More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_0252 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_0252  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 216 aa  436  1e-121  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.682198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0157  LysR family transcriptional regulator  55.61 
 
 		 295 aa  244  6e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3703  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 315 aa  166  2.9999999999999998e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0738  LysR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 314 aa  152  2.9999999999999998e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3838  LysR family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 327 aa  142  4e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.204635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0687  LysR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 328 aa  132  3e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.730291 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3097  transcriptional regulator, LysR family  35.78 
 
 		 319 aa  124  9e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0307  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 298 aa  124  1e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2993  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 319 aa  119  3e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.462363 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1510  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 276 aa  117  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0433683  normal  0.371454 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1183  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 297 aa  116  1.9999999999999998e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3552  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 297 aa  116  1.9999999999999998e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.964874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0498  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 332 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.282116  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3205  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 314 aa  116  3e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3527  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 324 aa  115  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0977004 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3223  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 315 aa  112  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.042632  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0946  transcriptional regulator, LysR family  33.49 
 
 		 304 aa  112  5e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0379301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0606  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 305 aa  111  7.000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.348425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3862  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 341 aa  111  7.000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.910956  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3379  LysR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 290 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311743  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5299  LysR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 290 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0530813 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4988  LysR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 290 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5426  transcriptional regulator, LysR family  32.18 
 
 		 294 aa  108  6e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.954201 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  36.76 
 
 		 295 aa  108  6e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  33.17 
 
 		 308 aa  107  1e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0956  transcriptional regulator, LysR family  33.49 
 
 		 306 aa  107  1e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3895  LysR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 292 aa  107  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.958573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1888  LysR family transcriptional regulator  35.75 
 
 		 297 aa  106  2e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.282153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1471  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 332 aa  107  2e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6619  transcriptional regulator, LysR family  34.95 
 
 		 300 aa  105  4e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5674  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 294 aa  105  4e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.949814  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  35.32 
 
 		 302 aa  105  7e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2807  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 294 aa  105  7e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  28.86 
 
 		 292 aa  105  8e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2608  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 300 aa  104  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0553  transcriptional regulator, LysR family  32.64 
 
 		 293 aa  103  3e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4923  LysR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 299 aa  102  5e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4411  LysR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 291 aa  102  5e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0509478  normal  0.98744 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2432  LysR family transcriptional regulator  37.22 
 
 		 320 aa  102  6e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1136  LysR family transcriptional regulator  36.89 
 
 		 303 aa  102  7e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3534  LysR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 302 aa  101  7e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  33.17 
 
 		 298 aa  101  8e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1900  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 300 aa  101  8e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 293 aa  101  9e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.65 
 
 		 297 aa  100  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 297 aa  100  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 297 aa  100  1e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1424  transcriptional regulator, LysR family  33.5 
 
 		 303 aa  100  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.442699 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  32.65 
 
 		 297 aa  100  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0767  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.73 
 
 		 306 aa  100  1e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.342253 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 297 aa  100  1e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 306 aa  100  1e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 305 aa  100  1e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 323 aa  100  1e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3948  LysR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 291 aa  101  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.19042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4030  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 296 aa  101  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.3967  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 297 aa  100  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 297 aa  100  2e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 297 aa  100  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1803  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 301 aa  100  2e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 296 aa  100  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0727  transcriptional regulator  34.87 
 
 		 309 aa  100  2e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.849989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3404  LysR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 293 aa  100  2e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.729223  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2330  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 303 aa  100  2e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2107  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 295 aa  100  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.329852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 297 aa  100  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5074  transcriptional regulator, LysR family  32.35 
 
 		 307 aa  99.8  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.507053 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0173  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 318 aa  99.4  4e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.569723  normal  0.401797 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1342  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 302 aa  99  4e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.318091  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3013  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 293 aa  99.4  4e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.572189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 305 aa  99.4  4e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000392  transcriptional regulator of alpha-acetolactate operon AlsR  31.94 
 
 		 293 aa  99.4  4e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00388737  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4649  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 315 aa  99.4  4e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.235656  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 299 aa  99.4  4e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 301 aa  99  5e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4763  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 289 aa  99  5e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2154  transcriptional regulator, LysR family  32.2 
 
 		 295 aa  99  5e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  31.79 
 
 		 294 aa  98.6  6e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2328  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 302 aa  98.6  7e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.418813  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 304 aa  98.2  9e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.68 
 
 		 296 aa  97.4  1e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1350  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 296 aa  97.4  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68920  LysR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 304 aa  97.4  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 299 aa  97.8  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  32.14 
 
 		 297 aa  97.4  2e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  35.71 
 
 		 301 aa  96.7  2e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 299 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  28.77 
 
 		 301 aa  96.7  2e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  28.77 
 
 		 301 aa  96.7  2e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0746  transcriptional regulator, LysR family  36.61 
 
 		 298 aa  96.7  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.265691  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2994  LysR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 295 aa  97.1  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0317639  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3128  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 309 aa  96.7  2e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1408  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 323 aa  96.7  2e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.185298  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2554  transcriptional regulator, LysR family  33.18 
 
 		 309 aa  97.1  2e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0664958  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5585  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 298 aa  96.7  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1374  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 314 aa  96.7  2e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1053  transcriptional regulator, LysR family  32.84 
 
 		 310 aa  97.4  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.262564  normal  0.905939 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1392  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 306 aa  96.7  2e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0389535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4124  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 299 aa  96.7  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 296 aa  97.1  2e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>