0.0579117 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4749  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 303 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0228204 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2472  LysR family substrate binding transcriptional regulator  26.04 
 
 		 289 aa  97.1  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3012  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  26.04 
 
 		 289 aa  97.1  3e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.450438  hitchhiker  0.000703378 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3323  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 295 aa  97.4  3e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0711414  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2570  LysR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 289 aa  97.1  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  26.62 
 
 		 319 aa  96.3  5e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1134  LysR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 294 aa  96.3  5e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5293  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 297 aa  94.7  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.382002 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  26.53 
 
 		 298 aa  95.1  1e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3047  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 296 aa  94.7  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.229406 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2282  LysR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 299 aa  94.7  2e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573268  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 314 aa  94.7  2e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1737  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 308 aa  94.7  2e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.379475  normal  0.96466 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3899  transcriptional regulator, LysR family  29.03 
 
 		 305 aa  94  3e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.531376  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0071  putative transcriptional regulator LysR-type  26.37 
 
 		 292 aa  93.6  3e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000120497  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1672  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 295 aa  93.6  3e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.57433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3562  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 296 aa  92.8  5e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 303 aa  92.8  5e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>