More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_02614 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010717  PXO_02614  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 		 296 aa  579  1e-164  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2724  LysR family transcriptional regulator  64.83 
 
 		 293 aa  368  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0713788  normal  0.0834627 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  64.71 
 
 		 297 aa  368  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1888  LysR family transcriptional regulator  63.1 
 
 		 306 aa  366  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0674933  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34290  Transcriptional regualtor, LysR family  65.61 
 
 		 294 aa  363  1e-99  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  64.01 
 
 		 297 aa  363  3e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1547  LysR family transcriptional regulator  63.36 
 
 		 292 aa  360  2e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.240499 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1982  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  61.81 
 
 		 290 aa  358  4e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0403422 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2172  transcriptional regulator, LysR family  61.46 
 
 		 290 aa  355  3.9999999999999996e-97  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.25457  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1515  LysR family transcriptional regulator  61.99 
 
 		 292 aa  353  2e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3775  LysR family transcriptional regulator  61.94 
 
 		 292 aa  352  4e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1984  LysR family transcriptional regulator  61.25 
 
 		 292 aa  350  2e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  0.045506 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2087  LysR family transcriptional regulator  51.7 
 
 		 299 aa  295  7e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.589785  normal  0.993199 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2454  LysR family transcriptional regulator  53.45 
 
 		 321 aa  293  2e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.332878  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2090  LysR family transcriptional regulator  47.4 
 
 		 293 aa  279  4e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.115384  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1244  transcriptional regulator, LysR family  54.7 
 
 		 286 aa  273  3e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1566  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 295 aa  233  4.0000000000000004e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.939992  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1414  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 290 aa  222  7e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.832122 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1937  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 291 aa  219  3e-56  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1575  LysR family transcriptional regulator  41.91 
 
 		 278 aa  211  2e-53  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.684291  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1720  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 294 aa  187  2e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.820276  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1345  transcriptional regulator, LysR family  39.3 
 
 		 290 aa  172  3.9999999999999995e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.515489  normal  0.2022 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01751  putative Rubisco transcriptional regulator  32.53 
 
 		 317 aa  140  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0295  putative Rubisco transcriptional regulator  33.91 
 
 		 331 aa  140  1.9999999999999998e-32  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 298 aa  140  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  32.18 
 
 		 319 aa  139  4.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  34.34 
 
 		 295 aa  139  7e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01641  putative Rubisco transcriptional regulator  31.83 
 
 		 314 aa  137  1e-31  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.569388  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 308 aa  135  6.0000000000000005e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01661  putative Rubisco transcriptional regulator  31.83 
 
 		 314 aa  135  6.0000000000000005e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 297 aa  135  9e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26681  putative Rubisco transcriptional regulator  33.22 
 
 		 323 aa  135  9e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 294 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1615  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.979938  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 298 aa  132  5e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 298 aa  133  5e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02191  putative Rubisco transcriptional regulator  31.83 
 
 		 316 aa  131  1.0000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.989894 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2398  putative Rubisco transcriptional regulator  32.53 
 
 		 329 aa  132  1.0000000000000001e-29  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  34.24 
 
 		 301 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1513  putative Rubisco transcriptional regulator  31.49 
 
 		 316 aa  130  3e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 298 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 298 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  33.98 
 
 		 319 aa  129  8.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01621  putative Rubisco transcriptional regulator  32.18 
 
 		 322 aa  128  1.0000000000000001e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 300 aa  127  3e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 298 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0396  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 300 aa  126  4.0000000000000003e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 320 aa  126  5e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0084  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 311 aa  125  9e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446413  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 303 aa  124  1e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  27.2 
 
 		 289 aa  125  1e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2494  transcriptional regulator, LysR family  29.76 
 
 		 322 aa  124  1e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 301 aa  124  1e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  21.95 
 
 		 294 aa  125  1e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 307 aa  124  3e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 298 aa  123  3e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2851  transcriptional regulator, LysR family  30.2 
 
 		 314 aa  124  3e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  31.56 
 
 		 298 aa  123  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  28.87 
 
 		 297 aa  123  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 297 aa  123  4e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  30.5 
 
 		 307 aa  122  5e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 297 aa  122  6e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1669  transcriptional regulator CysB-like protein  29.76 
 
 		 312 aa  122  8e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0453898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 308 aa  122  9e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3225  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 		 300 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.456811 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5024  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 311 aa  122  9.999999999999999e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0432035  normal  0.889367 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1650  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 301 aa  121  9.999999999999999e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  28.62 
 
 		 294 aa  120  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1614  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 311 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.625262  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  22.18 
 
 		 296 aa  120  3e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  27.02 
 
 		 302 aa  120  3e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 302 aa  120  3e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0951  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 294 aa  119  3.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  21.25 
 
 		 294 aa  120  3.9999999999999996e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2009  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 334 aa  120  3.9999999999999996e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.476347  normal  0.474901 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  32.35 
 
 		 298 aa  119  4.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 298 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  33.73 
 
 		 293 aa  119  6e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1945  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 300 aa  119  7e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.551445  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 305 aa  119  7e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0355  hypothetical protein  27.86 
 
 		 293 aa  119  7.999999999999999e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0091  transcriptional regulator, LysR family  32.87 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1733  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 321 aa  118  9.999999999999999e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0192173  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0342  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 336 aa  118  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  26.71 
 
 		 300 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  25.83 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2539  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224397  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  30.41 
 
 		 316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  27.85 
 
 		 316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  26.12 
 
 		 300 aa  117  3e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5612  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 294 aa  117  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 296 aa  117  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 300 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>