More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_3989 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_3989  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 336 aa  684    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0119211  normal  0.0654574 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0606  LysR family transcriptional regulator  53.64 
 
 		 305 aa  343  4e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.348425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1183  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 297 aa  322  6e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3552  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 297 aa  322  6e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.964874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2993  LysR family transcriptional regulator  49.22 
 
 		 319 aa  321  9.000000000000001e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.462363 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3097  transcriptional regulator, LysR family  48.59 
 
 		 319 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0687  LysR family transcriptional regulator  48.3 
 
 		 328 aa  309  4e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.730291 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3223  LysR family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 315 aa  292  5e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.042632  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3205  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 314 aa  266  5e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3862  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 341 aa  233  3e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.910956  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3527  LysR family transcriptional regulator  38.2 
 
 		 324 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0977004 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3838  LysR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 327 aa  199  6e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.204635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0498  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 332 aa  194  1e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.282116  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0804  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 321 aa  181  2e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2313  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 327 aa  174  9.999999999999999e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.344655  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0738  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 314 aa  171  2e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1471  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 332 aa  165  1.0000000000000001e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3703  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 315 aa  152  5.9999999999999996e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1510  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 276 aa  151  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0433683  normal  0.371454 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0157  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 295 aa  151  2e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0956  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 306 aa  134  3e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3404  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 293 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.729223  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  30.3 
 
 		 302 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5074  transcriptional regulator, LysR family  31.18 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.507053 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0946  transcriptional regulator, LysR family  26.79 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0379301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7451  putative transcriptional regulator  26.87 
 
 		 295 aa  122  6e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.193814  normal  0.890359 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  27.18 
 
 		 299 aa  122  7e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  27.18 
 
 		 299 aa  122  7e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0038  transcriptional regulator, LysR family  24.57 
 
 		 300 aa  122  8e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.744574 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0037  transcriptional regulator, LysR family  24.57 
 
 		 300 aa  122  8e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.279269  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0445  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 295 aa  121  9.999999999999999e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.294779  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  27.18 
 
 		 301 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 301 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 301 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  27.18 
 
 		 301 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  27.18 
 
 		 301 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 293 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0307  LysR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 298 aa  120  3e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 297 aa  120  3.9999999999999996e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  26.85 
 
 		 301 aa  119  6e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  26.85 
 
 		 301 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 300 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4628  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 292 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0890971  normal  0.246233 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  33.21 
 
 		 296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  26.76 
 
 		 301 aa  118  1.9999999999999998e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0553  transcriptional regulator, LysR family  27.7 
 
 		 293 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  33.58 
 
 		 296 aa  117  3e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49340  LysR family transcriptional regulator protein  28.48 
 
 		 312 aa  117  3.9999999999999997e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3084  transcriptional regulator, LysR family  30.15 
 
 		 296 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4923  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 299 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08550  Transcriptional regulator, LysR family  26.62 
 
 		 307 aa  116  5e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.763554  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 306 aa  116  6e-25  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0152  transcriptional regulator, LysR family  27.89 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.393989  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.85 
 
 		 300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  27.92 
 
 		 295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1803  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6619  transcriptional regulator, LysR family  30.94 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3441  transcriptional regulator, LysR family  27.15 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3750  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101985  normal  0.203083 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  25.85 
 
 		 292 aa  114  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  27.1 
 
 		 296 aa  114  3e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3379  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 290 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311743  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5299  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 290 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0530813 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4988  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 290 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3013  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 293 aa  114  3e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.572189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 305 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3319  transcriptional regulator, LysR family  28.24 
 
 		 310 aa  113  4.0000000000000004e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 296 aa  113  5e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5843  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 304 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000271378 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 296 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2608  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 300 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0252  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 216 aa  110  3e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.682198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 305 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5674  transcriptional regulator, LysR family  28.72 
 
 		 294 aa  109  5e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.949814  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2897  transcriptional regulator, LysR family  30.38 
 
 		 298 aa  109  6e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00606116  hitchhiker  0.00007682 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  29.37 
 
 		 304 aa  109  8.000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3465  hypothetical protein  26.13 
 
 		 292 aa  108  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3370  hypothetical protein  26.13 
 
 		 292 aa  108  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.562011  normal  0.570732 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3363  hypothetical protein  26.13 
 
 		 292 aa  108  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.354704  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0474  transcriptional regulator CatR  28.35 
 
 		 306 aa  108  1e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2161  LysR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 299 aa  108  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0803244  normal  0.636405 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4411  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 291 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0509478  normal  0.98744 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6126  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1346  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 294 aa  107  2e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.638115  normal  0.881858 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 296 aa  108  2e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3524  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 298 aa  107  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.76062  normal  0.441756 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4305  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 294 aa  107  3e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.201551 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  25.25 
 
 		 306 aa  107  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6552  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 303 aa  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.392727 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5704  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 303 aa  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6068  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 303 aa  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0173  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 318 aa  106  5e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.569723  normal  0.401797 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3948  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 291 aa  106  5e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0834  LysR, substrate-binding  27.9 
 
 		 330 aa  106  5e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5695  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.27 
 
 		 296 aa  106  6e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2058  transcriptional regulator, LysR family  29.06 
 
 		 299 aa  106  6e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.90545  hitchhiker  0.00248149 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 		 290 aa  105  8e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2778  transcriptional regulator, LysR family  25.77 
 
 		 302 aa  105  9e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23055  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>