More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_0442 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_0442  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 308 aa  614  1e-175  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3510  transcriptional regulator, LysR family  90.07 
 
 		 304 aa  527  1e-149  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2703  LysR family transcriptional regulator  89.04 
 
 		 304 aa  520  1e-146  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.907055  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1314  transcriptional regulator, LysR family  81.52 
 
 		 308 aa  470  1.0000000000000001e-131  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.515752  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2064  transcriptional regulator, LysR family  74.66 
 
 		 306 aa  437  1e-121  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.053811  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1278  LysR family transcriptional regulator  74.32 
 
 		 313 aa  434  1e-121  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0331  transcriptional regulator, LysR family  74.66 
 
 		 306 aa  437  1e-121  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.172645  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2641  transcriptional regulator, LysR family  78.88 
 
 		 304 aa  432  1e-120  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.416798  normal  0.999416 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2588  transcription regulator protein  71.33 
 
 		 314 aa  421  1e-117  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35760  LysR family regulatory protein  72.67 
 
 		 314 aa  423  1e-117  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.168852  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2919  LysR family transcriptional regulator  71.43 
 
 		 301 aa  421  1e-117  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.495437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0722  LysR family transcriptional regulator  71.67 
 
 		 314 aa  420  1e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.857733  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35850  Regulatory protein, LysR-family  73.99 
 
 		 314 aa  417  9.999999999999999e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0402658  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2000  LysR family transcriptional regulator  72.64 
 
 		 313 aa  411  1e-114  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3723  LysR family transcriptional regulator  73.31 
 
 		 310 aa  410  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3710  LysR family transcriptional regulator  72.3 
 
 		 312 aa  410  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0404575  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2346  LysR family transcriptional regulator  72.3 
 
 		 313 aa  410  1e-113  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.530384 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1891  transcriptional regulator, LysR family  71.96 
 
 		 314 aa  405  1.0000000000000001e-112  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1336  LysR family transcriptional regulator  72.7 
 
 		 320 aa  404  1e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00681412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30970  putative transcriptional regulator  71.43 
 
 		 331 aa  394  1e-108  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000030684  unclonable  5.74685e-22 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1546  LysR family transcriptional regulator  67.91 
 
 		 326 aa  382  1e-105  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00132043  normal  0.724965 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4191  LysR family transcriptional regulator  62.8 
 
 		 303 aa  355  5e-97  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.530401  normal  0.614884 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2807  transcriptional regulator, LysR family  57.44 
 
 		 294 aa  323  2e-87  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0633  transcriptional regulator, LysR family  52.74 
 
 		 302 aa  294  2e-78  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.127453 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2400  LysR family transcriptional regulator  52.07 
 
 		 296 aa  285  5.999999999999999e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000468465  hitchhiker  0.00000339516 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1350  LysR family transcriptional regulator  51.03 
 
 		 296 aa  282  6.000000000000001e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2330  LysR family transcriptional regulator  51.04 
 
 		 303 aa  281  8.000000000000001e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3462  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 296 aa  281  8.000000000000001e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2328  LysR family transcriptional regulator  50.52 
 
 		 302 aa  279  4e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.418813  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1027  transcriptional regulator, LysR family  50.69 
 
 		 317 aa  279  5e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.922112  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4209  LysR family transcriptional regulator  54.14 
 
 		 296 aa  276  2e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0298089 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0613  transcriptional regulator, LysR family  47.49 
 
 		 302 aa  268  7e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.311225 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1136  LysR family transcriptional regulator  49.5 
 
 		 303 aa  263  3e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1002  transcriptional regulator, LysR family  48.29 
 
 		 277 aa  230  3e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1229  LysR family transcriptional regulator  50.81 
 
 		 300 aa  213  3.9999999999999995e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1668  transcriptional regulator, LysR family  39.79 
 
 		 308 aa  203  3e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.239871  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4374  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 287 aa  179  4e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0808  transcriptional regulator  66.15 
 
 		 151 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.9 
 
 		 300 aa  152  5.9999999999999996e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 300 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 296 aa  146  4.0000000000000006e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 296 aa  143  4e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 323 aa  142  6e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 299 aa  142  9e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2279  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 299 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.77751  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 293 aa  140  3e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  35.62 
 
 		 301 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 306 aa  140  3.9999999999999997e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 302 aa  139  4.999999999999999e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 299 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 299 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 305 aa  139  7e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  32.17 
 
 		 292 aa  136  5e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  32.78 
 
 		 301 aa  135  7.000000000000001e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  32.78 
 
 		 301 aa  135  7.000000000000001e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 301 aa  135  7.000000000000001e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 301 aa  135  7.000000000000001e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  32.78 
 
 		 301 aa  135  7.000000000000001e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  32.78 
 
 		 301 aa  135  7.000000000000001e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  32.78 
 
 		 301 aa  135  8e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 302 aa  135  8e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 299 aa  135  9e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 299 aa  135  9e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 305 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46680  Transcriptional regulator, LysR-family  36.4 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 295 aa  135  9.999999999999999e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 297 aa  134  9.999999999999999e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0607  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.693427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0157  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 296 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0640  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 296 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.79 
 
 		 296 aa  133  5e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 299 aa  133  5e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0216  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 301 aa  132  5e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1027  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 299 aa  132  6e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174873 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4207  LysR substrate-binding protein  32.51 
 
 		 297 aa  132  6.999999999999999e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3724  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 300 aa  132  9e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.282606 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1491  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00327558 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  33.81 
 
 		 296 aa  130  3e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5111  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 297 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 297 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0350  LysR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 295 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.334528  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0212  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 306 aa  129  5.0000000000000004e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  33.81 
 
 		 296 aa  129  5.0000000000000004e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.55 
 
 		 297 aa  129  6e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  34.55 
 
 		 297 aa  129  6e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  34.55 
 
 		 297 aa  129  6e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 297 aa  129  6e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 297 aa  129  6e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3126  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 296 aa  129  6e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.211157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3722  LysR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 307 aa  129  7.000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 297 aa  129  8.000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  34.55 
 
 		 297 aa  129  8.000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 297 aa  128  9.000000000000001e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5149  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>