More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2400 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_2400  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  588  1e-167  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000468465  hitchhiker  0.00000339516 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3462  LysR family transcriptional regulator  88.18 
 
 		 296 aa  526  1e-148  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1350  LysR family transcriptional regulator  82.59 
 
 		 296 aa  489  1e-137  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1136  LysR family transcriptional regulator  78.84 
 
 		 303 aa  442  1e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4209  LysR family transcriptional regulator  75.93 
 
 		 296 aa  427  1e-119  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0298089 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1229  LysR family transcriptional regulator  77.08 
 
 		 300 aa  376  1e-103  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0331  transcriptional regulator, LysR family  56.01 
 
 		 306 aa  319  3.9999999999999996e-86  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.172645  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2064  transcriptional regulator, LysR family  56.01 
 
 		 306 aa  319  3.9999999999999996e-86  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.053811  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4191  LysR family transcriptional regulator  57.24 
 
 		 303 aa  316  2e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.530401  normal  0.614884 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2807  transcriptional regulator, LysR family  57.29 
 
 		 294 aa  310  2e-83  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2919  LysR family transcriptional regulator  53.95 
 
 		 301 aa  305  5.0000000000000004e-82  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.495437  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2588  transcription regulator protein  53.26 
 
 		 314 aa  303  2.0000000000000002e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1278  LysR family transcriptional regulator  53.26 
 
 		 313 aa  302  5.000000000000001e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2000  LysR family transcriptional regulator  54.64 
 
 		 313 aa  301  8.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35760  LysR family regulatory protein  54.64 
 
 		 314 aa  301  1e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.168852  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35850  Regulatory protein, LysR-family  54.98 
 
 		 314 aa  300  2e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0402658  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30970  putative transcriptional regulator  54.3 
 
 		 331 aa  298  5e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000030684  unclonable  5.74685e-22 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0722  LysR family transcriptional regulator  52.41 
 
 		 314 aa  297  2e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.857733  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1891  transcriptional regulator, LysR family  53.61 
 
 		 314 aa  295  7e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1336  LysR family transcriptional regulator  53.95 
 
 		 320 aa  291  1e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00681412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2346  LysR family transcriptional regulator  53.61 
 
 		 313 aa  290  2e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.530384 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3710  LysR family transcriptional regulator  53.45 
 
 		 312 aa  290  2e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0404575  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3723  LysR family transcriptional regulator  53.61 
 
 		 310 aa  290  2e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1027  transcriptional regulator, LysR family  53.51 
 
 		 317 aa  286  2.9999999999999996e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.922112  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0442  LysR family transcriptional regulator  52.07 
 
 		 308 aa  285  5.999999999999999e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2328  LysR family transcriptional regulator  52.54 
 
 		 302 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.418813  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3510  transcriptional regulator, LysR family  51.03 
 
 		 304 aa  283  3.0000000000000004e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2330  LysR family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 303 aa  280  2e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0633  transcriptional regulator, LysR family  51.72 
 
 		 302 aa  280  2e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.127453 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1546  LysR family transcriptional regulator  50.86 
 
 		 326 aa  278  7e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00132043  normal  0.724965 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2703  LysR family transcriptional regulator  50.69 
 
 		 304 aa  277  1e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.907055  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0613  transcriptional regulator, LysR family  51.03 
 
 		 302 aa  271  8.000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.311225 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1314  transcriptional regulator, LysR family  50.34 
 
 		 308 aa  261  1e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.515752  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2641  transcriptional regulator, LysR family  50.67 
 
 		 304 aa  256  2e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.416798  normal  0.999416 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1002  transcriptional regulator, LysR family  52.73 
 
 		 277 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1668  transcriptional regulator, LysR family  40.89 
 
 		 308 aa  201  8e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.239871  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4374  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 287 aa  182  5.0000000000000004e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 296 aa  160  3e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 292 aa  156  5.0000000000000005e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.82 
 
 		 300 aa  155  8e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1688  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.3 
 
 		 293 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 297 aa  153  4e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 303 aa  152  8e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2671  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 299 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0656105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2279  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 299 aa  148  9e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.77751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2537  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1598  LysR substrate binding domain protein  33.8 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1589  LysR substrate binding domain protein  33.8 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.103905 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1657  LysR substrate binding domain-containing protein  33.8 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1852  LysR substrate binding domain-containing protein  33.8 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 296 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1685  LysR substrate binding domain protein  33.8 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.533068  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 302 aa  147  3e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 296 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 298 aa  145  7.0000000000000006e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 305 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.31 
 
 		 297 aa  145  1e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 		 297 aa  145  1e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3179  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 299 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 297 aa  145  1e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 297 aa  144  1e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 		 297 aa  144  1e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 308 aa  144  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  32.31 
 
 		 297 aa  145  1e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 297 aa  145  1e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 302 aa  143  3e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  32.31 
 
 		 297 aa  143  4e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 297 aa  142  6e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2682  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 323 aa  142  7e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 295 aa  141  9.999999999999999e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  34.07 
 
 		 306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2120  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 319 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.085988 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 300 aa  140  3e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0352  transcriptional regulator, LysR family  35.95 
 
 		 294 aa  140  3e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 305 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  35.56 
 
 		 302 aa  139  3.9999999999999997e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 308 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 293 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 299 aa  138  8.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3126  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 296 aa  138  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.211157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 306 aa  138  1e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46680  Transcriptional regulator, LysR-family  37.12 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  33.47 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1001  LysR family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.411347  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  33.47 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 323 aa  137  2e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  33.06 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  33.06 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  33.06 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  33.06 
 
 		 301 aa  136  4e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  33.06 
 
 		 301 aa  136  4e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0212  LysR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 306 aa  136  5e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6126  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  136  5e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 300 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0038  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 294 aa  135  7.000000000000001e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4359  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 303 aa  135  7.000000000000001e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>