More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4355 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4355  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  612  9.999999999999999e-175  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0855  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 308 aa  179  4e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.931414  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3249  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 297 aa  159  5e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.332208  normal  0.244414 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1102  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 300 aa  155  1e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3285  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 301 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.840822 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2909  transcriptional regulator, LysR family  32.64 
 
 		 299 aa  149  8e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0304015  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2713  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.6 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.565858  normal  0.203644 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2473  LysR, substrate-binding  32.28 
 
 		 345 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.206697  normal  0.35717 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 296 aa  139  3.9999999999999997e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  28.77 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  28.77 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  28.77 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1775  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.310759  normal  0.553993 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  28.77 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  29.62 
 
 		 292 aa  136  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  28.77 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 		 299 aa  136  4e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 		 299 aa  136  4e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5149  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 300 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 298 aa  135  7.000000000000001e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4207  LysR substrate-binding protein  32.85 
 
 		 297 aa  135  8e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1424  transcriptional regulator, LysR family  32.38 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.442699 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3722  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 308 aa  133  3e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2682  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 323 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4639  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 309 aa  132  5e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.356154  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1589  transcriptional regulator, LysR family  30.85 
 
 		 307 aa  132  6e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 289 aa  131  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02429  DNA-binding transcriptional activator of 3-phenylpropionic acid catabolism  30.96 
 
 		 296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3769  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  30.96 
 
 		 296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2689  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  30.96 
 
 		 296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00584589  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2312  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.015479  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02393  hypothetical protein  30.96 
 
 		 296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1140  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  30.96 
 
 		 296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2822  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  30.96 
 
 		 296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.922303  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4630  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 295 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.133598  hitchhiker  0.000277503 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2690  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  30.96 
 
 		 297 aa  130  3e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2580  ben operon transcriptional regulator BenM  31.68 
 
 		 306 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 323 aa  130  3e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1131  transcriptional regulator, LysR family  30.96 
 
 		 296 aa  129  4.0000000000000003e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0999  transcriptional regulator CatR  31.35 
 
 		 304 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1361  ben operon transcriptional regulator BenM  31.68 
 
 		 306 aa  129  6e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232512  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0188  transcriptional regulator CatR  31.68 
 
 		 304 aa  129  6e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0666967  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2724  ben operon transcriptional regulator BenM  31.68 
 
 		 306 aa  129  6e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0474  transcriptional regulator CatR  31.49 
 
 		 306 aa  129  6e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0216  ben operon transcriptional regulator BenM  31.68 
 
 		 306 aa  129  6e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1557  ben operon transcriptional regulator BenM  31.68 
 
 		 306 aa  129  6e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6068  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 303 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 298 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6552  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 303 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.392727 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5704  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 303 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7097  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 296 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.785925  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3804  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 326 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.699235 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 299 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0664  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0825274 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4646  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 326 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3717  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 326 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.038308 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 293 aa  127  3e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 298 aa  126  4.0000000000000003e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 301 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  33.61 
 
 		 298 aa  126  5e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1134  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 294 aa  126  5e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4595  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 297 aa  126  5e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2282  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 302 aa  125  7e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0266423 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1360  transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 		 303 aa  125  7e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325341  normal  0.0430016 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3299  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 287 aa  125  7e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0793122  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6115  transcriptional regulator, LysR family  32.4 
 
 		 299 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3524  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 298 aa  125  9e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.76062  normal  0.441756 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 306 aa  125  9e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1027  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 299 aa  124  1e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174873 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 307 aa  125  1e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5457  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2332  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 308 aa  124  3e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194223  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3601  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 305 aa  124  3e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.773221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2394  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 305 aa  123  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888535  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1969  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 308 aa  124  3e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0175  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 302 aa  123  4e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.602241  normal  0.0372511 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 300 aa  122  5e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 300 aa  122  8e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 300 aa  122  8e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.22 
 
 		 296 aa  122  9e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68920  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 304 aa  122  9e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196948  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  27.18 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  27.93 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  31.56 
 
 		 302 aa  121  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5426  transcriptional regulator, LysR family  32.46 
 
 		 294 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.954201 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 304 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1672  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 295 aa  122  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.57433  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3179  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 299 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05372  transcription regulator protein  33.78 
 
 		 335 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>