More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_3552 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_3552  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  607  1e-173  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.964874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1183  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 297 aa  607  1e-173  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3223  LysR family transcriptional regulator  62.67 
 
 		 315 aa  389  1e-107  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.042632  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2993  LysR family transcriptional regulator  62.2 
 
 		 319 aa  384  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.462363 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0687  LysR family transcriptional regulator  64.01 
 
 		 328 aa  381  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.730291 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3097  transcriptional regulator, LysR family  60.82 
 
 		 319 aa  376  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3205  LysR family transcriptional regulator  52.07 
 
 		 314 aa  316  3e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3989  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 336 aa  299  5e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0119211  normal  0.0654574 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0606  LysR family transcriptional regulator  49.31 
 
 		 305 aa  297  1e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.348425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3862  LysR family transcriptional regulator  46.44 
 
 		 341 aa  268  8e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.910956  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3838  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 327 aa  237  2e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.204635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3527  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 324 aa  207  2e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0977004 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0804  LysR family transcriptional regulator  39.85 
 
 		 321 aa  203  2e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0738  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 314 aa  192  7e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0498  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 332 aa  190  2.9999999999999997e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.282116  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3703  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 315 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1471  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 332 aa  176  6e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2313  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 327 aa  170  2e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.344655  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1510  LysR family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 276 aa  167  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0433683  normal  0.371454 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0157  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 295 aa  166  4e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7451  putative transcriptional regulator  32.66 
 
 		 295 aa  154  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.193814  normal  0.890359 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3084  transcriptional regulator, LysR family  35.52 
 
 		 296 aa  148  9e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0553  transcriptional regulator, LysR family  30.93 
 
 		 293 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0307  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 298 aa  138  1e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3013  LysR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 293 aa  138  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.572189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  31.94 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  30.07 
 
 		 302 aa  137  3.0000000000000003e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  28.14 
 
 		 292 aa  136  4e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5843  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 304 aa  136  5e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000271378 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49340  LysR family transcriptional regulator protein  31.7 
 
 		 312 aa  134  9.999999999999999e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 296 aa  132  6e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  27.99 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  27.99 
 
 		 301 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2243  transcriptional regulator, LysR family  31.3 
 
 		 296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 293 aa  130  3e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 299 aa  130  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 302 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 308 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  27.52 
 
 		 301 aa  129  6e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 301 aa  129  6e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 301 aa  129  6e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  27.52 
 
 		 301 aa  129  6e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  27.52 
 
 		 301 aa  129  6e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1134  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 294 aa  129  7.000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 323 aa  129  7.000000000000001e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4305  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 294 aa  129  8.000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.201551 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0152  transcriptional regulator, LysR family  29.9 
 
 		 302 aa  129  8.000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.393989  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5299  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 290 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0530813 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0946  transcriptional regulator, LysR family  29.93 
 
 		 304 aa  128  9.000000000000001e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0379301  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  27.3 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  27.3 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3948  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 291 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4411  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 291 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0509478  normal  0.98744 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3895  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.958573  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0038  transcriptional regulator, LysR family  30.61 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.744574 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0037  transcriptional regulator, LysR family  30.61 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.279269  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 300 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 296 aa  127  3e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3379  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 290 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311743  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4988  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 290 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 300 aa  126  5e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.32 
 
 		 300 aa  126  5e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  29.48 
 
 		 308 aa  126  5e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 300 aa  126  6e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5074  transcriptional regulator, LysR family  30.98 
 
 		 307 aa  125  6e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.507053 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 308 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 308 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 297 aa  125  9e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4639  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 309 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.356154  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1342  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.318091  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3249  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.332208  normal  0.244414 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1900  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2279  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 299 aa  123  3e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.77751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2558  DNA-binding transcriptional activator XapR  29.34 
 
 		 294 aa  123  3e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000632847  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3404  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 293 aa  123  4e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.729223  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1672  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 295 aa  123  4e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.57433  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3750  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 297 aa  123  4e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.101985  normal  0.203083 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 307 aa  123  4e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1258  transcriptional regulator, LysR family  28.96 
 
 		 294 aa  122  6e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000639687  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  29.58 
 
 		 301 aa  122  6e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 300 aa  122  6e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1196  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 293 aa  122  8e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254346  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5585  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 298 aa  122  9e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4359  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 303 aa  121  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  34.1 
 
 		 296 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  31.56 
 
 		 295 aa  122  9.999999999999999e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1346  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 294 aa  120  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.638115  normal  0.881858 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2682  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 323 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3804  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 326 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.699235 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 295 aa  120  3e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2394  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 305 aa  120  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3717  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 326 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.038308 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1384  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 303 aa  120  3e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.510026  normal  0.961764 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>