More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1546 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1546  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 326 aa  657    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00132043  normal  0.724965 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1891  transcriptional regulator, LysR family  82.96 
 
 		 314 aa  504  9.999999999999999e-143  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1336  LysR family transcriptional regulator  81.76 
 
 		 320 aa  501  1e-141  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00681412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2919  LysR family transcriptional regulator  85.17 
 
 		 301 aa  499  1e-140  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.495437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3723  LysR family transcriptional regulator  82.8 
 
 		 310 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2064  transcriptional regulator, LysR family  80.46 
 
 		 306 aa  488  1e-137  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.053811  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0331  transcriptional regulator, LysR family  80.46 
 
 		 306 aa  488  1e-137  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.172645  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30970  putative transcriptional regulator  79.42 
 
 		 331 aa  479  1e-134  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000030684  unclonable  5.74685e-22 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35760  LysR family regulatory protein  79.3 
 
 		 314 aa  477  1e-133  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.168852  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1278  LysR family transcriptional regulator  77.56 
 
 		 313 aa  475  1e-133  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2588  transcription regulator protein  75.48 
 
 		 314 aa  473  1e-132  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0722  LysR family transcriptional regulator  75.48 
 
 		 314 aa  473  1e-132  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.857733  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35850  Regulatory protein, LysR-family  79.8 
 
 		 314 aa  456  1e-127  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0402658  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2000  LysR family transcriptional regulator  77.6 
 
 		 313 aa  457  1e-127  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3710  LysR family transcriptional regulator  79 
 
 		 312 aa  448  1e-125  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0404575  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2346  LysR family transcriptional regulator  77.6 
 
 		 313 aa  450  1e-125  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.530384 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3510  transcriptional regulator, LysR family  70.55 
 
 		 304 aa  411  1e-114  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0442  LysR family transcriptional regulator  67.91 
 
 		 308 aa  401  1e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1314  transcriptional regulator, LysR family  65.8 
 
 		 308 aa  391  1e-108  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.515752  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2703  LysR family transcriptional regulator  66.78 
 
 		 304 aa  393  1e-108  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.907055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4191  LysR family transcriptional regulator  66.21 
 
 		 303 aa  373  1e-102  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.530401  normal  0.614884 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2641  transcriptional regulator, LysR family  67.44 
 
 		 304 aa  371  1e-101  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.416798  normal  0.999416 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2807  transcriptional regulator, LysR family  59.93 
 
 		 294 aa  351  1e-95  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2330  LysR family transcriptional regulator  55.14 
 
 		 303 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0633  transcriptional regulator, LysR family  55.59 
 
 		 302 aa  324  1e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.127453 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2328  LysR family transcriptional regulator  52 
 
 		 302 aa  297  2e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.418813  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1027  transcriptional regulator, LysR family  51.89 
 
 		 317 aa  295  5e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.922112  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1350  LysR family transcriptional regulator  51.55 
 
 		 296 aa  295  7e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4209  LysR family transcriptional regulator  56.36 
 
 		 296 aa  295  1e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0298089 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1136  LysR family transcriptional regulator  54.61 
 
 		 303 aa  294  2e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3462  LysR family transcriptional regulator  52.23 
 
 		 296 aa  293  3e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2400  LysR family transcriptional regulator  50.86 
 
 		 296 aa  290  2e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000468465  hitchhiker  0.00000339516 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0613  transcriptional regulator, LysR family  49.34 
 
 		 302 aa  280  2e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.311225 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1002  transcriptional regulator, LysR family  50.19 
 
 		 277 aa  247  2e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1668  transcriptional regulator, LysR family  43 
 
 		 308 aa  236  4e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.239871  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1229  LysR family transcriptional regulator  49.4 
 
 		 300 aa  218  7.999999999999999e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4374  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 287 aa  204  2e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0808  transcriptional regulator  63.27 
 
 		 151 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 298 aa  161  1e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 296 aa  157  3e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 296 aa  152  8.999999999999999e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 300 aa  150  3e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0212  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 306 aa  149  8e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 305 aa  149  8e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 302 aa  148  1.0000000000000001e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 293 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3676  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 317 aa  146  6e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0866147  normal  0.208358 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.33 
 
 		 300 aa  145  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  31.41 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 308 aa  143  4e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5149  LysR family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 300 aa  142  6e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0216  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 301 aa  142  6e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.93 
 
 		 297 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  32.93 
 
 		 297 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  32.93 
 
 		 297 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 297 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 297 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4639  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 309 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.356154  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 296 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 306 aa  141  1.9999999999999998e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  32.93 
 
 		 297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0834  LysR, substrate-binding  36.08 
 
 		 330 aa  140  3e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 297 aa  140  3e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2279  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 299 aa  140  3e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.77751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  32.72 
 
 		 292 aa  140  3e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 307 aa  140  3.9999999999999997e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08550  Transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 307 aa  140  3.9999999999999997e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.763554  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  34.25 
 
 		 301 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  139  6e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  32.93 
 
 		 297 aa  139  6e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 301 aa  139  7e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2678  DNA-binding transcriptional activator XapR  33.1 
 
 		 294 aa  139  8.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0441451  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4630  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 295 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.133598  hitchhiker  0.000277503 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  36.26 
 
 		 306 aa  138  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2612  DNA-binding transcriptional activator XapR  33.1 
 
 		 294 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0177144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3126  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 296 aa  138  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.211157  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2654  DNA-binding transcriptional activator XapR  33.1 
 
 		 294 aa  138  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00016667  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2134  transcriptional regulator, LysR family  33.87 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2784  DNA-binding transcriptional activator XapR  33.1 
 
 		 294 aa  138  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00240936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2563  DNA-binding transcriptional activator XapR  33.1 
 
 		 294 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000012261  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1543  transcriptional regulator, LysR family  30.38 
 
 		 298 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.114968 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 297 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 299 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2671  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 299 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0656105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 299 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  36.2 
 
 		 296 aa  136  6.0000000000000005e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.14 
 
 		 296 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  36.2 
 
 		 296 aa  135  7.000000000000001e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0037  transcriptional regulator, LysR family  34.85 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.279269  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3249  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.332208  normal  0.244414 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  32.68 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0038  transcriptional regulator, LysR family  34.85 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.744574 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5843  LysR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000271378 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2932  DNA-binding transcriptional activator XapR  31.51 
 
 		 294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000456471  normal  0.0988351 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>