More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4763 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4763  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 289 aa  579  1e-164  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5412  transcriptional regulator, LysR family  48.07 
 
 		 297 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.663662 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2044  LysR family transcriptional regulator  49.82 
 
 		 292 aa  263  3e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0266448  normal  0.0977576 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3941  LysR family transcriptional regulator  49.47 
 
 		 292 aa  260  2e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.469877 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3434  LysR family transcriptional regulator  49.47 
 
 		 292 aa  259  5.0000000000000005e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.543967  normal  0.141356 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1196  LysR family transcriptional regulator  47.7 
 
 		 291 aa  256  3e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.188455  normal  0.473378 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3071  LysR family transcriptional regulator  47.9 
 
 		 303 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0185768  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0394  transcriptional regulator  47.37 
 
 		 293 aa  249  5e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.505096  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1858  LysR family transcriptional regulator  47.02 
 
 		 293 aa  246  2e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.039705  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2129  LysR family transcriptional regulator  47.02 
 
 		 293 aa  246  2e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.121849  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1152  LysR family transcriptional regulator  47.02 
 
 		 293 aa  246  2e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1746  LysR family transcriptional regulator  47.02 
 
 		 293 aa  246  2e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0865  LysR family transcriptional regulator  47.02 
 
 		 293 aa  246  2e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0304  LysR family transcriptional regulator  47.02 
 
 		 293 aa  246  2e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2178  LysR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 293 aa  235  7e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.506627  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3583  LysR family transcriptional regulator  46.02 
 
 		 292 aa  232  4.0000000000000004e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.206502  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3551  transcriptional regulator, LysR family  43.75 
 
 		 301 aa  229  6e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 299 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 299 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 299 aa  168  8e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 308 aa  167  2e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  39.37 
 
 		 306 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  39.37 
 
 		 306 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0445  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 295 aa  166  5.9999999999999996e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.294779  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3363  hypothetical protein  35.15 
 
 		 292 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.354704  normal  0.788969 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3465  hypothetical protein  35.15 
 
 		 292 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3370  hypothetical protein  35.15 
 
 		 292 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.562011  normal  0.570732 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 301 aa  162  7e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3404  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 293 aa  161  9e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.729223  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.86 
 
 		 296 aa  161  1e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 298 aa  160  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  33.79 
 
 		 301 aa  159  4e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3296  StmR  35.15 
 
 		 292 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.618402 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3319  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 310 aa  159  7e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  37.1 
 
 		 292 aa  158  1e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2161  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0803244  normal  0.636405 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2058  transcriptional regulator, LysR family  35.99 
 
 		 299 aa  157  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.90545  hitchhiker  0.00248149 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5111  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 297 aa  156  4e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 295 aa  155  9e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 		 302 aa  155  9e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2155  LysR family substrate binding transcriptional regulator  34.59 
 
 		 292 aa  154  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.971753  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2265  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 292 aa  154  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  36.26 
 
 		 302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4628  transcriptional regulator, LysR family  36.17 
 
 		 292 aa  151  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0890971  normal  0.246233 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1250  transcriptional regulator, LysR family  37.45 
 
 		 311 aa  150  2e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0513927 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 296 aa  149  4e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5585  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 298 aa  149  7e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3895  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 292 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.958573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  38.17 
 
 		 295 aa  148  1.0000000000000001e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3441  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  31.49 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  31.49 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  31.49 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2608  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 299 aa  147  3e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  31.49 
 
 		 301 aa  146  3e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3509  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 319 aa  146  3e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.633276 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 299 aa  147  3e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  31.49 
 
 		 301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 302 aa  145  8.000000000000001e-34  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 296 aa  145  9e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 305 aa  144  1e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 296 aa  143  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0719  LysR family regulatory protein  32.49 
 
 		 322 aa  143  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0714085  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1190  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 292 aa  143  3e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6619  transcriptional regulator, LysR family  34.24 
 
 		 300 aa  143  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3167  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 307 aa  143  4e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0550  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 307 aa  143  4e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1451  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 307 aa  143  4e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.870434  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2879  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 307 aa  143  4e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0532  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 307 aa  143  4e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.693788  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3379  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 290 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311743  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 301 aa  143  4e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0137  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 307 aa  143  4e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.750096  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4988  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 290 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2119  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  34.25 
 
 		 292 aa  142  6e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0904041 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5299  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 290 aa  142  6e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0530813 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1384  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 303 aa  141  9.999999999999999e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.510026  normal  0.961764 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  35 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1366  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 303 aa  141  9.999999999999999e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  32.04 
 
 		 297 aa  141  9.999999999999999e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2025  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.639957  normal  0.141261 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0617  transcriptional regulator, LysR family  31.96 
 
 		 300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2953  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 294 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.25 
 
 		 297 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 297 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 297 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  31.25 
 
 		 297 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 297 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 297 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 297 aa  139  4.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 297 aa  139  6e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  32.78 
 
 		 298 aa  139  6e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 297 aa  139  6e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1598  LysR substrate binding domain protein  29.35 
 
 		 299 aa  139  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4411  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 291 aa  139  7e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0509478  normal  0.98744 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1589  LysR substrate binding domain protein  29.35 
 
 		 299 aa  139  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.103905 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>