More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_1668 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_1668  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 308 aa  627  1e-179  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.239871  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4374  LysR family transcriptional regulator  57.35 
 
 		 287 aa  332  4e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4191  LysR family transcriptional regulator  47.67 
 
 		 303 aa  263  3e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.530401  normal  0.614884 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2807  transcriptional regulator, LysR family  46.21 
 
 		 294 aa  248  1e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1027  transcriptional regulator, LysR family  42.76 
 
 		 317 aa  239  2.9999999999999997e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.922112  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2328  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 302 aa  239  4e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.418813  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0613  transcriptional regulator, LysR family  41.72 
 
 		 302 aa  238  1e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.311225 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2919  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 301 aa  228  7e-59  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.495437  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30970  putative transcriptional regulator  42.32 
 
 		 331 aa  227  1e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000030684  unclonable  5.74685e-22 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2330  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 303 aa  227  2e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0331  transcriptional regulator, LysR family  42.32 
 
 		 306 aa  227  2e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.172645  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1546  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 326 aa  227  2e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00132043  normal  0.724965 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2064  transcriptional regulator, LysR family  42.32 
 
 		 306 aa  227  2e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.053811  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1891  transcriptional regulator, LysR family  42.66 
 
 		 314 aa  226  3e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2588  transcription regulator protein  41.78 
 
 		 314 aa  223  2e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3723  LysR family transcriptional regulator  42 
 
 		 310 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1278  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 313 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1336  LysR family transcriptional regulator  39.94 
 
 		 320 aa  217  2e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00681412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0722  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 314 aa  216  4e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.857733  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0633  transcriptional regulator, LysR family  40.82 
 
 		 302 aa  215  7e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.127453 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2346  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 313 aa  211  1e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.530384 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35760  LysR family regulatory protein  41.3 
 
 		 314 aa  209  4e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.168852  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1350  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 296 aa  207  2e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35850  Regulatory protein, LysR-family  40.96 
 
 		 314 aa  207  2e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0402658  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2000  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 313 aa  207  3e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2703  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 304 aa  205  7e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.907055  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3510  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 304 aa  203  2e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3710  LysR family transcriptional regulator  39.94 
 
 		 312 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0404575  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0442  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 308 aa  203  3e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1136  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 303 aa  202  5e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2400  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 296 aa  201  9e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000468465  hitchhiker  0.00000339516 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3462  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 296 aa  200  3e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4209  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 296 aa  197  1.0000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0298089 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2641  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 304 aa  189  4e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.416798  normal  0.999416 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1314  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 308 aa  182  4.0000000000000006e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.515752  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1002  transcriptional regulator, LysR family  36.19 
 
 		 277 aa  170  3e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1229  LysR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 300 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 297 aa  135  8e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2752  transcriptional regulator, LysR family  30.93 
 
 		 298 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000767643 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  31.53 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 302 aa  124  3e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.47 
 
 		 297 aa  123  4e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  33.47 
 
 		 297 aa  123  4e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  33.47 
 
 		 297 aa  123  4e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  33.47 
 
 		 297 aa  123  4e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  33.47 
 
 		 297 aa  123  4e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 302 aa  123  4e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 297 aa  123  4e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 297 aa  123  4e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 297 aa  123  4e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 297 aa  123  5e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 289 aa  122  6e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 296 aa  122  7e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.56 
 
 		 300 aa  122  8e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4359  LysR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 303 aa  121  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 305 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 296 aa  119  7.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  30.45 
 
 		 301 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3379  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 290 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311743  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5299  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 290 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0530813 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5843  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000271378 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4988  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 290 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 297 aa  116  3.9999999999999997e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  30.83 
 
 		 299 aa  116  5e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  30.45 
 
 		 301 aa  116  5e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  30.83 
 
 		 299 aa  116  5e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3084  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 		 296 aa  116  5e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  36.41 
 
 		 295 aa  116  6e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  30.45 
 
 		 301 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  30.45 
 
 		 301 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 301 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 301 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0687  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 328 aa  115  8.999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.730291 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  30.45 
 
 		 301 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 295 aa  114  1.0000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2421  LysR substrate-binding  29.22 
 
 		 300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4594  LysR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 325 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 297 aa  114  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 306 aa  113  3e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0445  LysR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 295 aa  113  4.0000000000000004e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.294779  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0767  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.54 
 
 		 306 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.342253 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 298 aa  113  4.0000000000000004e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 293 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0037  transcriptional regulator, LysR family  29.81 
 
 		 300 aa  113  5e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.279269  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0038  transcriptional regulator, LysR family  29.81 
 
 		 300 aa  113  5e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.744574 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 307 aa  113  5e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1598  LysR substrate binding domain protein  32.38 
 
 		 299 aa  112  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1657  LysR substrate binding domain-containing protein  32.38 
 
 		 299 aa  112  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 299 aa  112  6e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1685  LysR substrate binding domain protein  32.38 
 
 		 299 aa  112  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.533068  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1852  LysR substrate binding domain-containing protein  32.38 
 
 		 299 aa  112  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1589  LysR substrate binding domain protein  32.38 
 
 		 299 aa  112  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.103905 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02429  DNA-binding transcriptional activator of 3-phenylpropionic acid catabolism  29.11 
 
 		 296 aa  112  7.000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1140  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  29.11 
 
 		 296 aa  112  7.000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2690  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  29.11 
 
 		 297 aa  112  7.000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3769  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  29.11 
 
 		 296 aa  112  7.000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2822  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  29.11 
 
 		 296 aa  112  7.000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.922303  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2689  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  29.11 
 
 		 296 aa  112  7.000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00584589  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>