More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_4209 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_4209  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  587  1e-166  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0298089 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3462  LysR family transcriptional regulator  78.23 
 
 		 296 aa  459  9.999999999999999e-129  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1350  LysR family transcriptional regulator  77.03 
 
 		 296 aa  455  1e-127  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2400  LysR family transcriptional regulator  75.93 
 
 		 296 aa  449  1e-125  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000468465  hitchhiker  0.00000339516 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1136  LysR family transcriptional regulator  77.13 
 
 		 303 aa  427  1e-118  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1229  LysR family transcriptional regulator  79.92 
 
 		 300 aa  387  1e-106  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4191  LysR family transcriptional regulator  59.66 
 
 		 303 aa  338  5.9999999999999996e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.530401  normal  0.614884 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2064  transcriptional regulator, LysR family  59.79 
 
 		 306 aa  334  7.999999999999999e-91  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.053811  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0331  transcriptional regulator, LysR family  59.79 
 
 		 306 aa  334  7.999999999999999e-91  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.172645  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2807  transcriptional regulator, LysR family  58.97 
 
 		 294 aa  323  2e-87  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1278  LysR family transcriptional regulator  57.04 
 
 		 313 aa  322  3e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2000  LysR family transcriptional regulator  58.76 
 
 		 313 aa  322  6e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2919  LysR family transcriptional regulator  57.09 
 
 		 301 aa  320  1.9999999999999998e-86  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.495437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3723  LysR family transcriptional regulator  59.79 
 
 		 310 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0722  LysR family transcriptional regulator  57.24 
 
 		 314 aa  320  1.9999999999999998e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.857733  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35760  LysR family regulatory protein  59.11 
 
 		 314 aa  320  1.9999999999999998e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.168852  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2588  transcription regulator protein  56.36 
 
 		 314 aa  317  2e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2346  LysR family transcriptional regulator  58.08 
 
 		 313 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.530384 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35850  Regulatory protein, LysR-family  58.42 
 
 		 314 aa  313  2.9999999999999996e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0402658  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30970  putative transcriptional regulator  58.08 
 
 		 331 aa  311  1e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000030684  unclonable  5.74685e-22 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3710  LysR family transcriptional regulator  57.59 
 
 		 312 aa  310  2e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0404575  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1336  LysR family transcriptional regulator  58.08 
 
 		 320 aa  310  2e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00681412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2330  LysR family transcriptional regulator  56.99 
 
 		 303 aa  306  3e-82  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3510  transcriptional regulator, LysR family  54.83 
 
 		 304 aa  305  5.0000000000000004e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1891  transcriptional regulator, LysR family  56.7 
 
 		 314 aa  305  8.000000000000001e-82  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1546  LysR family transcriptional regulator  56.36 
 
 		 326 aa  303  2.0000000000000002e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00132043  normal  0.724965 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0442  LysR family transcriptional regulator  54.14 
 
 		 308 aa  298  6e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0633  transcriptional regulator, LysR family  56.68 
 
 		 302 aa  298  1e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.127453 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2703  LysR family transcriptional regulator  53.45 
 
 		 304 aa  297  2e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.907055  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1314  transcriptional regulator, LysR family  53.45 
 
 		 308 aa  285  5.999999999999999e-76  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.515752  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1027  transcriptional regulator, LysR family  52.23 
 
 		 317 aa  279  4e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.922112  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2641  transcriptional regulator, LysR family  53.79 
 
 		 304 aa  278  1e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.416798  normal  0.999416 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2328  LysR family transcriptional regulator  51.03 
 
 		 302 aa  275  7e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.418813  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0613  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 		 302 aa  271  1e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.311225 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1002  transcriptional regulator, LysR family  52.73 
 
 		 277 aa  238  6.999999999999999e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1668  transcriptional regulator, LysR family  41.38 
 
 		 308 aa  217  2e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.239871  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4374  LysR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 287 aa  205  7e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  39.92 
 
 		 296 aa  163  3e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2537  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 299 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2671  LysR family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 299 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0656105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  37.6 
 
 		 296 aa  159  6e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4207  LysR substrate-binding protein  36.13 
 
 		 297 aa  157  1e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3179  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 299 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 297 aa  155  1e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 293 aa  154  2e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1027  LysR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 299 aa  153  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174873 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46680  Transcriptional regulator, LysR-family  39.54 
 
 		 297 aa  153  4e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 296 aa  152  5.9999999999999996e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1685  LysR substrate binding domain protein  33.91 
 
 		 299 aa  152  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.533068  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1657  LysR substrate binding domain-containing protein  33.91 
 
 		 299 aa  152  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1598  LysR substrate binding domain protein  33.91 
 
 		 299 aa  152  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1852  LysR substrate binding domain-containing protein  33.91 
 
 		 299 aa  152  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1589  LysR substrate binding domain protein  33.91 
 
 		 299 aa  152  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.103905 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 297 aa  150  2e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2682  LysR family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 323 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 292 aa  150  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.8 
 
 		 297 aa  150  3e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  33.8 
 
 		 297 aa  150  3e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 297 aa  150  3e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 296 aa  150  3e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  33.8 
 
 		 297 aa  150  3e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 297 aa  150  3e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  33.8 
 
 		 297 aa  150  4e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 297 aa  150  4e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 297 aa  149  5e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 303 aa  149  7e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.79 
 
 		 300 aa  149  8e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2312  LysR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.015479  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  38.79 
 
 		 296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0216  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 301 aa  147  3e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  38.79 
 
 		 296 aa  146  3e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 306 aa  147  3e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3724  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.282606 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  35.1 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 302 aa  143  3e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  35.56 
 
 		 306 aa  143  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  31.42 
 
 		 308 aa  143  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3319  transcriptional regulator, LysR family  35.22 
 
 		 310 aa  142  6e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 298 aa  142  7e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 298 aa  141  9.999999999999999e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  34.3 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  34.3 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 300 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  34.3 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4630  LysR family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 295 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.133598  hitchhiker  0.000277503 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  34.3 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  34.3 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  34.3 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  34.3 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2279  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.77751  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>