More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0633 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0633  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 302 aa  605  9.999999999999999e-173  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.127453 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2330  LysR family transcriptional regulator  76.74 
 
 		 303 aa  456  1e-127  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2807  transcriptional regulator, LysR family  66.55 
 
 		 294 aa  374  1e-102  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0331  transcriptional regulator, LysR family  57.43 
 
 		 306 aa  337  1.9999999999999998e-91  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.172645  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2064  transcriptional regulator, LysR family  57.43 
 
 		 306 aa  337  1.9999999999999998e-91  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.053811  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1002  transcriptional regulator, LysR family  63.7 
 
 		 277 aa  336  3.9999999999999995e-91  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4191  LysR family transcriptional regulator  59.59 
 
 		 303 aa  328  5.0000000000000004e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.530401  normal  0.614884 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0722  LysR family transcriptional regulator  56.9 
 
 		 314 aa  328  7e-89  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.857733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2000  LysR family transcriptional regulator  57.62 
 
 		 313 aa  324  1e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2346  LysR family transcriptional regulator  58.42 
 
 		 313 aa  322  5e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.530384 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1278  LysR family transcriptional regulator  54.7 
 
 		 313 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2919  LysR family transcriptional regulator  56.55 
 
 		 301 aa  318  6e-86  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.495437  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2588  transcription regulator protein  55.22 
 
 		 314 aa  317  1e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35760  LysR family regulatory protein  56.29 
 
 		 314 aa  317  1e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.168852  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1336  LysR family transcriptional regulator  56.42 
 
 		 320 aa  315  6e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00681412  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35850  Regulatory protein, LysR-family  56.9 
 
 		 314 aa  313  1.9999999999999998e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0402658  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1546  LysR family transcriptional regulator  55.59 
 
 		 326 aa  310  2e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00132043  normal  0.724965 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3723  LysR family transcriptional regulator  54.64 
 
 		 310 aa  308  6.999999999999999e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3710  LysR family transcriptional regulator  54.49 
 
 		 312 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0404575  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1891  transcriptional regulator, LysR family  53.97 
 
 		 314 aa  303  2.0000000000000002e-81  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30970  putative transcriptional regulator  54.79 
 
 		 331 aa  302  5.000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000030684  unclonable  5.74685e-22 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3510  transcriptional regulator, LysR family  53.63 
 
 		 304 aa  299  4e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0442  LysR family transcriptional regulator  52.74 
 
 		 308 aa  294  2e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1314  transcriptional regulator, LysR family  53.98 
 
 		 308 aa  290  2e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.515752  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2703  LysR family transcriptional regulator  52.25 
 
 		 304 aa  288  1e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.907055  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3462  LysR family transcriptional regulator  51.72 
 
 		 296 aa  283  2.0000000000000002e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1350  LysR family transcriptional regulator  51.72 
 
 		 296 aa  283  3.0000000000000004e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2400  LysR family transcriptional regulator  51.72 
 
 		 296 aa  280  2e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000468465  hitchhiker  0.00000339516 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4209  LysR family transcriptional regulator  56.68 
 
 		 296 aa  280  2e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0298089 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2328  LysR family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 302 aa  268  5.9999999999999995e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.418813  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2641  transcriptional regulator, LysR family  51.68 
 
 		 304 aa  267  1e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.416798  normal  0.999416 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1136  LysR family transcriptional regulator  51.2 
 
 		 303 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1027  transcriptional regulator, LysR family  49.31 
 
 		 317 aa  263  2e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.922112  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0613  transcriptional regulator, LysR family  48.83 
 
 		 302 aa  262  6.999999999999999e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.311225 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1229  LysR family transcriptional regulator  51.61 
 
 		 300 aa  220  3e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1668  transcriptional regulator, LysR family  40.82 
 
 		 308 aa  215  7e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.239871  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4374  LysR family transcriptional regulator  44.14 
 
 		 287 aa  214  9.999999999999999e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1900  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 300 aa  142  8e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 296 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2333  LysR family transcriptional regulator  90.91 
 
 		 98 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1027  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 299 aa  137  3.0000000000000003e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174873 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 296 aa  136  4e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 293 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 306 aa  133  3.9999999999999996e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4207  LysR substrate-binding protein  36.51 
 
 		 297 aa  133  5e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0184  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 323 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6822  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 299 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0808  transcriptional regulator  50.78 
 
 		 151 aa  130  3e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.98 
 
 		 297 aa  129  6e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  32.98 
 
 		 297 aa  129  6e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 301 aa  129  6e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 297 aa  129  6e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 297 aa  129  6e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  32.98 
 
 		 297 aa  129  6e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  33.09 
 
 		 292 aa  129  8.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  32.98 
 
 		 297 aa  129  8.000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 297 aa  129  8.000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  32.98 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4587  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.781824  normal  0.831534 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4453  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.47384 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 323 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 299 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 299 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 299 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1852  LysR substrate binding domain-containing protein  33.33 
 
 		 299 aa  126  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1598  LysR substrate binding domain protein  33.33 
 
 		 299 aa  126  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1685  LysR substrate binding domain protein  33.33 
 
 		 299 aa  126  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.533068  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1657  LysR substrate binding domain-containing protein  33.33 
 
 		 299 aa  126  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1589  LysR substrate binding domain protein  33.33 
 
 		 299 aa  126  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.103905 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0657  transcriptional regulator, LysR family  37.26 
 
 		 305 aa  126  6e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 308 aa  125  6e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 307 aa  125  9e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02429  DNA-binding transcriptional activator of 3-phenylpropionic acid catabolism  30.77 
 
 		 296 aa  124  1e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2689  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  30.77 
 
 		 296 aa  124  1e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00584589  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 302 aa  125  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02393  hypothetical protein  30.77 
 
 		 296 aa  124  1e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0834  LysR, substrate-binding  36.18 
 
 		 330 aa  125  1e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1140  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  30.77 
 
 		 296 aa  124  1e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3769  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  30.77 
 
 		 296 aa  124  1e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2822  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  30.77 
 
 		 296 aa  124  1e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.922303  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1131  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 296 aa  124  2e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  34.19 
 
 		 306 aa  124  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 289 aa  124  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  38.63 
 
 		 296 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 297 aa  123  3e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  123  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  123  4e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5149  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 300 aa  122  5e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4359  LysR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 303 aa  122  6e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 302 aa  122  6e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 299 aa  122  7e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  38.27 
 
 		 296 aa  122  7e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  32.45 
 
 		 299 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 296 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2312  LysR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 302 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.015479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  32.11 
 
 		 308 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>