More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1667 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1667  transcriptional regulator CysB  100 
 
 		 324 aa  672    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00185974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1768  transcriptional regulator CysB  80.43 
 
 		 324 aa  554  1e-156  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000142013 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2327  transcriptional regulator CysB  80.12 
 
 		 324 aa  549  1e-155  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.184075  hitchhiker  0.000046762 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23140  transcriptional regulator CysB  79.32 
 
 		 324 aa  548  1e-155  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3553  transcriptional regulator CysB  79.63 
 
 		 324 aa  549  1e-155  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4003  transcriptional regulator CysB  78.88 
 
 		 324 aa  547  1e-155  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.260583  normal  0.45598 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1928  transcriptional regulator CysB  80.12 
 
 		 324 aa  549  1e-155  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0221409  hitchhiker  0.0000000000199307 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41870  transcriptional regulator CysB  79.63 
 
 		 324 aa  548  1e-155  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2279  Cys regulon transcriptional activator  78.26 
 
 		 324 aa  546  1e-154  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.0003435  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3443  transcriptional regulator CysB  79.81 
 
 		 324 aa  547  1e-154  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0457028  hitchhiker  0.00255719 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2546  transcriptional regulator CysB  77.95 
 
 		 324 aa  541  1e-153  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000891923 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2077  transcriptional regulator CysB  77.95 
 
 		 324 aa  542  1e-153  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0047105 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1583  transcriptional regulator CysB  76 
 
 		 325 aa  528  1e-149  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2341  transcriptional regulator CysB  70.68 
 
 		 335 aa  496  1e-139  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00664929 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2428  transcriptional regulator CysB  70.19 
 
 		 323 aa  483  1e-135  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2469  transcriptional regulator CysB  66.77 
 
 		 324 aa  467  9.999999999999999e-131  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003883  regulatory protein CysB  66.46 
 
 		 324 aa  458  9.999999999999999e-129  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.803514  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1497  transcriptional regulator CysB  65.84 
 
 		 324 aa  459  9.999999999999999e-129  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000166035  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01793  transcriptional regulator CysB  66.15 
 
 		 324 aa  455  1e-127  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1624  transcriptional regulator CysB  64.91 
 
 		 324 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.483368  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1979  transcriptional regulator CysB  63.66 
 
 		 323 aa  442  1e-123  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01945  transcriptional regulator CysB  64.6 
 
 		 324 aa  441  9.999999999999999e-123  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00567188  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1689  transcriptional regulator CysB  63.98 
 
 		 324 aa  440  9.999999999999999e-123  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.372652  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1697  transcriptional regulator CysB  64.38 
 
 		 326 aa  440  9.999999999999999e-123  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.828749 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2839  transcriptional regulator CysB  63.98 
 
 		 324 aa  435  1e-121  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.462693  hitchhiker  0.00000219555 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1923  transcriptional regulator, LysR family  63.66 
 
 		 324 aa  435  1e-121  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1805  transcriptional regulator CysB  64.29 
 
 		 324 aa  435  1e-121  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.110232  normal  0.0101242 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2161  transcriptional regulator, LysR family  63.04 
 
 		 324 aa  436  1e-121  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.281423  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1844  transcriptional regulator CysB  63.47 
 
 		 324 aa  435  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00679598 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2317  transcriptional regulator CysB  61.8 
 
 		 324 aa  433  1e-120  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01251  DNA-binding transcriptional dual regulator, O-acetyl-L-serine-binding  62.85 
 
 		 324 aa  431  1e-120  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.255079  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2374  transcriptional regulator, LysR family  62.85 
 
 		 324 aa  431  1e-120  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00240492  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01261  hypothetical protein  62.85 
 
 		 324 aa  431  1e-120  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.234561  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1475  transcriptional regulator CysB  62.85 
 
 		 324 aa  431  1e-120  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00044374  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1856  transcriptional regulator CysB  62.85 
 
 		 324 aa  432  1e-120  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.314733  hitchhiker  2.57931e-19 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1324  transcriptional regulator CysB  63.35 
 
 		 324 aa  433  1e-120  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.121135 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1384  transcriptional regulator CysB  62.85 
 
 		 324 aa  431  1e-120  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1200  transcriptional regulator CysB  63.66 
 
 		 324 aa  432  1e-120  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2649  transcriptional regulator CysB  62.42 
 
 		 324 aa  432  1e-120  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2195  transcriptional regulator CysB  62.85 
 
 		 324 aa  431  1e-120  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000422628 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2016  transcriptional regulator CysB  61.8 
 
 		 324 aa  433  1e-120  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.251178  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1731  transcriptional regulator CysB  62.42 
 
 		 324 aa  431  1e-120  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00171097  normal  0.293254 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1615  transcriptional regulator CysB  63.16 
 
 		 324 aa  431  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000907367 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1501  transcriptional regulator CysB  62.85 
 
 		 324 aa  431  1e-120  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.7918  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1840  transcriptional regulator CysB  63.16 
 
 		 324 aa  433  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000484032 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2353  transcriptional regulator CysB  62.85 
 
 		 324 aa  431  1e-120  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0011024  unclonable  0.000000022716 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1907  transcriptional regulator CysB  62.85 
 
 		 324 aa  431  1e-120  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0524894  hitchhiker  2.34231e-17 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2656  transcriptional regulator CysB  62.85 
 
 		 324 aa  434  1e-120  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00546956  unclonable  0.0000000382364 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1624  transcriptional regulator CysB  63.04 
 
 		 324 aa  432  1e-120  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.239161  normal  0.11593 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1902  transcriptional regulator CysB  63.16 
 
