More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1471 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1471  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 332 aa  674    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3862  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 341 aa  223  3e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.910956  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3205  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 314 aa  177  3e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1183  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 297 aa  176  7e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3552  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 297 aa  176  7e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.964874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3097  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 		 319 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2993  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 319 aa  169  8e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.462363 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0687  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 328 aa  167  2.9999999999999998e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.730291 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3527  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 324 aa  163  3e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0977004 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0606  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 305 aa  160  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.348425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3223  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 315 aa  160  3e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.042632  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3838  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 327 aa  159  5e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.204635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3989  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 336 aa  147  3e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0119211  normal  0.0654574 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2313  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 327 aa  138  1e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.344655  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1510  LysR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 276 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0433683  normal  0.371454 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0738  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 314 aa  133  5e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0157  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 295 aa  132  9e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0804  LysR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 321 aa  123  5e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3703  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 315 aa  123  6e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1681  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 311 aa  122  7e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.439861  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0498  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 332 aa  121  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.282116  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0946  transcriptional regulator, LysR family  28.37 
 
 		 304 aa  119  6e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0379301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0307  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0956  transcriptional regulator, LysR family  26.99 
 
 		 306 aa  117  3e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  27.95 
 
 		 292 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3179  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 299 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  28.72 
 
 		 301 aa  109  8.000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  34.98 
 
 		 290 aa  107  2e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0252  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 216 aa  107  4e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.682198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4923  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 299 aa  105  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2682  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 323 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  26.71 
 
 		 306 aa  104  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2537  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 299 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3249  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 297 aa  103  5e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.332208  normal  0.244414 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  28.33 
 
 		 301 aa  102  8e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 302 aa  102  9e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  28.33 
 
 		 301 aa  102  1e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  34.08 
 
 		 298 aa  101  1e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3601  LysR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 305 aa  101  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.773221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3804  LysR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 326 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.699235 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4646  LysR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 326 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5457  LysR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3717  LysR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 326 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.038308 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  27.99 
 
 		 301 aa  100  3e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 301 aa  100  3e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 301 aa  100  3e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  27.99 
 
 		 301 aa  100  3e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  27.99 
 
 		 301 aa  100  3e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  33.52 
 
 		 298 aa  100  5e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3927  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 303 aa  100  5e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2394  LysR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 305 aa  99.8  6e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888535  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2778  transcriptional regulator, LysR family  27.03 
 
 		 302 aa  99.4  7e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.23055  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2332  transcriptional regulator, LysR family  25.76 
 
 		 308 aa  99.4  8e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194223  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1969  transcriptional regulator, LysR family  25.76 
 
 		 308 aa  99.4  8e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  27.99 
 
 		 299 aa  99.4  9e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  27.99 
 
 		 299 aa  99.4  9e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0617  transcriptional regulator, LysR family  27.78 
 
 		 300 aa  98.6  1e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 305 aa  98.6  1e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 305 aa  97.8  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0709  transcriptional regulator OxyR, putative  32.65 
 
 		 301 aa  97.8  2e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4600  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 297 aa  98.2  2e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2421  LysR substrate-binding  23.26 
 
 		 300 aa  98.2  2e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0173  LysR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 318 aa  97.1  4e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.569723  normal  0.401797 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3676  LysR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 317 aa  96.3  6e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0866147  normal  0.208358 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0553  transcriptional regulator, LysR family  27.95 
 
 		 293 aa  96.7  6e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  27.27 
 
 		 304 aa  96.3  7e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 304 aa  95.9  8e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0665  putative transcriptional regulator OxyR  32.14 
 
 		 301 aa  95.9  9e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2671  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 299 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0656105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 297 aa  95.5  1e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3833  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 301 aa  95.5  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3370  hypothetical protein  27.84 
 
 		 292 aa  95.5  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.562011  normal  0.570732 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3465  hypothetical protein  27.84 
 
 		 292 aa  95.5  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1134  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 294 aa  95.5  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3363  hypothetical protein  27.84 
 
 		 292 aa  95.5  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.354704  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1053  transcriptional regulator, LysR family  31.28 
 
 		 310 aa  95.1  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262564  normal  0.905939 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2025  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 293 aa  94.4  2e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.639957  normal  0.141261 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 295 aa  94.4  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  27.11 
 
 		 298 aa  94.4  2e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  26.97 
 
 		 304 aa  94.7  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5585  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 298 aa  94.7  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 302 aa  94  3e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0834  transcriptional regulator, LysR family  27.08 
 
 		 300 aa  94.4  3e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3648  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 307 aa  94.4  3e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6552  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 303 aa  94.4  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.392727 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5704  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 303 aa  94.4  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6068  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 303 aa  94.4  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1589  transcriptional regulator, LysR family  28.2 
 
 		 307 aa  94  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4367  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 300 aa  94  3e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0352  transcriptional regulator, LysR family  28.18 
 
 		 294 aa  94  3e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2134  transcriptional regulator, LysR family  31.87 
 
 		 304 aa  93.6  4e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4649  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 315 aa  93.6  4e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.235656  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 310 aa  93.2  5e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0445  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 295 aa  93.2  5e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.294779  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3319  transcriptional regulator, LysR family  24.83 
 
 		 310 aa  92.8  6e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49340  LysR family transcriptional regulator protein  26.3 
 
 		 312 aa  93.2  6e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4401  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 305 aa  92.8  7e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2282  LysR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 302 aa  92.8  7e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0266423 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4763  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 289 aa  92.8  8e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1131  LysR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 310 aa  92.4  9e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>