More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0613 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0613  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 302 aa  607  1e-173  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.311225 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2328  LysR family transcriptional regulator  83.67 
 
 		 302 aa  513  1e-144  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.418813  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1027  transcriptional regulator, LysR family  84.83 
 
 		 317 aa  503  1e-141  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.922112  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4191  LysR family transcriptional regulator  57.99 
 
 		 303 aa  334  1e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.530401  normal  0.614884 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2807  transcriptional regulator, LysR family  54.17 
 
 		 294 aa  314  9.999999999999999e-85  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0331  transcriptional regulator, LysR family  51.99 
 
 		 306 aa  311  6.999999999999999e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.172645  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2064  transcriptional regulator, LysR family  51.99 
 
 		 306 aa  311  6.999999999999999e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.053811  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2919  LysR family transcriptional regulator  51.01 
 
 		 301 aa  296  2e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.495437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1278  LysR family transcriptional regulator  50.84 
 
 		 313 aa  296  4e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2588  transcription regulator protein  49.5 
 
 		 314 aa  295  6e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0722  LysR family transcriptional regulator  49.16 
 
 		 314 aa  290  2e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.857733  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35760  LysR family regulatory protein  51.5 
 
 		 314 aa  290  2e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.168852  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1891  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 		 314 aa  283  2.0000000000000002e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2000  LysR family transcriptional regulator  50.67 
 
 		 313 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2330  LysR family transcriptional regulator  50.69 
 
 		 303 aa  281  6.000000000000001e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2346  LysR family transcriptional regulator  50.33 
 
 		 313 aa  281  1e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.530384 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1336  LysR family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 320 aa  279  3e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00681412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2400  LysR family transcriptional regulator  51.03 
 
 		 296 aa  280  3e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000468465  hitchhiker  0.00000339516 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35850  Regulatory protein, LysR-family  51.39 
 
 		 314 aa  280  3e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0402658  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0442  LysR family transcriptional regulator  47.49 
 
 		 308 aa  278  1e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1350  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 296 aa  276  3e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3462  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 296 aa  275  8e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3723  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 310 aa  275  8e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1546  LysR family transcriptional regulator  49.34 
 
 		 326 aa  275  8e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00132043  normal  0.724965 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30970  putative transcriptional regulator  50 
 
 		 331 aa  273  3e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000030684  unclonable  5.74685e-22 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3710  LysR family transcriptional regulator  51.04 
 
 		 312 aa  272  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0404575  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0633  transcriptional regulator, LysR family  48.83 
 
 		 302 aa  272  5.000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.127453 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3510  transcriptional regulator, LysR family  47.22 
 
 		 304 aa  272  6e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2703  LysR family transcriptional regulator  46.88 
 
 		 304 aa  266  4e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.907055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1136  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 303 aa  264  1e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1314  transcriptional regulator, LysR family  47.92 
 
 		 308 aa  258  7e-68  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.515752  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2641  transcriptional regulator, LysR family  49.65 
 
 		 304 aa  255  6e-67  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.416798  normal  0.999416 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4209  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 296 aa  254  2.0000000000000002e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0298089 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1668  transcriptional regulator, LysR family  41.72 
 
 		 308 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.239871  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1002  transcriptional regulator, LysR family  47.66 
 
 		 277 aa  231  1e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3037  LysR, substrate-binding  70 
 
 		 249 aa  224  1e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.45113  normal  0.372125 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4374  LysR family transcriptional regulator  42.97 
 
 		 287 aa  220  1.9999999999999999e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1229  LysR family transcriptional regulator  46.46 
 
 		 300 aa  197  1.0000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 297 aa  150  3e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  29.93 
 
 		 298 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  36.2 
 
 		 296 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 293 aa  144  2e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 296 aa  143  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  36.2 
 
 		 296 aa  144  3e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 296 aa  143  4e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4639  LysR family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 309 aa  142  8e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.356154  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 296 aa  142  9e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 323 aa  137  2e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0767  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.3 
 
 		 306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.342253 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2326  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 306 aa  136  3.0000000000000003e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 		 308 aa  136  4e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 305 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5843  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000271378 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3084  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 296 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  35.58 
 
 		 295 aa  134  9.999999999999999e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3831  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 302 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4537  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 302 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.309073  normal  0.1504 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4425  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 302 aa  133  5e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.488055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3962  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 302 aa  132  5e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0195836  normal  0.175267 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  28.42 
 
 		 301 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 296 aa  132  7.999999999999999e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  34.39 
 
 		 301 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  28.42 
 
 		 301 aa  132  9e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 299 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  28.42 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3676  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 317 aa  131  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0866147  normal  0.208358 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  28.42 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2671  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0656105  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2332  transcriptional regulator, LysR family  29.87 
 
 		 308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194223  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1969  transcriptional regulator, LysR family  29.87 
 
 		 308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 299 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 301 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  28.42 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2537  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 299 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3179  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 299 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.27 
 
 		 297 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  34.27 
 
 		 297 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 299 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 297 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 297 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  34.27 
 
 		 297 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 308 aa  129  7.000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  34.27 
 
 		 297 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 297 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 297 aa  129  8.000000000000001e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4649  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 315 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.235656  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1451  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.870434  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 289 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>