 		 324 aa  433  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.834508  hitchhiker  4.2824e-16 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1587  transcriptional regulator CysB  62.42 
 
 		 324 aa  431  1e-120  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.296126  normal  0.104148 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1662  transcriptional regulator CysB  62.42 
 
 		 324 aa  431  1e-120  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0319237  unclonable  0.0000181404 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1537  transcriptional regulator CysB  63.35 
 
 		 324 aa  433  1e-120  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000242596  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1434  transcriptional regulator CysB  63.16 
 
 		 324 aa  433  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00237388  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2032  transcriptional regulator CysB  62.11 
 
 		 324 aa  427  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30659  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2248  transcriptional regulator CysB  62.23 
 
 		 325 aa  429  1e-119  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.841929  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2228  transcriptional regulator CysB  62.11 
 
 		 324 aa  427  1e-119  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000587269  hitchhiker  0.00110252 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0301  transcriptional regulator CysB  62.11 
 
 		 324 aa  428  1e-119  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1922  transcriptional regulator CysB  62.11 
 
 		 324 aa  427  1e-119  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.303693  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2487  transcriptional regulator CysB  62.15 
 
 		 327 aa  426  1e-118  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.343529  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1857  transcriptional regulator CysB  62.15 
 
 		 327 aa  426  1e-118  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00369362  decreased coverage  0.00000000217707 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2607  transcriptional regulator CysB  62.15 
 
 		 327 aa  426  1e-118  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00558949  decreased coverage  0.000632462 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2494  transcriptional regulator CysB  62.15 
 
 		 327 aa  426  1e-118  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2096  transcriptional regulator CysB  62.42 
 
 		 324 aa  427  1e-118  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00807982  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1450  transcriptional regulator CysB  61.61 
 
 		 325 aa  426  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000786748  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0341  transcriptional regulator CysB  62.38 
 
 		 333 aa  402  1e-111  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.136754  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2292  transcriptional regulator CysB-like protein  60.98 
 
 		 306 aa  389  1e-107  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.524252  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1145  transcriptional regulator CysB-like protein  59.67 
 
 		 308 aa  386  1e-106  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.207377  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1033  transcriptional regulator CysB  56.39 
 
 		 323 aa  378  1e-104  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.113266  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0800  transcriptional regulator CysB-like protein  55.59 
 
 		 313 aa  364  1e-100  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1296  transcriptional regulator, LysR family  52.46 
 
 		 320 aa  347  1e-94  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.842409  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0847  transcriptional regulator, LysR family  52.79 
 
 		 320 aa  343  2.9999999999999997e-93  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.960379 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0699  sulfur assimilation transcriptional regulator, LysR family  52.79 
 
 		 320 aa  343  2.9999999999999997e-93  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.735105  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1669  transcriptional regulator CysB-like protein  53.67 
 
 		 312 aa  342  7e-93  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0453898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2910  transcriptional regulator CysB-like protein  52.79 
 
 		 313 aa  338  8e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.170902  normal  0.254391 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1865  transcriptional regulator CysB-like protein  51.85 
 
 		 308 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.625225  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1694  transcriptional regulator CysB-like protein  51.85 
 
 		 308 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.272702  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1205  transcriptional regulator CysB-like protein  51.85 
 
 		 308 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.215298  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2018  transcriptional regulator CysB-like protein  51.85 
 
 		 308 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.962244  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0810  transcriptional regulator CysB-like protein  51.85 
 
 		 308 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.259681  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2476  transcriptional regulator CysB-like protein  51.52 
 
 		 308 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1851  transcriptional regulator CysB-like protein  51.85 
 
 		 308 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0350  transcriptional regulator CysB-like protein  51.85 
 
 		 308 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0871745  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1582  transcriptional regulator CysB-like protein  51.18 
 
 		 308 aa  333  3e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.610687  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1125  transcriptional regulator CysB-like protein  51.18 
 
 		 308 aa  333  3e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1605  transcriptional regulator CysB-like protein  51.18 
 
 		 308 aa  333  3e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.339549  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4743  transcriptional regulator CysB-like protein  51.18 
 
 		 308 aa  332  4e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.217696  normal  0.701162 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1632  transcriptional regulator CysB-like protein  50.84 
 
 		 308 aa  331  9e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0127  LysR family transcriptional regulator  49.04 
 
 		 311 aa  329  5.0000000000000004e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.191807  hitchhiker  0.00233416 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3810  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 312 aa  327  1.0000000000000001e-88  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.251082 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1625  transcriptional regulator CysB-like protein  51.19 
 
 		 308 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.879627  normal  0.658708 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1521  transcriptional regulator CysB-like protein  50.17 
 
 		 308 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1777  transcriptional regulator CysB-like protein  50.51 
 
 		 308 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.16529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2466  transcriptional regulator CysB-like protein  50.51 
 
 		 308 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.387168 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1501  transcriptional regulator CysB-like protein  50.17 
 
 		 308 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.33535  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5610  LysR family transcriptional regulator  49.51 
 
 		 354 aa  324  1e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.519955 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1287  transcriptional regulator CysB-like protein  49.17 
 
 		 319 aa  312  3.9999999999999997e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.767639  normal  0.313196 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1224  transcriptional regulator CysB-like protein  49.17 
 
 		 319 aa  311  7.999999999999999e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.178615  normal  0.191747 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1348  transcriptional regulator CysB-like protein  48.84 
 
 		 327 aa  311  1e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1379  transcriptional regulator CysB-like protein  48.03 
 
 		 316 aa  303  2.0000000000000002e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>