More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3283 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_3283  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  100 
 
 		 292 aa  601  1.0000000000000001e-171  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0343  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  71.38 
 
 		 290 aa  442  1e-123  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4033  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  69.31 
 
 		 290 aa  428  1e-119  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4167  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  71.03 
 
 		 290 aa  428  1e-119  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4130  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  69.31 
 
 		 290 aa  428  1e-119  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3936  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  69.31 
 
 		 290 aa  428  1e-119  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4011  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  69.31 
 
 		 290 aa  428  1e-119  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4350  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  68.28 
 
 		 290 aa  425  1e-118  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0287  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  69.34 
 
 		 294 aa  426  1e-118  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.125086 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0440  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  70 
 
 		 290 aa  424  1e-118  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.76505 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0360  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  68.97 
 
 		 290 aa  426  1e-118  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3666  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  68.97 
 
 		 290 aa  427  1e-118  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.832563  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0420  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  66.21 
 
 		 290 aa  425  1e-118  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0354  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  68.97 
 
 		 290 aa  426  1e-118  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3616  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  68.28 
 
 		 290 aa  422  1e-117  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3416  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  61.81 
 
 		 293 aa  388  1e-107  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0855  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  49.66 
 
 		 293 aa  310  2e-83  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4840  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  48.8 
 
 		 292 aa  309  4e-83  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3769  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  52.6 
 
 		 295 aa  297  2e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.923238  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00477  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  49.3 
 
 		 304 aa  296  2e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0162  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  52.9 
 
 		 293 aa  295  6e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4052  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  52.9 
 
 		 293 aa  295  6e-79  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0492  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  52.9 
 
 		 293 aa  295  6e-79  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0543083  normal  0.0296951 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4752  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  53.29 
 
 		 304 aa  293  2e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2549  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  48.25 
 
 		 298 aa  293  3e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.512449  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0145  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  51.9 
 
 		 295 aa  291  9e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.652307  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4022  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.87 
 
 		 296 aa  291  1e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4214  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.52 
 
 		 296 aa  288  8e-77  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001984  HTH-type transcriptional regulator IlvY  47.2 
 
 		 296 aa  280  1e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4010  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.87 
 
 		 296 aa  280  2e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.016258 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4148  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  51.21 
 
 		 296 aa  280  2e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.384432  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03600  hypothetical protein  51.21 
 
 		 297 aa  279  3e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00621233  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03651  DNA-binding transcriptional dual regulator  51.21 
 
 		 297 aa  279  3e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0064932  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4203  transcriptional regulator, LysR family  51.21 
 
 		 297 aa  279  3e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3991  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  51.21 
 
 		 297 aa  279  3e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4229  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  51.21 
 
 		 297 aa  279  3e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4283  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  51.21 
 
 		 296 aa  279  4e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.498004  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5207  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  51.21 
 
 		 297 aa  279  5e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4118  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  49.83 
 
 		 295 aa  278  6e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4138  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  51.21 
 
 		 296 aa  278  7e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0964994  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4133  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.52 
 
 		 295 aa  278  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4298  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.52 
 
 		 295 aa  278  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4190  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.52 
 
 		 295 aa  278  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.942624  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4239  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  50.52 
 
 		 295 aa  278  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0086  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  47.55 
 
 		 294 aa  267  2e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4254  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  44.98 
 
 		 284 aa  261  1e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1008  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  44.52 
 
 		 293 aa  252  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0484713  hitchhiker  0.0000000276968 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04020  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  44.25 
 
 		 290 aa  249  4e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.057098  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0503  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  44.18 
 
 		 293 aa  243  3.9999999999999997e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000330377  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2757  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  41.26 
 
 		 326 aa  237  2e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0538429  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2540  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  42.61 
 
 		 294 aa  231  1e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.39456  hitchhiker  0.000359173 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1484  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  40.56 
 
 		 307 aa  230  3e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000079886 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2519  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  40.56 
 
 		 299 aa  226  3e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3845  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  39.59 
 
 		 297 aa  223  2e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.249595  decreased coverage  0.0000000043089 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 299 aa  109  4.0000000000000004e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  29.7 
 
 		 319 aa  104  2e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.96 
 
 		 316 aa  103  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4596  LysR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 303 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00651674 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  28.47 
 
 		 316 aa  103  4e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2994  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 295 aa  103  4e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0317639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 303 aa  103  5e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5512  transcriptional regulator, LysR family  28.72 
 
 		 311 aa  102  8e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4132  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 303 aa  102  9e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.977393  normal  0.0579117 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.39 
 
 		 300 aa  101  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 302 aa  101  2e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17090  Transcriptional regulator, LysR family  31.02 
 
 		 299 aa  100  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0634  transcriptional regulator, LysR family  29.05 
 
 		 310 aa  100  4e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1720  transcriptional regulator, LysR family  29.67 
 
 		 294 aa  99.8  5e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.820276  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1617  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 298 aa  99.8  5e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0228191  normal  0.551931 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5965  LysR family transcriptional regulator  34.94 
 
 		 302 aa  99.4  6e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0576334  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  27.54 
 
 		 303 aa  99.4  7e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5126  LysR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 320 aa  99.4  7e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.470567 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5397  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 320 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.547943  normal  0.012277 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3561  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 297 aa  98.6  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5348  LysR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 320 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041705 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3036  transcriptional regulator, LysR family  25.68 
 
 		 288 aa  97.1  3e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000194633  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3927  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 303 aa  97.1  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1001  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 303 aa  97.1  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.411347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5257  LysR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 320 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.85963 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5534  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 306 aa  96.7  5e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.162022  normal  0.470463 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4595  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 297 aa  95.9  6e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645659  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1424  transcriptional regulator, LysR family  25.79 
 
 		 303 aa  96.3  6e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.442699 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4355  LysR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 301 aa  96.3  6e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  29.53 
 
 		 306 aa  95.9  7e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1621  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 297 aa  95.9  7e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3273  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 293 aa  95.5  8e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.215219 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2282  LysR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 299 aa  95.9  8e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573268  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3618  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 303 aa  95.5  9e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4749  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 303 aa  95.5  9e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0228204 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4149  LysR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 307 aa  95.1  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.438214  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5293  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 297 aa  94.7  2e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.382002 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1543  transcriptional regulator, LysR family  26.12 
 
 		 298 aa  94.4  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.114968 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1672  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 295 aa  94.4  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.57433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3737  LysR family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 292 aa  94.7  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.440992 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  27.44 
 
 		 297 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  26.85 
 
 		 298 aa  94.7  2e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1134  LysR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 294 aa  94.7  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 316 aa  93.6  3e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3378  transcriptional regulator, LysR family  29.32 
 
 		 306 aa  93.6  3e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.587515  normal  0.118229 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1737  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 308 aa  93.6  3e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.379475  normal  0.96466 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>