More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ajs_2919 on replicon NC_008782
Organism: Acidovorax sp. JS42



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008782  Ajs_2919  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
301 aa  600  1.0000000000000001e-171  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.495437  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1891  transcriptional regulator, LysR family  90.34 
 
 
314 aa  508  1e-143  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30970  putative transcriptional regulator  91.38 
 
 
331 aa  508  1e-143  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000030684  unclonable  5.74685e-22 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2064  transcriptional regulator, LysR family  88.28 
 
 
306 aa  504  9.999999999999999e-143  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.053811  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3723  LysR family transcriptional regulator  91.38 
 
 
310 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0331  transcriptional regulator, LysR family  88.28 
 
 
306 aa  504  9.999999999999999e-143  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.172645  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1336  LysR family transcriptional regulator  90.69 
 
 
320 aa  501  1e-141  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00681412  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1278  LysR family transcriptional regulator  83.1 
 
 
313 aa  478  1e-134  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1546  LysR family transcriptional regulator  85.17 
 
 
326 aa  477  1e-133  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00132043  normal  0.724965 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35760  LysR family regulatory protein  85.86 
 
 
314 aa  477  1e-133  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.168852  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2588  transcription regulator protein  82.07 
 
 
314 aa  474  1e-132  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35850  Regulatory protein, LysR-family  84.83 
 
 
314 aa  473  1e-132  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0402658  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0722  LysR family transcriptional regulator  81.03 
 
 
314 aa  472  1e-132  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.857733  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2000  LysR family transcriptional regulator  83.45 
 
 
313 aa  464  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3710  LysR family transcriptional regulator  82.47 
 
 
312 aa  460  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0404575  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2346  LysR family transcriptional regulator  81.72 
 
 
313 aa  455  1e-127  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.530384 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3510  transcriptional regulator, LysR family  74.57 
 
 
304 aa  436  1e-121  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0442  LysR family transcriptional regulator  71.43 
 
 
308 aa  421  1e-117  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2703  LysR family transcriptional regulator  70.45 
 
 
304 aa  410  1e-113  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.907055  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1314  transcriptional regulator, LysR family  70.67 
 
 
308 aa  407  1e-113  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.515752  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4191  LysR family transcriptional regulator  67.82 
 
 
303 aa  377  1e-103  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.530401  normal  0.614884 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2641  transcriptional regulator, LysR family  70.59 
 
 
304 aa  367  1e-100  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.416798  normal  0.999416 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2807  transcriptional regulator, LysR family  63.67 
 
 
294 aa  362  6e-99  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0633  transcriptional regulator, LysR family  56.55 
 
 
302 aa  318  6e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.127453 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2330  LysR family transcriptional regulator  53.87 
 
 
303 aa  315  7e-85  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2400  LysR family transcriptional regulator  53.95 
 
 
296 aa  305  5.0000000000000004e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000468465  hitchhiker  0.00000339516 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1350  LysR family transcriptional regulator  53.38 
 
 
296 aa  302  4.0000000000000003e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1136  LysR family transcriptional regulator  56.51 
 
 
303 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1027  transcriptional regulator, LysR family  53.1 
 
 
317 aa  299  4e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.922112  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4209  LysR family transcriptional regulator  57.09 
 
 
296 aa  298  6e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0298089 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2328  LysR family transcriptional regulator  52.76 
 
 
302 aa  297  1e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.418813  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3462  LysR family transcriptional regulator  53.06 
 
 
296 aa  296  2e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0613  transcriptional regulator, LysR family  51.01 
 
 
302 aa  287  2e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.311225 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1002  transcriptional regulator, LysR family  51.36 
 
 
277 aa  252  4.0000000000000004e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1229  LysR family transcriptional regulator  53.94 
 
 
300 aa  238  5.999999999999999e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1668  transcriptional regulator, LysR family  41.87 
 
 
308 aa  228  7e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.239871  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4374  LysR family transcriptional regulator  41.56 
 
 
287 aa  201  9.999999999999999e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0808  transcriptional regulator  70.63 
 
 
151 aa  178  1e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 
296 aa  151  1e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 
296 aa  149  4e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 
305 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
298 aa  145  8.000000000000001e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.12 
 
 
300 aa  141  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  33.21 
 
 
292 aa  141  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
302 aa  140  1.9999999999999998e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.15 
 
 
297 aa  138  1e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 
297 aa  138  1e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  34.15 
 
 
297 aa  138  1e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 
297 aa  138  1e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 
297 aa  138  1e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 
296 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 
297 aa  138  1e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 
300 aa  138  1e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 
297 aa  137  2e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 
297 aa  137  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 
297 aa  137  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 
297 aa  136  4e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 
323 aa  136  5e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 
302 aa  136  5e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  32.37 
 
 
301 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 
301 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 
301 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  31.02 
 
 
308 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  32.37 
 
 
301 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  32.37 
 
 
301 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  32.37 
 
 
299 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  32.37 
 
 
299 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  32.37 
 
 
301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2279  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 
299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.77751  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  36.92 
 
 
296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  36.92 
 
 
296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 
299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  32.37 
 
 
301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 
302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 
293 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 
299 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 
299 aa  132  5e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  34.59 
 
 
301 aa  132  6e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 
301 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 
295 aa  131  1.0000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3676  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
317 aa  131  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0866147  normal  0.208358 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2120  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 
319 aa  131  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.085988 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.34 
 
 
296 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1589  LysR substrate binding domain protein  33.33 
 
 
299 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.103905 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1598  LysR substrate binding domain protein  33.33 
 
 
299 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1657  LysR substrate binding domain-containing protein  33.33 
 
 
299 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1685  LysR substrate binding domain protein  33.33 
 
 
299 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.533068  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 
308 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1852  LysR substrate binding domain-containing protein  33.33 
 
 
299 aa  130  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0212  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 
306 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 
306 aa  130  3e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  31.95 
 
 
305 aa  130  3e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2134  transcriptional regulator, LysR family  34.27 
 
 
304 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46680  Transcriptional regulator, LysR-family  35.25 
 
 
297 aa  129  6e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 
301 aa  129  7.000000000000001e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5843  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 
304 aa  129  8.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000271378 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 
299 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2678  DNA-binding transcriptional activator XapR  34.59 
 
 
294 aa  129  8.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0441451  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3126  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
296 aa  128  9.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.211157  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 
296 aa  129  9.000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>