More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_4254 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_4254  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  100 
 
 		 284 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04020  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  60.99 
 
 		 290 aa  373  1e-102  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.057098  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0420  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  47.22 
 
 		 290 aa  280  1e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0343  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  46.34 
 
 		 290 aa  268  5.9999999999999995e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0855  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  45.86 
 
 		 293 aa  263  2e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0440  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  45.99 
 
 		 290 aa  263  2e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.76505 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00477  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43.9 
 
 		 304 aa  263  4e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4350  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  45.49 
 
 		 290 aa  261  6e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3666  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  45.49 
 
 		 290 aa  261  8.999999999999999e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.832563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3283  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  44.98 
 
 		 292 aa  261  1e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0354  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  45.14 
 
 		 290 aa  260  2e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2549  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43.71 
 
 		 298 aa  259  3e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.512449  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4130  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  44.98 
 
 		 290 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4033  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  44.98 
 
 		 290 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4011  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  44.98 
 
 		 290 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3936  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  44.98 
 
 		 290 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0360  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  45.14 
 
 		 290 aa  258  6e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4167  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  44.95 
 
 		 290 aa  256  3e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4752  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.86 
 
 		 304 aa  256  4e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3416  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  44.95 
 
 		 293 aa  255  6e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3616  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  44.79 
 
 		 290 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4840  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  44.98 
 
 		 292 aa  251  8.000000000000001e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0287  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43.71 
 
 		 294 aa  251  1e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.125086 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3769  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  48.45 
 
 		 295 aa  251  1e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.923238  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4052  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  49.83 
 
 		 293 aa  250  2e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0162  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  49.83 
 
 		 293 aa  250  2e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0492  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  49.83 
 
 		 293 aa  250  2e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0543083  normal  0.0296951 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001984  HTH-type transcriptional regulator IlvY  41.11 
 
 		 296 aa  249  3e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0145  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  47.77 
 
 		 295 aa  245  6e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.652307  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4138  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  47.26 
 
 		 296 aa  241  1e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0964994  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4022  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  45.52 
 
 		 296 aa  240  2e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0086  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  44.06 
 
 		 294 aa  240  2e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4118  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  47.26 
 
 		 295 aa  239  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4190  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  47.26 
 
 		 295 aa  239  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.942624  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4298  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  47.26 
 
 		 295 aa  239  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4214  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  46.21 
 
 		 296 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4133  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  47.26 
 
 		 295 aa  239  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4239  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  47.26 
 
 		 295 aa  239  2.9999999999999997e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03651  DNA-binding transcriptional dual regulator  46.92 
 
 		 297 aa  239  4e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0064932  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4203  transcriptional regulator, LysR family  46.92 
 
 		 297 aa  239  4e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4229  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  46.92 
 
 		 297 aa  239  4e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4283  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  46.92 
 
 		 296 aa  239  4e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.498004  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3991  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  46.92 
 
 		 297 aa  239  4e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03600  hypothetical protein  46.92 
 
 		 297 aa  239  4e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00621233  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5207  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  47.08 
 
 		 297 aa  239  5e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4148  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  47.44 
 
 		 296 aa  238  6.999999999999999e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.384432  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4010  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  47.26 
 
 		 296 aa  237  2e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.016258 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1008  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  43 
 
 		 293 aa  236  3e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0484713  hitchhiker  0.0000000276968 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3845  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.18 
 
 		 297 aa  226  2e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.249595  decreased coverage  0.0000000043089 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0503  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.41 
 
 		 293 aa  224  1e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000330377  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2540  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  40.07 
 
 		 294 aa  221  7e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.39456  hitchhiker  0.000359173 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2757  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  37.63 
 
 		 326 aa  221  9e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0538429  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1484  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  38.99 
 
 		 307 aa  214  9e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000079886 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2519  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  37.85 
 
 		 299 aa  208  9e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1566  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 295 aa  113  3e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.939992  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02614  transcriptional regulator LysR family  31.52 
 
 		 296 aa  106  5e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 295 aa  103  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 305 aa  102  6e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 300 aa  102  7e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1282  LysR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 293 aa  102  7e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.20294  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1667  transcriptional regulator CysB  30.04 
 
 		 324 aa  102  7e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00185974  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  27.74 
 
 		 300 aa  102  7e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1131  transcriptional regulator, LysR family  29.06 
 
 		 296 aa  102  8e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 300 aa  101  1e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 300 aa  101  1e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  27.8 
 
 		 314 aa  101  1e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 300 aa  101  1e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  30.04 
 
 		 303 aa  101  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 300 aa  100  2e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 318 aa  100  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02429  DNA-binding transcriptional activator of 3-phenylpropionic acid catabolism  29.43 
 
 		 296 aa  100  3e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2690  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  29.43 
 
 		 297 aa  100  3e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02393  hypothetical protein  29.43 
 
 		 296 aa  100  3e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2689  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  29.43 
 
 		 296 aa  100  3e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00584589  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1140  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  29.43 
 
 		 296 aa  100  3e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3769  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  29.43 
 
 		 296 aa  100  3e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  28.83 
 
 		 295 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2822  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  29.43 
 
 		 296 aa  100  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.922303  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1695  putative LysR substrate binding domain  26.12 
 
 		 290 aa  100  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.165039  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1647  putative LysR substrate binding domain  26.12 
 
 		 290 aa  100  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0636291  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1636  putative LysR substrate binding domain  26.12 
 
 		 290 aa  100  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1812  putative LysR substrate binding domain-containing protein  26.12 
 
 		 290 aa  100  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 302 aa  100  4e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1628  putative LysR substrate binding domain  26.12 
 
 		 290 aa  100  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1768  transcriptional regulator CysB  26.89 
 
 		 324 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000142013 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 316 aa  99  8e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 294 aa  98.6  9e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1979  transcriptional regulator CysB  27.43 
 
 		 323 aa  98.2  1e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0970  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 303 aa  98.6  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0205462  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 294 aa  98.6  1e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23140  transcriptional regulator CysB  27.78 
 
 		 324 aa  98.2  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 305 aa  97.8  2e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2546  transcriptional regulator CysB  27.9 
 
 		 324 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000891923 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0341  transcriptional regulator CysB  27.8 
 
 		 333 aa  97.8  2e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.136754  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 300 aa  97.1  3e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34290  Transcriptional regualtor, LysR family  26.92 
 
 		 294 aa  96.7  3e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4632  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 301 aa  97.1  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>