More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2473 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2473  LysR, substrate-binding  100 
 
 		 345 aa  700    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.206697  normal  0.35717 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3249  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 297 aa  153  2.9999999999999998e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.332208  normal  0.244414 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4355  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 301 aa  151  2e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 305 aa  145  9e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2134  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4207  LysR substrate-binding protein  33.33 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  33.21 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0963  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 294 aa  144  3e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 303 aa  144  3e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  31.32 
 
 		 292 aa  143  4e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.93 
 
 		 300 aa  142  7e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 297 aa  142  8e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  28.83 
 
 		 301 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 301 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 301 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  28.83 
 
 		 301 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  28.83 
 
 		 301 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  28.83 
 
 		 301 aa  140  3e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  28.83 
 
 		 301 aa  140  3e-32  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  32 
 
 		 298 aa  140  3e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0855  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 308 aa  140  3e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.931414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 299 aa  140  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 299 aa  140  4.999999999999999e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2421  LysR substrate-binding  27.14 
 
 		 300 aa  139  6e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 297 aa  139  6e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.79 
 
 		 297 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  31.79 
 
 		 297 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 297 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  31.79 
 
 		 297 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  27.12 
 
 		 298 aa  139  7.999999999999999e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 297 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  29.7 
 
 		 306 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 297 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  31.79 
 
 		 297 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1102  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 305 aa  139  1e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1356  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 329 aa  137  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.79958  normal  0.0413241 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6393  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 297 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.222603 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 296 aa  136  6.0000000000000005e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1408  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 323 aa  135  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.185298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1392  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 306 aa  135  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0389535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0175  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 302 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.602241  normal  0.0372511 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  31.2 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  29.57 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1374  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 314 aa  135  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2537  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0137  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.750096  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4123  LysR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.454072 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3167  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0719  LysR family regulatory protein  32.32 
 
 		 322 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0714085  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0550  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1451  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.870434  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0532  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.693788  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2879  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5884  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 296 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.279758 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1027  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 299 aa  134  3e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174873 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4202  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 295 aa  134  3e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.932359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5520  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 296 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.579894  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2682  LysR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 323 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3179  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 299 aa  133  5e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4425  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 302 aa  133  5e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.488055  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0036  transcriptional regulator, LysR family  29.63 
 
 		 306 aa  133  5e-30  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  30.5 
 
 		 304 aa  132  6e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 304 aa  132  6e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1852  LysR substrate binding domain-containing protein  30.83 
 
 		 299 aa  132  6.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1589  LysR substrate binding domain protein  30.83 
 
 		 299 aa  132  6.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.103905 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1657  LysR substrate binding domain-containing protein  30.83 
 
 		 299 aa  132  6.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1598  LysR substrate binding domain protein  30.83 
 
 		 299 aa  132  6.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1685  LysR substrate binding domain protein  30.83 
 
 		 299 aa  132  6.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.533068  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1001  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 303 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.411347  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3962  LysR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0195836  normal  0.175267 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2671  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 299 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0656105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1308  LysR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 302 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.565063 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4537  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 302 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.309073  normal  0.1504 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3244  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 316 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.634923  normal  0.10907 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0834  LysR, substrate-binding  35.07 
 
 		 330 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3831  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 302 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 301 aa  130  3e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 296 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0544  transcriptional regulator, LysR family  34.41 
 
 		 295 aa  129  6e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1196  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 293 aa  129  8.000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254346  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 293 aa  129  8.000000000000001e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4596  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 303 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00651674 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 295 aa  129  9.000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4146  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 313 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.517871 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3927  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 303 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4630  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 295 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.133598  hitchhiker  0.000277503 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4595  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  30.42 
 
 		 298 aa  128  2.0000000000000002e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 300 aa  127  3e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5111  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3793  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.14 
 
 		 296 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4132  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 303 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.977393  normal  0.0579117 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4639  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 309 aa  126  6e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.356154  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2400  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 296 aa  126  7e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000468465  hitchhiker  0.00000339516 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 301 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>