More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_0687 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_0687  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 328 aa  662    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.730291 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2993  LysR family transcriptional regulator  63.85 
 
 		 319 aa  394  1e-108  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.462363 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3552  LysR family transcriptional regulator  64.01 
 
 		 297 aa  381  1e-105  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.964874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1183  LysR family transcriptional regulator  64.01 
 
 		 297 aa  381  1e-105  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3097  transcriptional regulator, LysR family  61.9 
 
 		 319 aa  380  1e-104  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3223  LysR family transcriptional regulator  60.61 
 
 		 315 aa  372  1e-102  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.042632  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3205  LysR family transcriptional regulator  56.06 
 
 		 314 aa  317  2e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3989  LysR family transcriptional regulator  48.3 
 
 		 336 aa  286  2e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0119211  normal  0.0654574 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0606  LysR family transcriptional regulator  46 
 
 		 305 aa  284  2.0000000000000002e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.348425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3862  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 341 aa  251  2e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.910956  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3838  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 		 327 aa  233  4.0000000000000004e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.204635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0498  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 332 aa  203  4e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.282116  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3527  LysR family transcriptional regulator  38.99 
 
 		 324 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0977004 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0738  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 314 aa  189  8e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3703  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 315 aa  177  2e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0804  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 321 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1471  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 332 aa  167  2.9999999999999998e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0157  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 295 aa  166  4e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1510  LysR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 276 aa  160  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0433683  normal  0.371454 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0307  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 298 aa  159  7e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2313  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 327 aa  150  4e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.344655  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1803  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7451  putative transcriptional regulator  31.14 
 
 		 295 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.193814  normal  0.890359 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0252  LysR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 216 aa  132  6e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.682198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3084  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 296 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  30.27 
 
 		 302 aa  129  7.000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 293 aa  129  7.000000000000001e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5585  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 298 aa  126  7e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3249  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 297 aa  125  9e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.332208  normal  0.244414 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0553  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 293 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1342  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 302 aa  123  4e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.318091  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  27.65 
 
 		 292 aa  123  4e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3379  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 290 aa  123  5e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311743  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4988  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 290 aa  123  5e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3676  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 317 aa  122  6e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0866147  normal  0.208358 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5299  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 290 aa  122  7e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0530813 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49340  LysR family transcriptional regulator protein  31.44 
 
 		 312 aa  121  9.999999999999999e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  39.06 
 
 		 290 aa  121  9.999999999999999e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 295 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3895  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 292 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.958573  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  29.47 
 
 		 301 aa  119  4.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4305  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 294 aa  119  7e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.201551 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 296 aa  119  7e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4411  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 291 aa  119  7e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0509478  normal  0.98744 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 294 aa  118  9.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  30.04 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  27.68 
 
 		 301 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0767  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.29 
 
 		 306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.342253 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  27.68 
 
 		 301 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  30.8 
 
 		 295 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0946  transcriptional regulator, LysR family  27.54 
 
 		 304 aa  117  3e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0379301  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3128  transcriptional regulator, LysR family  30.85 
 
 		 309 aa  117  3e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3948  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 291 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19042  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0617  transcriptional regulator, LysR family  29.81 
 
 		 300 aa  117  3e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  27.34 
 
 		 299 aa  116  6e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  27.34 
 
 		 299 aa  116  6e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3441  transcriptional regulator, LysR family  29 
 
 		 297 aa  116  6e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  27.34 
 
 		 301 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 301 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 301 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  27.34 
 
 		 301 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  27.34 
 
 		 301 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1668  transcriptional regulator, LysR family  28.71 
 
 		 308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.239871  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5695  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.17 
 
 		 296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0152  transcriptional regulator, LysR family  27.93 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.393989  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2932  DNA-binding transcriptional activator XapR  28.22 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000456471  normal  0.0988351 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3013  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.572189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1900  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  29.09 
 
 		 300 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0173  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 318 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.569723  normal  0.401797 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  29.89 
 
 		 302 aa  114  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2328  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 302 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.418813  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 302 aa  113  5e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 301 aa  113  5e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 296 aa  113  5e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3750  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 297 aa  112  6e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101985  normal  0.203083 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3618  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 303 aa  112  6e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4749  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 303 aa  112  6e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0228204 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3404  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 293 aa  112  7.000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.729223  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2421  LysR substrate-binding  25.95 
 
 		 300 aa  112  8.000000000000001e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4132  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 303 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.977393  normal  0.0579117 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3293  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 313 aa  112  9e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 305 aa  112  9e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  30.24 
 
 		 302 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5074  transcriptional regulator, LysR family  29.9 
 
 		 307 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.507053 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2326  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 306 aa  111  1.0000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  28.99 
 
 		 296 aa  112  1.0000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 323 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4596  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 303 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00651674 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1258  transcriptional regulator, LysR family  27.87 
 
 		 294 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000639687  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2682  LysR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 323 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 296 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 306 aa  110  2.0000000000000002e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 307 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.02 
 
 		 297 aa  110  3e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  31.02 
 
 		 297 aa  110  3e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 297 aa  110  3e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>