More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_2703 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_2703  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  606  9.999999999999999e-173  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.907055  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3510  transcriptional regulator, LysR family  89.73 
 
 		 304 aa  532  1e-150  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0442  LysR family transcriptional regulator  87.46 
 
 		 308 aa  529  1e-149  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1314  transcriptional regulator, LysR family  80.92 
 
 		 308 aa  474  1e-133  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.515752  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1278  LysR family transcriptional regulator  72.15 
 
 		 313 aa  437  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2641  transcriptional regulator, LysR family  78.95 
 
 		 304 aa  440  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.416798  normal  0.999416 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0331  transcriptional regulator, LysR family  71.72 
 
 		 306 aa  428  1e-119  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.172645  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2064  transcriptional regulator, LysR family  71.72 
 
 		 306 aa  428  1e-119  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.053811  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0722  LysR family transcriptional regulator  70.37 
 
 		 314 aa  427  1e-118  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.857733  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2588  transcription regulator protein  69.36 
 
 		 314 aa  422  1e-117  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35760  LysR family regulatory protein  73.4 
 
 		 314 aa  424  1e-117  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.168852  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35850  Regulatory protein, LysR-family  72.39 
 
 		 314 aa  417  1e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0402658  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2919  LysR family transcriptional regulator  70.45 
 
 		 301 aa  411  1e-114  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.495437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3710  LysR family transcriptional regulator  71.04 
 
 		 312 aa  409  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0404575  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2346  LysR family transcriptional regulator  70.03 
 
 		 313 aa  409  1e-113  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.530384 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3723  LysR family transcriptional regulator  70.07 
 
 		 310 aa  409  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2000  LysR family transcriptional regulator  70.37 
 
 		 313 aa  410  1e-113  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1336  LysR family transcriptional regulator  71.33 
 
 		 320 aa  401  1e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00681412  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1891  transcriptional regulator, LysR family  69.7 
 
 		 314 aa  399  9.999999999999999e-111  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30970  putative transcriptional regulator  68.71 
 
 		 331 aa  385  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000030684  unclonable  5.74685e-22 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1546  LysR family transcriptional regulator  66.22 
 
 		 326 aa  376  1e-103  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00132043  normal  0.724965 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4191  LysR family transcriptional regulator  60.41 
 
 		 303 aa  348  4e-95  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.530401  normal  0.614884 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2807  transcriptional regulator, LysR family  56.12 
 
 		 294 aa  328  1.0000000000000001e-88  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0633  transcriptional regulator, LysR family  51.17 
 
 		 302 aa  291  1e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.127453 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3462  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 296 aa  280  2e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2400  LysR family transcriptional regulator  50.67 
 
 		 296 aa  280  3e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000468465  hitchhiker  0.00000339516 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1350  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 296 aa  276  2e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4209  LysR family transcriptional regulator  53.45 
 
 		 296 aa  277  2e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0298089 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2330  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 303 aa  275  5e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2328  LysR family transcriptional regulator  47.19 
 
 		 302 aa  267  1e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.418813  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1027  transcriptional regulator, LysR family  48.26 
 
 		 317 aa  266  4e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.922112  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0613  transcriptional regulator, LysR family  46.88 
 
 		 302 aa  258  9e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.311225 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1136  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 303 aa  253  3e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1002  transcriptional regulator, LysR family  46.97 
 
 		 277 aa  226  3e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1229  LysR family transcriptional regulator  48.79 
 
 		 300 aa  209  4e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1668  transcriptional regulator, LysR family  40.27 
 
 		 308 aa  205  8e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.239871  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0808  transcriptional regulator  67.69 
 
 		 151 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4374  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 287 aa  176  5e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 296 aa  139  7.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.79 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2279  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 299 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.77751  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  36.18 
 
 		 297 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 297 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46680  Transcriptional regulator, LysR-family  37.12 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 297 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 297 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  36.18 
 
 		 297 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 323 aa  130  3e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 297 aa  130  3e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 296 aa  129  5.0000000000000004e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 300 aa  129  5.0000000000000004e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 305 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 297 aa  129  6e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 297 aa  129  9.000000000000001e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3126  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.211157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0212  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 306 aa  126  4.0000000000000003e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 296 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  34.81 
 
 		 301 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 293 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 299 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0216  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 301 aa  125  6e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1491  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00327558 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  31.12 
 
 		 301 aa  124  2e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 301 aa  124  2e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 301 aa  124  2e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  31.12 
 
 		 301 aa  124  2e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  31.12 
 
 		 301 aa  124  2e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 		 299 aa  124  2e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1589  LysR substrate binding domain protein  35.12 
 
 		 299 aa  124  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.103905 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1657  LysR substrate binding domain-containing protein  35.12 
 
 		 299 aa  124  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  31.12 
 
 		 301 aa  124  3e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  30.43 
 
 		 292 aa  124  3e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 298 aa  124  3e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1685  LysR substrate binding domain protein  35.12 
 
 		 299 aa  124  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.533068  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  31.12 
 
 		 301 aa  124  3e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1852  LysR substrate binding domain-containing protein  35.12 
 
 		 299 aa  124  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1598  LysR substrate binding domain protein  35.12 
 
 		 299 aa  124  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 306 aa  123  4e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08550  Transcriptional regulator, LysR family  32.79 
 
 		 307 aa  122  8e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.763554  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  32.74 
 
 		 296 aa  122  9e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0184  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 323 aa  122  9e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 298 aa  122  9e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 296 aa  122  9e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 297 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2138  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 		 337 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3722  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 307 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 302 aa  120  3e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 302 aa  120  3e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 295 aa  119  4.9999999999999996e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4453  transcriptional regulator, LysR family  33.47 
 
 		 298 aa  119  6e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.47384 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4587  transcriptional regulator, LysR family  33.47 
 
 		 298 aa  119  6e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.781824  normal  0.831534 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0607  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 296 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.693427  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>